king-probe - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

king-probe - הערך והצג אריזה בין-אטומית של חלבון

תיאור

תחביר: probe input.pdb >> out.kin

או: probe [flags] "src pattern" ["דפוס יעד"] pdbfiles... >> out.kin

דגלים:
-עצמי צומת עצמי: src -> src (ברירת מחדל)

-שניהם מצטלבים לשני הכיוונים: src <=> targ

-פַּעַם צומת יחיד: src -> targ

-הַחוּצָה משטח ואן דר ואלס חיצוני של src (משטח מגע ממס)

-אוטובונדרוט שם הקובץ
לקרוא ולעבד קובץ autobondrot

קיצורי דרך:

< > אותו דבר כמו: -4 ח -mc -הט -עצמי "altA ogt33"

-ברירות מחדל
זהה ל: < >, אבל מאפשר כמה דגלים אחרים

-SCSurface כמו: -יְרִידָה -rad1.4 אאוט "לא מים"

-חָשׂוּף
כמו: -יְרִידָה -rad1.4 אאוט (הערה: דפוס אספקה ​​למשתמש)

-ASurface
כמו: -יְרִידָה -rad0.0 -הוסף1.4 אאוט "לא מים"

-גִישָׁה
כמו: -יְרִידָה -rad0.0 -הוסף1.4 אאוט (הערה: דפוס אספקה ​​למשתמש)

-SCAN0 כמו: -4 ח -mc -עצמי "alta blt40 ogt33"

-SCAN1 כמו: -4 ח -פַּעַם "sc alta blt40 ogt33" "alta blt40 ogt65,(לא מים ogt33)"

-DUMPAtominfo
לספור את האטומים בבחירה: src

(שים לב ש-BOTH ו-ONCE דורשים שני תבניות בזמן

OUT, SELF ו- DUMPATOMINFO דורשים רק דפוס אחד)

-משתמע
מימנים מרומזים

-מְפוֹרָשׁ
מימנים מפורשים (ברירת מחדל)

-צְפִיפוּת#
הגדר צפיפות נקודות (ברירת מחדל 16 נקודות/מרובע A)

-רַדִיוּס#.#
הגדר רדיוס בדיקה (ברירת מחדל 0.25 A)

-ADDvdw#.#
היסט נוסף לרדיוסים של ואן דר ואלס (ברירת מחדל 0.0)

-SCALEvdw#.# גורם סולם עבור רדיוסי ואן דר ואלס (ברירת מחדל 1.0)

-COSCale#.#
סולם C=O רדיוסי ואן דר ואלס פחמן (ברירת מחדל 0.94)

-דָרְבָּן צייר ספייק במקום נקודות (ברירת מחדל)

-דָרְבָּן#.#
הגדר סולם ספייק (ברירת מחדל=0.5)

-NOSpike
לצייר רק נקודות

-HBרגיל#.# חפיפה מקסימלית עבור Hbonds רגיל (ברירת מחדל=0.6)

-HBCטעון#.# חפיפה מקסימלית עבור Hbonds טעונים (ברירת מחדל=0.8)

-לִשְׁמוֹר לשמור על אטומים לא נבחרים (ברירת מחדל)

-יְרִידָה להפיל אטומים לא נבחרים

-לְהַגבִּיל הגבל את נקודות הבליטה למרחק מקסימלי בעת נשיקה (ברירת מחדל)

-אין גבול
אל תגביל נקודות בליטות

-עֲדָשָׁה הוסף מילת מפתח עדשה לקובץ קרוב

-נולנים
אל תוסיף מילת מפתח עדשה לקובץ קרוב (ברירת מחדל)

-MC כוללים אינטראקציות mainchain->mainchain

-HETs כלול נקודות לקבוצות HET שאינן מים (ברירת מחדל)

-NOHETs
לא לכלול נקודות לקבוצות HET שאינן במים

-מים
כלול נקודות למים (ברירת מחדל)

-NOWATers
לא לכלול נקודות למים

-WAT2wat
להראות נקודות בין המים

-DUMPH2O
כוללים מים H? רשימת וקטורים בפלט

-4 ח הארך את הסרת נקודות השרשרת ל-4 עבור H (ברירת מחדל)

-3 הגבל את הסרת נקודות השרשרת ל-3

-2 הגבל את הסרת נקודות השרשרת ל-2

-1 הגבל את הסרת נקודות השרשרת ל-1

-להתעלם ירידה מפורשת של "דפוס": התעלם מאטומים שנבחרו לפי דפוס

-DOCHO
להכיר CH..O Hbonds

-צ'ו#.#
גורם קנה מידה עבור ציון CH..O Hbond (ברירת מחדל=0.5)

-PolarH
השתמש ברדיוסים קצרים של מימנים קוטביים (ברירת מחדל)

-NOPolarH
אל תקצר רדיוסים של מימנים קוטביים

-NOFACEhbond אין לזהות HBonds לפנים ארומטיות

שם "שם" ציין את שם הקבוצה (ברירת מחדל "נקודות")

-DOTMASTER
שם הקבוצה משמש כמאסטר נוסף={name} ברשימות

-NOGroup
אל תיצור משפט @group בפלט בפורמט .kin

-KINimage
הוסף הצהרה @kinemage 1 לראש הפלט בפורמט .kin

-ספירת נקודות
לייצר ספירת נקודות - לא רשימת נקודות

-לא מעוצב
פלט מידע גולמי על נקודה

name:pat:type:srcAtom:targAtom:mingap:gap:spX:
spY:spZ:spikeLen:score:stype:ttype:x:y:z:sBval:tBval:

-OFORMAT
פלט מידע נקודה מעוצב לתצוגה ב-O

-XVFORMAT
פלט מידע נקודה מעוצב לתצוגה ב-XtalView

-שורה אחת
פלט שורה אחת :contacts:by:severity:type:

-GAPcolor
צבע נקודות לפי כמות הפער (ברירת מחדל)

-צבע ATOM
צבע נקודות לפי סוג אטום

-צבע בסיסי
נקודות צבע לפי סוג בסיס חומצת גרעין

-COLORBase
צבע נקודות לפי פער וסוג בסיס חומצת גרעין

-OutCOLor "שם" ציין את צבע הנקודה עבור -הַחוּצָה (ברירת מחדל "אפור")

- GAPWeight#
הגדר משקל עבור פערי ניקוד (ברירת מחדל 0.25)

- משקל בליטה# הגדר קנה מידה יחסי לניקוד מהמורות (ברירת מחדל 10.0)

-HBWeight#
הגדר סולם יחסי לניקוד Hbonds (ברירת מחדל 4.0)

-DIV נמוך#.#
חלוקה לקטגוריות Bump (ברירת מחדל -0.4)

-DIVHigh#.#
חלוקה לקטגוריות אנשי קשר (ברירת מחדל 0.25)

-MINOCcupancy#.#
התפוסה מתחת לזה זהה לאפס (ברירת מחדל 0.02)

-אֵלֵמֶנט
הוסף כפתורי מאסטר עבור אלמנטים שונים בפלט קרוב

-NOHBOUT
אל תוציא מגעים עבור HBonds

-NOCLASHOUT
אל תוציא מגעים עבור התנגשויות

-NOVDWOUT
אל תוציא מגעים עבור אינטראקציות ואן דר ואלס

-רק BADOUT
onlybadout פלט התנגשויות רעות (מגעי חפיפה חמורה)

-סיכום
פלט רשימת סיכום של אנשי קשר והתנגשויות

-שורה אחת
רשימת סיכום פלט ב-oneline

-הערות
אל תציג את טיקר שם השאריות במהלך העיבוד

-STDBONDs
נניח רק דפוסי קשר סטנדרטיים בשאריות סטנדרטיות

-NOPARENT
אין לקשר מימנים על סמך טבלת אטומים כבדים של האב

-SEGID השתמש בשדה PDB SegID כדי לתאר בין השאריות

-OLDU ליצור סגנון ישן -u פלט: kissEdge2BullsEye וכו'

-מִלוּלִי
מצב מילולי (ברירת מחדל)

-התייחסות
הצג מחרוזת התייחסות

-שינויים
להציג רשימה של שינויים בתוכנית

-שֶׁקֶט מצב שקט

-עֶזרָה הצג הודעת עזרה מורחבת (כוללת דגלים אחרים)

-גִרְסָה
גרסת שורה אחת ל-stdout

רכיבי דפוס: (יש לשים במרכאות בשורת הפקודה)

קובץ # בתוך קובץ #

דגם # בתוך דגם #

CHAINaa
בתוך שרשרת א

SEGaaaa
מזהה פלח aaaa (כאשר _ מייצג ריק)

ALTa קונפורמציה חלופית א

ATOMaaa
שם האטום aaaa (כאשר _ מייצג ריק) (כל 4 התווים משמשים כך ש-H יהיה
ATOM_H__)

שארית RESaaa aaa

# שארית #

#שארית #, הכנס א

#-# טווח שאריות # (לא הוסף קודים)

סוג שאריות לפי קודי אות אחת (למשל y)

סוג שאריות aaa לפי קודי שלוש אותיות (למשל tyr)

הכל, חלבון, MC, SC, BASE, אלפא, בטא, חנקן, פחמן,
חמצן, גופרית, זרחן, מימן, מתכת, פולארי,
לא קוטבי, טעון, תורם, מקבל, ארומטי, מתיל, HET, מים, DNA, RNA

כולם או תת-קבוצה של האטומים

OLT# תפוסה פחות מ-# (אחוז שלם)

OGT# תפוסה גדולה מ-# (אחוז שלם)

BLT# B-value קטן מ-# (מספר שלם)

BGT# B-value גדול מ-# (מספר שלם)

INSa הכנס קוד a (כאשר _ מייצג ריק)

בתוך #.# מתוך #.#, #.#, #.#
אטומים במרחק מהנקודה

ניתן לשלב דפוסים לרשימות מופרדות בפסיקים כגון "trp,phe,tyr" משמעות
TRP או PHE או TYR.

דפוסים המופרדים על ידי ריקים חייבים להיות נכונים, כגון "שרשרת 1-5" כלומר
שאריות 1 עד 5 בשרשרת B.

ניתן גם לקבץ דפוסים בסוגריים, להפריד בין מספר תבניות באמצעות |
כלומר 'או' ובחרו את המשלים עם NOT כמו ב"לא file1" כלומר לא ב
קובץ 1.

קובץ autobondrot דומה לקבצי קלט אחרים של PDB אך הוא כולל מידע
זיהוי אטומים הכפופים לסיבובים ותמורות אחרות.

דוגמה לקטע קובץ אוטובונדרוט המציג סיבוב קשר Calpha-Cbeta ומחזוריות
פונקציית עונש פיתול עבור סיבוב זה

ATOM 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00

bondrot:chi1:78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

cos:-3:60:3: ATOM 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
ATOM 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 ATOM 1 CG
TYR 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...

פקודות Autobondrot משתמשות בנקודתיים כדי להפריד בין ערכים טרנספורמציות:
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

NULL # דמה

פונקציות הטיה:
COS:scale:phaseOffset:frequency POLY:scale:offset:polynomialDegree CONST:value

מִסעָף:
שמור ושחזור או "(" ו-")"

(למשל כדי לסובב כל צ'י ואת המתילים עבור איזולאוצין את

הרצף הוא: rotChi1/SAVE/rotChi2/rotCD1/RESTORE/rotCG2)

הגדר כיוון: GO:angle1:angle2:... כלול קבצים: @filename הערות:
טקסט תגובה אחד

בדיקה: גרסה 2.13.110909, זכויות יוצרים 1996-2011, J. Michael Word

השתמש ב-king-probe באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net