macs2_bdgdiff - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

macs2_bdgdiff - ניתוח מבוסס מודלים ל-ChIP-Sequencing

תיאור

שימוש: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG

[-C CUTOFF] [-l MINLEN] [-g MAXGAP] [--d1 DEPTH1]
[--d2 DEPTH2] [--outdir OUTDIR] (--o-תחילית OPREFIX | -o OFILE OFILE OFILE)

אופציונלי טיעונים:
-h, - עזרה
הצג הודעת עזרה זו וצא

--t1 T1BDG
MACS pileup bedGraph למצב 1. לא תואם ל-calpeak --SPMR פלט.
נדרש

--t2 T2BDG
MACS pileup bedGraph למצב 2. לא תואם ל-calpeak --SPMR פלט.
נדרש

--c1 C1BDG
MACS control lambda bedGraph למצב 1. לא תואם עם callpeak --SPMR
תְפוּקָה. נדרש

--c2 C2BDG
MACS control lambda bedGraph למצב 2. לא תואם עם callpeak --SPMR
תְפוּקָה. נדרש

-C לחתוך, --לחתוך לחתוך
ניתוק logLR. ברירת מחדל: 3 (יחס סבירות=1000)

-l MINLEN, --min-len MINLEN
אורך מינימלי של אזור דיפרנציאלי. נסה ערך גדול יותר כדי להסיר אזורים קטנים.
ברירת מחדל: 200

-g MAXGAP, --מקסימום פער MAXGAP
פער מרבי למיזוג אזורים דיפרנציאליים סמוכים. שקול פער רחב יותר עבור רחב
סימנים. הרווח המרבי צריך להיות קטן מהאורך המינימלי (-g). ברירת מחדל: 100

--ד1 DEPTH1, --עומק1 DEPTH1
עומק רצף (מספר קריאות לא מיותרות במיליון) עבור תנאי 1. זה יהיה
בשימוש יחד עם --ד2. ראה תיאור עבור --ד2 להלן כיצד להקצות אותם.
ברירת מחדל: 1

--ד2 DEPTH2, --עומק2 DEPTH2
עומק רצף (מספר קריאות לא מיותרות במיליון) עבור תנאי 2. זה יהיה
בשימוש יחד עם --ד1. DEPTH1 ו- DEPTH2 ישמשו לחישוב קנה המידה
גורם עבור כל מדגם, כדי להקטין מדגם גדול יותר לרמה של מדגם קטן יותר.
לדוגמה, בעת השוואת 10 מיליון תנאי 1 ו-20 מיליון תנאי 2, השתמש
--ד1 10 --ד2 20, ואז ערך ה-pileup ב-bedGraph עבור תנאי 2 יחולק ב
2. ברירת מחדל: 1

--outdir OUTDIR
אם צוין, כל קבצי הפלט ייכתבו לאותה ספרייה. ברירת מחדל: ה
מדריך העבודה הנוכחי

--o-תחילית OPREFIX
קידומת קובץ פלט. קבצים בפועל ייקראו בשם PREFIX_cond1.bed,
PREFIX_cond2.bed ו-PREFIX_common.bed. סותרים זה את זה עם -o/--ofile.

-o OFILE OFILE OFILE, --file OFILE OFILE OFILE
פלט שמות קבצים. חייב לתת שלושה טיעונים לפי הסדר: 1. קובץ עבור אזורים ייחודיים ב
תנאי 1; 2. קובץ עבור אזורים ייחודיים בתנאי 2; 3. קובץ עבור אזורים נפוצים
בשני התנאים. הערה: סותרים זה את זה עם --o-תחילית.

השתמש ב-macs2_bdgdiff באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net