ืืืื ืืคืงืืื hmmsim ืฉื ืืชื ืืืคืขืื ืืกืคืง ืืืืจืื ืืืื ืื ืฉื OnWorks ืืืืฆืขืืช ืืืช ืืชืื ืืช ืืขืืืื ืืืงืืื ืืช ืืืจืืืืช ืฉืื ื, ืืืื Ubuntu Online, Fedora Online, ืืืืืืืจ ืืงืืื ืฉื Windows ืื ืืืืืืืจ ืืงืืื ืฉื MAC OS
ืชึธืึฐื ึดืืช:
ืฉืึตื
hmmsim - ืืืกืืฃ ืืชืคืืืืช ื ืืงืื ืขื ืจืฆืคืื ืืงืจืืืื
ืชึทืงืฆึดืืจ
ืืืืกืื [ืืคืฉืจืืืืช]
ืชืืืืจ
ืื ืืื ื ืืืืกืื ืืชืืื ืืช ืืืืฆืจืช ืจืฆืคืื ืืงืจืืืื, ืืืจืืช ืืืชื ืขื ืืืืื/ืื ,
ืืืืฆืื ืกืืืื ืฉืื ืื ืฉื ืืืกืืืืจืืืช, ืขืืืืืช ืืืชืคืืืืช ืืืชืืืืช ืขืืืจ ืืืชืงืื
ืฆืืื ืื.
ืืืืกืื ืืื ื ืืืง ืืืื ืกืืจืื ืืืืืืช HMMER. ืืจืื ืืืฉืชืืฉืื ืื ืชืืื ืกืืื ืืื
ืชืฉืชืืฉ ืืื. ืืื ืืฉืืฉ ืืคืืชืื ืืืืืงืช ืืฉืืืืช ืืกืืืืกืืืืช ืืืฉืืฉืืช ืืงืืืขืช ืขืจืื P
ืืขืจืื E ื-HMMER3. ืืืืืื, ืืื ืฉืืืฉ ืืืฆืืจืช ืจืื ืืชืืฆืืืช ื-2008
ืืืืจ ืขื ืกืืืืกืืืงืช ืืืืฉืืจ ืืืงืืืืช ืฉื H3 (PLoS Comp Bio 4:e1000069, 2008;
http://www.ploscompbiol.org/doi/pcbi.1000069).
ืืืืืื ืฉืืืืืจ ืืืืื ืืืงืจ, ืื ืชืฆืคื ืฉืืื ืืืื ืืืง ืืื ืืืจืื
ืชืืื ืืืช ืืืืืื. ืืืืืื, ืืคืฉืจืืืืช ืขืฉืืืืช ืืงืืื ืืื ืืจืืงืฆืื ืืืจืืื ืืืืจืืช; ืื ืื ื ืื
ื ืืืง ืืื ื ืืกื ืืฆืคืืช ืืช ืื ืืฉืืืืืื ืืืคืฉืจืืื ืืฉืื ืื.
ืืืฉืืื ืืขืืงืจืืช ืืื ืืืชืืื ืืชืคืืืืช ืกืืืจืืช ืืงืกืืืืืช ืฉื Gumbel ืืฆืืื ื Viterbi ืื
ืกืืืจืืช ืืงืกืืืืืช ืื ื ืืงืกืคืื ื ืฆืืืื ืืฆืืื ื Forward ืืขืื ื ืืงืื ืืืื, ืืืืืืง ืฉืืื
ืืชืคืืืืช ืืืชืืืืช ืืฆืืืชืืช ืืืฉืขืจื ืฉืืืืื ~ log_2 ืขืืืจ ืฉื ื ื-Viterbi Gumbel
ืืืื ื ืืืงืกืคืื ื ืฆืืืื ืงืืืื.
ืืคืื ืืื ืืืืช ืืกืคืจืื, ืฉืืจื ืืืช ืืื ืืื. ืืจืืข ืืชืืืืช ืคืจืืืจืืืช ืฉืื ืืช
ืื ืชืื ื ืืฆืืื ื ืืืงืื: (1) ืืกืืืจืืช ืืืงืกืืืืืช ืืชืืืื ืื ืืืืงืื (mu/tau) ืืื
ืคืจืืืจืื ืฉื ืฉืืคืืข (ืืืืื); (2) ืืื ืื ืฉื lambda=log_2, ืืชืืื ืืงืกืืืืืช ื-
ืคืจืืืจ ืืืงืื ืืืื; (3) ืืื ืืื ืืื ืื ืฉื ืืืืื ืืชืืงื ืช ืงืฆื, ืืืืฆืขืืช ืืจื
ื ืืืื ื-H3 [Edy, 2008]; ืืื (4) ืฉืืืืฉ ืืฉื ื ืืคืจืืืจืื ืฉื ืงืืขื ืขื ืืื ืืืจื ืฉื H3
ื ืืืื. ืืกืืืืกืืืงื ืืคืฉืืื, ืืืืืจื ืืืืืืืืืช ืืกืื ืืจืืืช ืืืชืืื ืืืื ืืื 'E@10',
ืืขืจื ื-E ืืืืืฉื ืฉื ืืืืื ืืืืืจื ืืืงืื ื-10, ืฉืื ื ืืฆืคืื ืฉืืืื ืืขืจื 10.
ืืคืืจืื, ืืขืืืืืช ืฉื ืืคืื ืื:
ืฉื ืฉื ืืืื.
ืื ื ืืืง ืืืฆืืื ืื ืืืืืืื ืืืืชืจ ืฉืฉืืืฉื ืืืชืืื ืืืชืคืืืืช. ืขืืืจ Viterbi, MSV ื
ืฆืืื ืื ืืืืจืืืืื, ืื ืืืจืืจืช ืืืื ื-1.0 (ืืชืคืืืืช Gumbel ืืืชืืืช ืืื
ื ืชืื ืื). ืขืืืจ ืฆืืื ื ืงืืืื, ืืจืืจืช ืืืืื ืืื 0.02 (ืื ื ืืงืกืคืื ื ืฆืืืื ืืชืืื
ืืฆืืื ืื ืืืืืืื ืืืืชืจ ืฉื 2%).
mu/tau ืคืจืืืจ ืืืงืื ืืืชืืื ืืืจืืืช ืฉื ืืกืืืจืืช ืื ืชืื ืื.
ืืืืื ืคืจืืืจ ืฉืืคืืข ืืืชืืื ืืืจืืืช ืฉื ืืกืืืจืืช ืื ืชืื ืื.
E@10 ื-E-value ืืืืฉื ืขืืืจ ืืฆืืื ืืืืื ืืืืจืื ื-10 ('E@10') ืืืืฆืขืืช ML mu/tau
ืืืืืื. ืืืืืจื, ืื ืฆืคืื ืืืืืช ืืขืจื 10, ืื ืืขืจืืช E-value ืืืืชื
ืืืืืง.
mufix ืคืจืืืจ ืืืงืื, ืืืชืืื ืืงืกืืืืืช ืฉื ืกืืืจืืช ืขื ืฉืืคืืข ืืืืข (ืงืืืข).
ืคืจืืืจ ืืืืื ืฉื log_2 (0.693).
E@10fix
ื-E-value ืืืืฉื ืขืืืจ ืืฆืืื ืืืืืจื 10 ืืืืฆืขืืช mufix ืืืฆืคืื
lambda = log_2 = 0.693.
mufix2 ืคืจืืืจ ืืืงืื, ืืืชืืื ืืงืกืืืืืช ืฉื ืกืืืจืืช ืขื ืืคืงื-ืงืฆื ืืชืืงื
ืืืืื.
E@10fix2
ื-E-value ืืืืฉื ืขืืืจ ืืฆืืื ืืืืืจื 10 ืืืืฆืขืืช mufix2 ื- edge-effect-
ืืืืื ืืชืืงื ืช.
pmu ืคืจืืืจ ืืืงืื ืืคื ืฉื ืงืืข ืขื ืืื ื ืืื ืืืืืื ืฉื H3.
ืคืืืืื
ืคืจืืืจ ืฉืืคืืข ืืคื ืฉื ืงืืข ืขื ืืื ื ืืื ืืืืืื ืฉื H3.
pE@10 ื-E-value ืืืืฉื ืขืืืจ ืืฆืืื ืืืืืจื 10 ืืืืฆืขืืช pmu, plambda.
ืืกืืฃ ืืืื ืื ืืืืคืกืช ืฉืืจื ื ืืกืคืช, ืืืชืืืื ื-# ืืืกืืืช ืืช ื-
ืืื CPU ืืืืื ืืฉืืืืฉ ืขื ืืื ืืกืืืืืฆืืืช.
ืืืง ืืงืืฆื ืืคืื ืืืืคืฆืืื ืืืื ืื ืืคืืจืื xmgrace xy. xmgrace ืืื ืจื ืขืืฆืื ืืืืืคืฉืืืช
ืชืืื ื ืืืื ื ืืฉืจืืื ืืจืคืื.
ืฉืื ืืช ืืคืฉืจืืืืช
-h ืขึถืืจึธื; ืืืคืก ืชืืืืจืช ืงืฆืจื ืืืื ืืฉืืืืฉ ืืฉืืจืช ืืคืงืืื ืืื ืืืคืฉืจืืืืช ืืืืื ืืช.
-a ืืกืืฃ ื ืชืื ืื ืกืืืืกืืืื ืฆืคืืืื ืฉื ืืืจื ืืืฉืืจ Viterbi ืืื ืจืฆืฃ ืืืืื.
ืื ืขืืื ืจืง ืขื ืฆืืื ื Viterbi (ืืจืืจืช ืืืืื; ืจืื --vit). ืฉื ืืื ื ืืกืคืื
ืฉืืืช ืืืืคืกืื ืืืืืช ืืคืื ืขืืืจ ืื ืืื: ืืืืจื ืืืืืฆืข ืฉื Viterbi
ืืืฉืืจืื, ืืกืืืืช ืืชืงื.
-v (ืึดืืึผืึดื). ืืืคืก ืื ืืช ืืฆืืื ืื, ื ืืงืื ืืื ืืื ืฉืืจื.
-L ืืืืจ ืืช ืืืจื ืืจืฆืคืื ืฉื ืืืื ืืืงืจืื (ืื ืืืืืืืืืื) ื . ื
ืืจืืจืช ืืืืื ืืื 100.
-N ืืืืจ ืืช ืืกืคืจ ืืจืฆืคืื ืฉื ืืืื ืืืืคื ืืงืจืื ื . ืืจืืจืช ืืืืื ืืื 1000.
--ืืคื ืืคืขื ืืืฆื MPI ืืงืืื, ืชืืช ืืคืืจืื. ืื ืืงืืื ืืจืืช ืืฉืืืื
ืคืจืืคืื ืืื ืืื ืคืขื ืืชืืืื ืขืืื ืฉื MPI, ืื ืฉืืงืืื ืขืืืจืช ืจืง ืื
ืืฉ ืื ืืืชืจ ืืคืจืืคืื ืืื ื- , ืืืชื ืจืืฆื ืฉืืืื ืื ืืคืืืช ืืื
ืคืจืืคืืืื ืจืืื ืืชืืืืื ืขืืื MPI. (ืืืื ืจืง ืื ืืืืชื ืชืืืืช MPI ืืืคืฆืืื ืืืช
ืืืคืขื ืืืื ืืืืืืจ.)
ืืคืฉืจืืืืช ืฉืืืื ืชืคืืงื
-o ืฉืืืจ ืืช ืืืืช ืืคืื ืืจืืฉืืช ืืงืืืฅ ืืืงืื ืืฉืืื ืืืชื ื-stdout.
--ืงืืืฅ
ืืขืช ืืืกืืฃ ืกืืืืกืืืงืืช ืืืฉืืจ Viterbi (ื -a ืืคืฉืจืืช), ืขืืืจ ืื ืืืืื
ืจืฆืฃ, ืคืื ืฉื ื ืฉืืืช ืืื ืฉืืจื ืืงืืืฅ : ืืืจื ืืืืคืืืืื
ืืืฉืืจ, ืืฆืืื ืืกืืืืืช ืฉื Viterbi. ืืืจืฉ ืื ื -a ื ืขืฉื ืฉืืืืฉ ืื ืืืืคืฆืื.
--efile
ืคืื ืขืืืื ืฉื ืืืจืื ืืขืืืช E-value ืืคืืจืื XMGRACE xy ืืงืืืฅ . ืฆืืจ ื-x ืืื ื
ืืจืื ืฉื ืจืฆืฃ ืื, ืืืฆืืื ืืืืื ืืืืชืจ ืื ืืื ืืืืชืจ; ืฆืืจ ื-y ืืื ืขืจื ื-E
ืืืืฉื ืขืืืจ ืจืฆืฃ ืื. ืขืจืื E ืืืืฉืืื ืืืืฆืขืืช ื ืืืื ืืจืืจืช ืืืืื ืฉื H3
(ืืืืืจ ืืคืจืืืจืื ืฉื pmu, ืคืืืืื ืืืืืช ืืคืื). ืืชื ืืฆืคื ืืืชืืื ืืกื
ืืื ืืจืื ื-E-value ืื ืขืจืื E ื ืืืืื ืืืืืืง.
--file
ืคืื ืงืืืฅ "ืืื ืืกื ื" ื : ืขืืืจ ืื ืืื, ืฉืืจื ืขื ืฉืืืฉื ืฉืืืช:
ืฉื ืืืื, ืืกืคืจ ืืจืฆืคืื ืืขืืืจืื ืืช ืกืฃ ืขืจื ื-P ืืฉืืจืืจ ืฉื
ืจืฆืคืื ืืขืืืจืื ืืช ืกืฃ ืขืจื P. ืึดืจึฐืืึนืช --ืคืืจืฉ ืืืืืจืช ืขืจื P
ืกืฃ, ืฉืืจืืจืช ืืืืื ืืื 0.02 (ืกืฃ ืืกื ื MSV ืืจืืจืช ืืืืื ื-H3). ื-P-
ืืขืจืืื ืื ืืคื ืฉื ืงืืขื ืขื ืืื ื ืืืื ืืจืืจืช ืืืืื ืฉื H3 (ืืคืจืืืจืื pmu,plambda ื
ืืืืช ืืคืื). ืื ืืื ืืกืืจ, ืืชื ืืฆืคื ืืจืืืช ืืื ืคืืืืจ ืฉืืื ื-
ืืืืจืช ืขืจื P ืืืื ืฉื ืืกืฃ.
--pfile
ืคืื ืืืงืืช ืืืฉืจืืืช ืืฆืืืจืืช (P(S>x)) ืืงืืืฅ ืืคืืจืื XMGRACE xy. ืฉื
ืื ืฉืืืฉ ืืืงืืช: (1) ืืชืคืืืืช ืื ืืงืื ืื ืฆืคื; (2) ืืกืืืจืืช ืืืงืกืืืืืช
ืืืืงื ืืฆืืืืช; (3) ืืชืืื ืฉื ืกืืืจืืช ืืงืกืืืืืช ืืคืจืืืจ ืืืืงืื
(ืื/ืืื) ืชืื ืืื
ืืื ืื ืฉื lambda=log_2.
--xfile
ืคืื ืืช ืฆืืื ื ืืกืืืืืช ืืืขืจื ืืื ืืจื ืฉื ืฆืคืื ืืขืื ืืืืง ืืคืื (8 ืืชืื ืืื
ืฆืืื) ืืงืืืฅ . ืชืืื ืืืช ืืื Easel's esl-histplot ืืืื ืืงืจืื ืงืืฆืื ืืื ืืจืืื ืืืื.
ืื ืฉืืืืฉื ืืขืช ืืฆืืจืช ืืืื ืืืื ืืืืืื ืืืืืื.
ืืคืฉืจืืืืช ืฉืืืื ืืื ืชึฐืฆืึผืจึธื (ืืฆื)
H3 ืืฉืชืืฉ ืจืง ืืืืฉืืจ ืืงืืื multihit ( --fs ืืฆื), ืืืื ืื ื ืืืืื ืื ืฉื
ืืชืืืืช ืกืืืืกืืืืช. ืฆืืื ื ืืืืฉืืจ ืืืงืืื ืฉื Unihit (Smith/Waterman; -- sw ืืฆื) ืื ืืฆืืืช ืฉืื ื
ืืฉืขืจืืช ืกืืืืกืืืืช. ื ืชืื ืื ืกืืืืกืืืื ืฉื ืืืฉืืจ ืืืืืื (ืื multihit ืื unihit).
ืขืืืื ืื ืืืื ืืกืคืืง ืืื ืืืชืื ืืจืืื.
--fs ืืกืืฃ ืฆืืื ื ืืืฉืืจ ืืงืืืืื ืืจืืื-ืืืืื. ืืืื ืืจืืจืช ืืืืื. ืืืฉืืจ ืืื
'ืืฆื ืืืคืืฉ ืงืืข'.
-- sw ืืกืืฃ ืฆืืื ื ืืืฉืืจ ืืงืืืืื ืฉื unihit. ืืฆื H3 J ืืืฉืืช. ืืืฉืืจ ืืื
'ืืฆื ืืืคืืฉ ืกืืืช'/ืืืืจืื'.
--ls ืืกืืฃ ืฆืืื ื ืืืฉืืจ ืืืืงืื ืืจืืื-ืืืืื. ืืืืฉืืจ ืืืืืื (ืืืืืื/ืืงืืื), ื
ืืืืื ืืืื ืืืื ืืืชืืืฉืจ, ืืจืฆืฃ ืฉื ืืืขื. ืืื ืืกื/ืืฆืืื ืืืงืืืืช ืฉื H3
ืืกืชืืจืืืืช ืืืขืืจ ืืืฉืืชืืช. 'ls' ืืืืข ืืืืืกืืืจืื ืฉื HMMER2
ืืจืืื ืืืืืื ืืืืฉืืจ ืืงืืื ืจื-ืืืืข ื'ืืฆื ืืืคืืฉ ืืงืืื'.
--ืฉ ืืกืืฃ ืฆืืื ื ืืืฉืืจ ืืืืงืื unihit. ืื ืืืื ืช H3 J ืืื ืื ืืกื/ืืฆืืื ืืงืืืืช
ืืกืชืืจืืืืช ืืืขืืจ ืืืฉืืชืืช. 's' ืืืืข ืืืืืกืืืจืื ืฉื HMMER2
ืืจืืื ืืืืืื ืืืืฉืืจ ืืืืงืื unihit.
ืืคืฉืจืืืืช ืฉืืืื ืึฐื ึดืึธื ืึทืืืึนืจึดืืชึฐื
--vit ืืกืืฃ ืฆืืื ื ืืืฉืืจ ืกืืืจืืช ืืงืกืืืืืช ืฉื Viterbi. ืืืื ืืจืืจืช ืืืืื.
--fwd ืืกืืฃ ืฆืืื ื ืืกืืืจืืช ืฉื ืืืื ืืกืืืืืื ืงืืืื, ืืืกืืืืื ืขื ืคื ื ืื ืกืืื ืืืฉืืจ.
--ืืื ืืกืืฃ ืฆืืื ืื 'ืืืืจืืืืื', ืืคื ืฉืืชืืืจ ืืืืืจืื ืฉื ืื ืืืืื (ืืืฉื,
ืืืืืื ืคืืจืืืืงื 18:864, 2002). ืืื ืืืืืื ืืืฉืื ืืืจืืฆืช ืงืืืื ืืืงืืช
ืขืจื ืืชื ืืืงืกืืืื. ืืืกืคืจ ืขืฆืื ืืกืจ ืืืืืืฆืื ืกืืืืกืืืช,
ืืื ืืืชืคืืืืช ืฆืคืืื ืืืืืช ืืชืคืืืืช ืขืจืืืช ืื ืืืืช ืืืื
(ืืืื).
--msv ืืกืืฃ ืฆืืื ื MSV (ืืจืืืื ืืงืืข Viterbi ืื ืืืืื), ืชืื ืฉืืืืฉ ื-main ืฉื H3
ืืืืจืืกืืืช ืชืืืฆื.
--ืึธืึดืืจ ืขืืืจ ืื ืืืช ืืืืคืฉืจืืืืช ืืขืื, ืืฉืชืืฉ ืืืืฉืื ืืืืฆืืจ ืืืืคืืืืื ืฉื H3 (ืืืืฆืขืืช
ืืงืืืจืืืฆืื ืฉื SIMD). ืืจืืจืช ืืืืื ืืื ืืืฉืชืืฉ ืืืืฉืืืื ืืืงืจืื ืืขื
ืืืืช ืฉื ืืืืง ืืกืคืจื. ืื ืืืื ืืืื ืืก ืจืขืฉ ืืืืื
ืกืืืืืฆืืืช ืกืืืืกืืืืช ืืืชืืืืช, ืื ืืฉืืื ืืืืื ืืืืืื ืืืื ืืืืืืง
ืคืจืืื, ืขืืืฃ ืืืืืช ืืกืืื ืืืืื ืืช ืืงืืจ ืืจืขืฉ ืืื ืืืืฆื.
ืืคืฉืจืืืืช ืฉืืืื ืึฐืฆืึผืึธื ืึธื ึธื ืืืื ืื ืขืืืจ ืงึธืึดืืึธื
ืื ืืกืืืื ืืกืืืืื, ืืื ืฉืืืืฉื ืืืชืืื ืฆืืื ื Forward ืืืืืื ืฉื ืื ืืืช ืฉืื ืื
ืืืื ืื, ืืื ืจืง ืืื. ืืคืฉืจืืืืช ืืื ืืกืคืงืืช ืื ืื ืื ืืืชืืื ืฉืืื ืฉื
ืืืื ืืจืืื ืฉื ืืกืืช ืื ื ืฉืื ืืช. ืขืืืจ ืื ืืกืช ืื ื ืฉืื ื ื ืืฆืจ ืงื
ืืคืื.
--tmin
ืืืืจ ืืช ืืืืื ืืชืืชืื ืขื ืืืืงืช ืืกืช ืืื ื. (ืืจืืจืช ืืืืื ืืื 0.02 ืขืืืจ ื
ืืกืช ืื ื ืืืื ืืืืืืจ ืืืจืืจืช ืืืื.)
--tmax
ืืืืจ ืืช ืืืืื ืืขืืืื ืขื ืืืืงืช ืืกืช ืืื ื. (ืืจืืจืช ืืืืื ืืื 0.02 ืขืืืจ ื
ืืกืช ืื ื ืืืื ืืืืืืจ ืืืจืืจืช ืืืื.)
--tpoints
ืืืืจ ืืช ืืกืคืจ ืืกืืช ืืื ื ืืืืืื, ืืื ื --tmin ืืืกืชืืื ื --tmax.
(ืืจืืจืช ืืืืื ืืื 1, ืขืืืจ ืืจืืจืช ืืืืื ืฉื ืืกืช ืื ื ืืืื ืฉื 0.02).
--ืืื ืืืจื
ืืืื ืืืืื ืฉื ืืกืืช ืื ื ืขื ืืจืืื ืืื ืืืจื ืืืื. ืืจืืจืช ืืืืื ืืื ืืืฉืชืืฉ
ืืจืืื ืืืืจืืชืื ืืืื.
ืืคืฉืจืืืืช ืฉืืืื H3 ืคืจืืืจ ืืึผืืึธื ืฉืืืืช
H3 ืืฉืชืืฉ ืืฉืืืฉ ืกืืืืืฆืืืช ืงืฆืจืืช ืฉื ืจืฆืฃ ืืงืจืืืืช ืืื ืืืขืจืื ืืช ืคืจืืืจื ืืืืงืื ืขืืืจื
ืืชืคืืืืช ืืฆืืื ืื ืืฆืคืืื ืขืืืจ ืฆืืื ื MSV, ืฆืืื ื Viterbi ืืฆืืื ื Forward. ืืื
ืืคืฉืจืืืืช ืืืคืฉืจืืช ืืฉื ืืช ืกืืืืืฆืืืช ืืื.
--EmL
ืืืืืจ ืืช ืืืจื ืืจืฆืฃ ืืกืืืืืฆืื ืฉืืขืจืืื ืืช ืคืจืืืจ ืืืืงืื mu ืขืืืจ
ืขืจืื MSV E. ืืจืืจืช ืืืืื ืืื 200.
--EmN
ืืืืืจ ืืช ืืกืคืจ ืืจืฆืคืื ืืกืืืืืฆืื ืฉืืขืจืืื ืืช ืคืจืืืจ ืืืืงืื mu
ืขืืืจ ืขืจืื MSV E. ืืจืืจืช ืืืืื ืืื 200.
--EvL
ืืืืืจ ืืช ืืืจื ืืจืฆืฃ ืืกืืืืืฆืื ืฉืืขืจืืื ืืช ืคืจืืืจ ืืืืงืื mu ืขืืืจ
Viterbi E-values. ืืจืืจืช ืืืืื ืืื 200.
--EvN
ืืืืืจ ืืช ืืกืคืจ ืืจืฆืคืื ืืกืืืืืฆืื ืฉืืขืจืืื ืืช ืคืจืืืจ ืืืืงืื mu
ืขืืืจ ืขืจืื Viterbi E. ืืจืืจืช ืืืืื ืืื 200.
--EfL
ืืืืืจ ืืช ืืืจื ืืจืฆืฃ ืืกืืืืืฆืื ืฉืืขืจืืื ืืช ืคืจืืืจ ืืืืงืื tau
ืขืืืจ Forward E-values. ืืจืืจืช ืืืืื ืืื 100.
--EfN
ืืืืืจ ืืช ืืกืคืจ ืืจืฆืคืื ืืกืืืืืฆืื ืฉืืขืจืืื ืืช ืคืจืืืจ ืืืืงืื
tau ืขืืืจ Forward E-values. ืืจืืจืช ืืืืื ืืื 200.
--Eft
ืืืืืจ ืืช ืืืง ืืกืช ืืื ื ืื ืฉืืชืืื ืืกืืืืืฆืื ืฉืืขืจืืื ืืช ืืืืงืื
ืคืจืืืจ tau ืขืืืจ ืืขืจืืืช ืงืืืื. ืืจืืจืช ืืืืื ืืื 0.04.
ืคืืชืจืื ืืคืฉืจืืืืช
--ืืึผืึธื
ืืืืชืืจ ืืืืื ืืืจืกืช ืืืืกืืจ/ืขืืื ืฉื MPI: ืืฉืื ืืืืจ ืืชืืื, ืืื ืืืคืขืื ืืช
ืืคืชื ืืื ืืฆืจืฃ ืืืืื ืืชืืืืื ืืืืกืืจ ืืืขืืืืื ืืคืืขืืื. ืึดืฉืึฐืืึนืึท
ืืืช SIGCONT ืืฉืืจืืจ ืืืฉืืื. (ืชืืช gdb: (gdb) ืืึนืช NEXTCONT) (ืจืง
ืืืื ืื ืชืืืืช MPI ืืืคืฆืืื ืืืช ืืืคืขืื ืืืื ืืืืืืจ.)
--ืึถืจึทืข
ืืืืจ ืืช ื-Seed ืฉื ืืืกืคืจ ืืืงืจืื ื . ืืจืืจืช ืืืืื ืืื 0, ืื ืฉืืืคื ืืช ืืืกืคืจ ืืืงืจืื
ืืืืื ืืืฉืชืืฉ ืืจืข ืฉืจืืจืืชื, ืื ืจืืฆืืช ืฉืื ืืช ืฉื ืืืืกืื ืืืื ืืืขื
ืืืืื ืืืฆืืจ ืืืื ืกืืืืกืื ืืืจ. ืขืืืจ ืืืชืืจ ืืืืื, ืื ืฉืืืืฉื
ืืืคืืช ืชืืฆืืืช ืฉื ืืชื ืืช ืืฉืืืืจ, ืขื ืืื ืชืืงืื ืืจืข ืฉื ืืกืคืจ ืืงืจืื.
ื ืืกืืื ื ืืคืฉืจืืืืช
ืืคืฉืจืืืืช ืืื ืฉืืืฉื ืืืืืื ืงืื ืฉื ื ืืกืืืื ืืืฉืืฉืื ืฉืื ืื.
--bgflat
ืืืืจ ืืช ืืชืคืืืืช ืฉืืจืืืช ืืจืงืข ืืคืืืืจ ืืืื, ืื ืขืืืจ
ืืืจืืช ืืืื ืืืคืก ืืืฉืืฉ ืืืืฉืื ืฆืืื ืื, ืืืืคืงืช ื
ืจืฆืคืื ืืงืจืืืื. ืืจืืจืช ืืืืื ืืื ืฉืืืืฉ ืืชืืจ ืจืงืข ืืืืฆืืช ืืืื ื ืกืื ืืจืืืืช
ืืคืฆื.
--bgcomp
ืืืืจ ืืช ืืชืคืืืืช ืฉืืจืืืช ืืจืงืข ืืืจืื ืืืืืฆืข ืฉื ืืคืจืืคืื.
ืื ืฉืืืฉ ืืืงืืจืช ืืืง ืืืืฉืคืขืืช ืฉื ืืจืื ืืืื.
--x-no-lengthmodel
ืืื ืืช ืืื ืืืจื ืจืฆืฃ ืืืขื H3. ืืืืจ ืืช ืืืขืืจืื ืืขืฆืืืื ืขืืืจ N,C,J
ืืืื ืืืคืก ื-350/351 ืืืงืื ืืืช; ืื ืืืงื ืืช HMMER2. ืื ืจืขืืื ืืื ื
ืืืื. ืื ืฉืืืฉ ืืื ืืืืืื ืืช ืืื ืืืืืืื ืืขืืงืจืืื H2 ืืขืืืช H3.
--ื ื
ืืืืจ ืืช ืืคืจืืืจ nu ืขืืืจ ืืืืืจืืชื MSV -- ืืืกืคืจ ืืฆืคืื ืฉื ืืงืืืืื ืื ืืืืฉืจืื
ืืืฉืืจ ืืื ืจืฆืฃ ืืืจื. ืืจืืจืช ืืืืื ืืื 2.0, ืืืงืืืื ื-E->J
ืืกืชืืจืืช ืืขืืจ ืฉื 0.5. ืื ืฉืืืฉ ืืื ืืืืืง ืื ืืฉืชื ื nu has
ืืฉืคืขื ืืฉืืขืืชืืช ืขื ืืชืืฆืื (ื ืจืื ืฉืื, ืืกืืืจืืช ืืืืื). ืืคืฉืจืืช ืื ืืืื
ืขืืื ืื --msv ื ืืืจ (ืื ืืฉืคืืข ืจืง ืขื MSV), ืืื ืื ืืขืืื ืขื --ืึธืึดืืจ
(ืืืืืื ืฉืืืืืืฉืื ืืืืคืืืืืืื ืืงืืฉืจืื ืืื ืื ืฉ-nu=2.0).
--ืคืืจืฉ
ืืืืจ ืืช ืกืฃ ืขืจื ื-P ืฉื ืืืกื ื ืืฉืืืืฉ ืืืฆืืจืช ืงืืฆื ืืื ืืกื ื
--file. ืืจืืจืช ืืืืื ืืื 0.02 (ืื ืฉืืชืืื ืืืืืงืช ืฆืืื ื MSV,
ืืืืืื ืฉืืื ืืจืืจืช ืืืืื ืฉื ืกืฃ ืืกื ื MSV ืืฆืื ืืจ ืืืืฆื ืฉื H3.)
ืืคืฉืจืืืืช ืืชืืืืืช ืืืจืืช (ืืชืืืช ืืจืืจืืช ืืืื ืืฆื ืจืช ืืืฆื) ืืืื
0.001 ืขืืืจ Viterbi, ื-1e-5 ืขืืืจ Forward.
ืืฉืชืืฉ ื-hmmsim ืืืื ืืจื ื ืืืืฆืขืืช ืฉืืจืืชื onworks.net