האמר - אונליין בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

HMMER - פרופיל HMM לניתוח רצפים ביולוגיים

תַקצִיר

המליגן
יישור רצפים לפרופיל

הממ לבנות
בניית פרופילים מיישור רצפים מרובים

hmmconvert
המרת קובץ פרופיל לפורמטים שונים של HMMER ושל אחרים

המממממ
רצפי דוגמה מפרופיל

המממפטץ'
אחזור פרופילי HMM מקובץ

המממגמד
דמון המשמש עבור שרת האינטרנט hmmer.org, עבור חיפוש phmmer, hmmsearch ו-hmmscan

המפרס
הכן מסד נתונים של HMM עבור hmmscan

ממסקנת
חיפוש רצפי חלבון מול מסד נתונים של פרופילי חלבונים

hmmsearch
חיפוש פרופילי חלבון מול מסד נתונים של רצפי חלבונים

הממסים
איסוף התפלגויות ציוני פרופיל על רצפים אקראיים

hmmstat
סטטיסטיקות סיכום עבור קובץ פרופיל

ג'קמר
חיפוש איטרטיבי של רצף חלבונים מול מסד נתונים של רצפי חלבונים

נהמר
חיפוש רצף(ים), יישור(ים) או פרופיל(ים) של נוקלאוטידים כנגד רצף נוקלאוטידים
מסד נתונים

nhmmscan
חיפוש רצף/ים נוקלאוטידים מול מסד נתונים של פרופילי נוקלאוטידים

פמר
חיפוש רצף/ים של חלבון/ים במסד נתונים של רצפי חלבון

תיאור

HMMER היא חבילה של מספר תוכנות ליישור רצפים ביולוגיים וליצירת מסד נתונים
חיפוש הומולוגיה. הוא משתמש במודלים הסתברותיים הנקראים "מודלי מרקוב נסתרים בפרופיל"
(פרופיל HMM) כדי לייצג את ההומולוגים האבולוציוניים הסבירים של רצף בודד או של
יישור מרובה של משפחת רצפים. מסלול מחקר עיקרי הוא לשפר את
מודלים ניבוייים אבולוציוניים ב-HMMER כדי שיוכלו לזהות וליישר במדויק
הומולוגים מרוחקים יותר ויותר, מרוחקים בזמן.

HMMER משמש גם ככלי ארגוני, כדי לקבץ את המספר הגדל באופן אקספוננציאלי של
רצפים ביולוגיים לקבוצה קטנה בהרבה של משפחות רצפים מסומנות היטב. חדש
ניתן להוסיף הערות לרצפים על ידי השוואה מול מסדי נתונים של משפחות רצפים שנאספו
פרופילי HMMER שנבנו מראש, בנוסף או במקום השוואה לרצף כולו
מסד נתונים. מאגרי מידע כגון Pfam, SMART ו-TIGRfams, בין היתר, מבוססים על כך
עִקָרוֹן.

HMMER משמש בשלושה מצבים עיקריים: לחפש במסד נתונים של רצפים הומולוגים חדשים של
רצף או משפחת רצפים; לחפש במסד נתונים של פרופילים (כמו Pfam) כדי למצוא את מה שידוע
משפחה שאליה שייך רצף שאילתות, או אילו דומיינים יש לו; ולבנות באופן אוטומטי
יישורים מרובים גדולים (כלומר עם מספר בלתי מוגבל של רצפים) באמצעות א
פרופיל המייצג משפחת רצפים.

נניח שיש לך יישור רצפים מרובה של משפחת רצפים שמעניינת אותך, ואתה
רוצה לחפש במסד נתונים של רצפים הומולוגים נוספים. הממ לבנות בניית תוכניות
פרופיל(ים) ממספר יישורים. ה- hmmsearch התוכנית מחפשת פרופילי חלבון
כנגד מסד נתונים של רצפי חלבונים, ו נהמר מחפש פרופיל(ים) נוקלאוטידים כנגד
מסד נתונים של רצפי נוקלאוטידים

נניח שיש לך רצף יחיד שמעניין אותך, ואתה רוצה לחפש במסד נתונים של רצפים.
להומולוגים נוספים. ה- פמר תוכנית מחפשת רצף חלבון יחיד כנגד
מאגר רצפי חלבונים. ג'קמר התוכנית עושה את אותו הדבר אבל באופן איטרטיבי --
הומולוגים שזוהו בסבב קודם משולבים בפרופיל חדש, והחדש
הפרופיל מחפש שוב. פמר משמש כמו BLASTP, ו ג'קמר משמש כמו א
חלבון PSI-BLAST. ה- נהמר התוכנית מחפשת רצף נוקלאוטידים בודד כנגד
רצף נוקלאוטידים.

נניח שיש לך רצף/ים שברצונך לנתח באמצעות פרופיל HMM מבוסס HMMER.
מסד נתונים כמו Pfam (http://pfam.sanger.ac.uk). המפרס תוכנית פורמטת פרופיל HMM
flatfile (כגון הקובץ שהיית מוריד מ-Pfam) לתוך מסד נתונים בינארי HMMER.
השמיים ממסקנת התוכנית מחפשת רצף/ים של חלבונים מול מסד הנתונים הזה. nhmmscan
התוכנה יכולה לחפש באופן דומה רצף(ים) נוקלאוטידים כנגד מסד נתונים דחוס של
פרופילי נוקלאוטידים, כגון מ-Dfam (http://dfam.janelia.org).

נניח שאתה רוצה ליישר הרבה רצפים. אתה יכול לבנות רצף קטן יחסית לניהול
יישור של קבוצה מייצגת של רצפים, בניית פרופיל עם הממ לבנות, ולהשתמש
המליגן תוכנית ליישור מספר כלשהו של רצפים לפרופיל זה.

HMMER כולל גם כמה כלי עזר לעבודה עם מסדי נתונים גדולים.
המממפטץ' מאחזר פרופיל אחד או יותר ממסד נתונים. hmmstat מדפיס סטטיסטיקות סיכום
לגבי קובץ פרופיל.

לצורך תאימות עם תוכנות פרופיל אחרות וגירסאות קודמות של HMMER,
hmmconvert התוכנית ממירה פרופילים לכמה פורמטים אחרים. אנו מתכוונים להוסיף תמיכה נוספת
עבור פורמטים אחרים לאורך זמן.

השמיים המממממ התוכנית מייצרת (מדמה) רצפים "הומולוגיים" על ידי דגימה מ-
פרופיל. זה יכול גם ליצור רצף "קונצנזוס".

השמיים הממסים התוכנית היא סימולטור המשמש לאיסוף סטטיסטיקות על התפלגות ציונים
על רצפים אקראיים.

לכל תוכנית יש דף man משלה.

השתמש ב-hmmer באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net