זוהי הפקודה hmmalign שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
hmmalign - יישור רצפים לפרופיל HMM
תַקצִיר
ממליין [אפשרויות]
תיאור
בצע יישור רצף מרובה של כל הרצפים ב על ידי יישורם
בנפרד לפרופיל HMM ב . היישור החדש יוצא אל stdout in
פורמט שטוקהולם.
השמיים צריך להכיל רק פרופיל בודד. אם הוא מכיל יותר, רק הראשון
הפרופיל בקובץ ישמש.
או or (אבל לא שניהם) עשויים להיות '-' (מקף), כלומר לקרוא את זה
קלט מ סטדין במקום קובץ.
הרצפים ב מיושרים במצב יישור מקומי של unihit. לכן הם
כבר אמור להיות ידוע כמכיל רק תחום בודד (או קטע של אחד). ה
יישור אופטימלי עשוי להקצות כמה שיירים כלא-הומולוגיים (מצבי N ו-C), שבהם
במקרה שאריות אלו עדיין נכללות ביישור המתקבל, אך נדחקות כלפי חוץ
קצוות. כדי לחתוך את השאריות הלא-הומולוגיות האלה מהתוצאה, ראה את --מְטוּפָּח
אוֹפְּצִיָה.
אפשרויות
-h עֶזרָה; הדפס תזכורת קצרה לגבי השימוש בשורת הפקודה וכל האפשרויות הזמינות.
-o כוון את יישור הפלט לקובץ , ולא מאשר stdout.
--mapali
מיזוג את היישור הקיים בקובץ לתוך התוצאה, איפה הוא בדיוק ה
אותו יישור ששימש לבניית המודל . זה נעשה באמצעות א
מפה של עמודות יישור למיקומי פרופיל קונצנזוס המאוחסנים ב
. היישור המרובה ב ישוחזר בדיוק בו
עמודות קונצנזוס (כפי שהוגדרו על ידי הפרופיל), אך היישור המוצג ב
הוספה של עמודות עשויות להשתנות, מכיוון שהוספות ביחס לפרופיל כן
נחשב לפי המוסכמה לנתונים לא מיושרים.
--מְטוּפָּח קצץ שאריות לא הומולוגיות (המוקצות למצבי N ו-C ביישורים האופטימליים)
מפלט היישור המרובה שנוצר.
--אמינו
ציין שכל הרצפים ב הם חלבונים. כברירת מחדל, סוג האלפבית הוא
זוהה אוטומטית מהסתכלות על הרכב השאריות.
--דנ"א ציין שכל הרצפים ב הם DNA.
--rna ציין שכל הרצפים ב הם RNA.
--אינפורמט
הצהיר כי הקלט הוא בפורמט . פורמטים מקובלים של קבצי רצף
כוללים את FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, שטוקהולם ו-SELEX. ברירת המחדל היא ל
זיהוי אוטומטי של פורמט הקובץ.
-- פורמט
ציין שהיישור המרובה של הפלט הוא בפורמט . נכון לעכשיו
פורמטים מקובלים של רצף יישור מרובים כוללים רק את שטוקהולם ו-SELEX.
השתמש ב-hmmalign באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
