זוהי הפקודה macs2_bdgopt שניתן להפעיל בספק האחסון החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו בחינם, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
macs2_bdgopt - ניתוח מבוסס מודלים ל-ChIP-Sequencing
תיאור
שימוש: macs2 bdgopt [-h] -i IFILE [-m {כפיל,הוסף,p2q}]
[-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]] [--outdir OUTDIR] -o
OFILE
אופציונלי טיעונים:
-h, - עזרה
הצג הודעת עזרה זו וצא
-i IFILE, --file IFILE
ציון MACS ב-bedGraph. הערה: זה חייב להיות קובץ bedGraph המכסה את כולו
גנום. נדרש
-m {כפיל,הוסף,p2q}, --שיטה {כפל,הוסף,p2q}
שיטה לשינוי עמודת הניקוד של קובץ bedGraph. האפשרויות הזמינות הן:
הכפל, הוספה או p2q. 1) הכפל, ה-EXTRAPARAM נדרש ויהיה
מוכפל לעמודת הניקוד. אם אתה מתכוון לחלק את עמודת הניקוד ב-X, השתמש
ערך של 1/X כ-EXTRAPARAM. 2) הוסף, ה-EXTRAPARAM נדרש ויתווסף אליו
עמודת הניקוד. אם אתה מתכוון להחסיר את עמודת הניקוד ב-X, השתמש בערך של -X
בתור EXTRAPARAM. 3) p2q, זה ימיר ציוני p-value לציוני q-value באמצעות
תהליך בנימין-הוכברג. אין צורך ב-EXTRAPARAM. שיטה זו מניחה
הציונים הם -log10 ערך p מ-MACS2. כל סוג אחר של ניקוד יגרום
שגיאות בלתי צפויות.
-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]], --extra-param [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]
הפרמטר הנוסף עבור METHOD. בדוק את הפירוט של -m אוֹפְּצִיָה.
--outdir OUTDIR
אם צוין, כל קבצי הפלט ייכתבו לאותה ספרייה. ברירת מחדל: ה
מדריך העבודה הנוכחי
-o OFILE, --file OFILE
פלט BEDGraph שם קובץ.
השתמש ב-macs2_bdgopt באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
