זוהי הפקודה macs2 שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
macs2 - macs2 - ניתוח מבוסס מודלים ל-ChIP-Sequencing
תיאור
שימוש: macs2 [-h] [--גרסה]
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}
...
macs2 -- ניתוח מבוסס מודלים ל-ChIP-Sequencing
מקומי טיעונים:
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}
callpeak
פונקציית MACS2 עיקרית: קריאת שיאים מתוצאות היישור.
bdgpeakcall
שיאי שיחות מהפלט של bedGraph. הערה: כל האזורים על אותו כרומוזום ב-
קובץ bedGraph צריך להיות רציף כך שרק קבצי bedGraph מ-MACS2 הם
מקובל.
bdgbroadcall
התקשר לשיאים רחבים מפלט bedGraph. הערה: כל האזורים באותו כרומוזום ב
קובץ bedGraph צריך להיות רציף כך שרק קבצי bedGraph מ-MACS2 הם
מקובל.
bdgcmp הפחת רעש על ידי השוואת שני מסלולי אותות ב-bedGraph. הערה: כל האזורים ב-
אותו כרומוזום בקובץ bedGraph צריך להיות רציף אז רק קבצי bedGraph
מ-MACS2 מקובלים.
bdgopt פעולות בעמודת הציון של קובץ bedGraph. הערה: כל האזורים זהים
הכרומוזום בקובץ bedGraph צריך להיות רציף כך שרק קבצי bedGraph מ
MACS2 מתאימים.
cmbreps
שלב BEDGraphs של ציונים משוכפלים. הערה: כל האזורים זהים
הכרומוזום בקובץ bedGraph צריך להיות רציף כך שרק קבצי bedGraph מ
MACS2 מתאימים.
bdgdiff
זיהוי שיא דיפרנציאלי המבוסס על XNUMX קבצי מיטת גרפי זוגיים. הערה: כל האזורים
על אותו כרומוזום בקובץ bedGraph צריך להיות רציף אז רק bedGraph
קבצים מ-MACS2 מתאימים.
filterdup
הסר קריאות כפולות באותו מיקום, ולאחר מכן המר פורמט מקובל ל- BED
פורמט.
חזו
חזה את גודל d או fragment מתוצאות היישור. *לא יסנן כפילויות*
pileup קריאות מיושרות Pileup עם גודל הרחבה נתון (גודל fragment או d ב-MACS
שפה). שימו לב שלא יהיה שלב לסינון או רצף של קריאות כפולות
קנה מידה לעומק, כך שייתכן שתצטרך לבצע עיבוד מסוים מראש/אחרי.
דוגמת שטח
מספר/אחוז מדגם אקראי מסך כל הקריאות.
refinepeak
(ניסיוני) קח יישור קריאות גולמי, חידד פסגות פסגות ותן ציונים
מדידת איזון של תגי waston/crick. בהשראת SPP.
אופציונלי טיעונים:
-h, - עזרה
הצג הודעת עזרה זו וצא
--גִרְסָה
הצג את מספר הגרסה של התוכנית וצא
לאפשרויות שורת הפקודה של כל פקודה, הקלד: macs2 COMMAND -h
השתמש ב-macs2 באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
