אנגליתצרפתיתספרדי

Ad


סמל OnWorks

map2slimp - מקוון בענן

הפעל את map2slimp בספק אירוח בחינם של OnWorks על אובונטו אונליין, פדורה אונליין, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS

זוהי הפקודה map2slimp שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS

תָכְנִית:

שֵׁם


map2slim - ממפה אסוציאציות של גנים לאונטולוגיה 'דקה'

תַקצִיר


CD ללכת
map2slim GO_slims/goslim_generic.obo ontology/gene_ontology.obo gene-associations/gene_association.fb

תיאור


בהינתן קובץ GO slim, ואונטולוגיה עדכנית (בקובץ אחד או יותר), הסקריפט הזה ימפה
קובץ שיוך גנים (המכיל הערות ל-GO המלא) לתנאים ב-GO
רָזֶה.

ניתן להשתמש בסקריפט ליצירת קובץ שיוך גנים חדש, המכיל את המרב
ההצטרפות הרלוונטיות ל-GO slim, או במצב ספירה, ובמקרה זה ייתן גן מובחן
ספירת מוצר עבור כל טווח רזה

פורמט קובץ השיוך מתואר כאן:

<http://www.geneontology.org/GO.annotation.shtml#קובץ>

טיעונים


-b דלי רָזֶה פילה
טענה זו מוסיפה דלי מונחים לאונטולוגיה הדקה; עיין בתיעוד למטה עבור
הסבר. קובץ האונטולוגיה הדק החדש, כולל מונחי דלי ייכתב
דלי רָזֶה פילה

-מפת חוץ רָזֶה מיפוי פילה
זה יפיק קובץ מיפוי עבור כל מונח באונטולוגיה המלאה המציג את שני ה
המונח הרזה הרלוונטי ביותר וכל המונחים הדקים שהם אבות. אם אתה משתמש בזה
אפשרות, אל תספק קובץ אסוציאציות של גנים

שמות מופעים
(עובד רק עם -outmap)

הצג את שמות המונח בקובץ המיפוי הדק

-c זה יאלץ את map2slim לתת ספירות של קובץ assoc, במקום למפות אותו

-t כאשר משתמשים בו בשילוב עם -c ישקף את הפלט כך שההזחה ישקף
היררכיית העצים בקובץ הדק

-o הַחוּצָה פילה
פעולה זו תכתוב את ה-Assocs (או הספירות) הממופות לקובץ שצוין, במקום אל
המסך

DOWNLOAD


התסריט הזה הוא חלק מה- go-perl חבילה, זמינה מ-CPAN

<http://search.cpan.org/~cmungall/go-perl/>

סקריפט זה לא יעבוד ללא התקנת go-perl

מיפוי אַלגוֹרִיתְם
GO הוא DAG, לא עץ. המשמעות היא שלעתים קרובות יש יותר מנתיב אחד ממונח GO
עד לצומת השורש Gene_Ontology; הנתיב עשוי לחצות מספר מונחים ברזום
אונטולוגיה - מה שאומר שביאור אחד יכול למפות למספר מונחים דקים!

(הערות אתה צריך לראות את זה באינטרנט כדי לראות את התמונה למטה - אם אתה לא צופה בזה
מה היא http://www.geneontology.org באתר, אתה יכול להסתכל בכתובת האתר הבאה:
<http://geneontology.cvs.sourceforge.net/*checkout*/geneontology/go-dev/go-perl/doc/map2slim.gif>
)

דוגמה היפותטית עיגולים כחולים מציגים מונחים ב-GO slim, ועיגולים צהובים מראים
מונחים באונטולוגיה המלאה. האונטולוגיה המלאה מחליפה את הרזה, כך שהמונחים הכחולים הם
גם באונטולוגיה.

עברו ל-ID Maps ל-SLIM ID כל האבות הדקיקים
===== =================================
5 2+3 2,3,1
6 3 רק 3,1
7 4 רק 4,3,1
8 3 רק 3,1
9 4 רק 4,3,1
10 2+3 2,3,1

העמודה השנייה מציגה את המזהים הרלוונטיים ביותר במיפוי הדק הישיר. ה-2
העמודה מציגה את כל האבות הקדמונים ברזום.

שימו לב במיוחד למיפוי של ID 9 למרות שיש לזה שני נתיבים לשורש דרך
ה-Slim via 3 ו-4, 3 נמחק כי הוא נכלל ב-4.

מצד שני, 10 מפות גם ל-2 וגם ל-3, כי אלה הן המזהה הרזה הראשון ב-
שני נתיבים תקפים לשורש, ואף אחד מהם אינו מוביל את השני.

האלגוריתם בו נעשה שימוש הוא:

כדי למפות כל מונח אחד באונטולוגיה המלאה: מצא את כל הנתיבים התקפים עד לצומת השורש ב
האונטולוגיה המלאה

עבור כל נתיב, קח את המונח הדק הראשון שנתקל בנתיב

זרוק מונחים דקים מיותרים בקבוצה זו, כלומר מונחים דקים הנכללים במונחים דקים אחרים
בסט

דלי תנאים
אם תפעיל את הסקריפט עם האפשרות -b, מונחי דלי יתווספו. עבור כל מונח P in
הדק, אם ל-P יש לפחות ילד אחד C, ייווצר מונח דלי P' תחת P. זהו
מושג כולל למיפוי כל מונח באונטולוגיה המלאה שהוא צאצא של P, אבל
לא צאצא של אף ילד של P באונטולוגיה הדקה.

לדוגמה, ל-Slim generic.0208 יש את התנאים והמבנה הבאים:

% קישור DNA; GO:0003677
כריכת %chromatin; GO:0003682
%פעילות גורם שעתוק; GO:0003700, GO:0000130

לאחר הוספת מונחי דלי, זה ייראה כך:

% קישור DNA; GO:0003677
כריכת %chromatin; GO:0003682
%פעילות גורם שעתוק; GO:0003700 ; מילה נרדפת:GO:0000130
@bucket:Z-OTHER-DNA כריכת ; slim_temp_id:12

מונחים מהאונטולוגיה המלאה שהם ילדים אחרים של קישור DNA, כגון יחיד-
קישור DNA תקוע וצאצאיו ימפו למונח הדלי.

למונח הדלי יש מזהה דק שהוא חולף והוא שם רק כדי להקל על
מיפוי. אין להשתמש בו חיצונית.

למונח הדלי יש את הקידומת Z-OTHER; ה-Z הוא פריצה כדי לוודא שהמונח כן
תמיד רשום אחרון בסדר האלפביתי.

האלגוריתם משתנה מעט אם נעשה שימוש במונחי דלי. למונח הדלי יש
מערכת יחסים מרומזת לכל האחים האחרים שאינם בגזרה הרזה.

Do I צורך דלי תנאים?

כיום רוב הקבצים הדקים הם לגמרי או כמעט 'מלאים', כלומר אין פערים.
המשמעות היא שהאפשרות -b לא תניב תוצאות שונות ניכרות. לדוגמה,
ייתכן שתראה מונח מחייב OTHER נוצר, בלי שום הערות אליו: כי הכל
ילדי הכריכה ב-GO מיוצגים בקובץ הדק.

אפשרות הדלי באמת נחוצה רק עבור חלק מהקבצים הדקים הארכיונים הישנים יותר,
שהם סטטיים ונוצרו בצורה די אד-הוק; הם נוטים לצבור 'פערים'
לאורך זמן (לדוגמה, GO תוסיף צאצא חדש של כריכה, אבל הקובץ הסטטי הדק לא יתאים
תאריך, כך שכל תוצרי גנים המובאים למונח החדש הזה ימופו ל-OTHER-binding ב-
רָזֶה)

גרף תקלות
שים לב שהקבצים האונטולוגיים הדקים עשויים להיות לא מעודכנים ביחס לזרם
אונטולוגיה.

נכון לעכשיו map2slim לא מסמן אי התאמה של גרף בין הגרף הדק לבין הגרף ב
קובץ האונטולוגיה המלא; זה לוקח את האונטולוגיה המלאה בתור הגרף האמיתי. אולם, ה
אונטולוגיה רזה תשמש לעיצוב התוצאות אם תבחר -t -c כאפשרויות.

תפוקה
במצב רגיל, ייכתב קובץ שיוך גנים בפורמט סטנדרטי. העמודה מזהה GO
(5) יכיל מזהי GO slim. המיפוי מתאים לעמודה השנייה בטבלה
מֵעַל. שים לב שקובץ הפלט עשוי להכיל יותר שורות מקובץ הקלט. זה
מכיוון שלכמה מזהי GO מלאים יש יותר מזהה רזה רלוונטי אחד.

COUNT MODE

ניתן להפעיל את map2slim עם האופציה -c, אשר תיתן את הספירות של גנים נפרדים
מוצרים ממופים לכל מונח רזה. העמודות הן כדלקמן

קדנציה GO
העמודה הראשונה היא מזהה ה-GO ואחריו שם המונח (שם המונח מסופק בשם
זה נמצא גם באונטולוגיות ה-GO המלאות וגם באונטולוגיות הדקות - אלו בדרך כלל יהיו זהות
אבל מדי פעם הקובץ הדק יעמוד מאחורי שינויים בקובץ GO)

ספירת מוצרי הגנים שעבורם זהו המונח הדק הרלוונטי ביותר
מספר מוצרי הגנים המובהקים שעבורם זה הדק הרלוונטי/ישיר ביותר
תְעוּדַת זֶהוּת. בכי ישיר אנו מתכוונים לכך שהשיוך נעשה ישירות למונח זה,
או שהאסוציאציה נעשית לילד בטווח הרזה הזה ואין ילד רזה
מונח שהאגודה ממפה אליו.

עבור רוב הסלים, ספירה זו תהיה שווה למספר האסוציאציות ישירות
ממופה למונח הדק הזה. עם זאת, כמה קבצים דקים ישנים יותר הם "נקודתיים" בכך שהם
להודות ב"פערים". למשל, אם לדק יש את כל הילדים של "תהליך ביולוגי" עם
למעט "התנהגות" אז כל ההערות ל"התנהגות" או לילדיה יהיו
נספר כאן

ראה דוגמה למטה

ספירה של מוצרי גנים משויכים לטווח דק
ומספר תוצרי הגנים המובהקים המוערים לכל צאצא של זה
תעודת זהות צרורה (או מובאת ישירות לתעודת הזהות הדקה).

דגל התיישנות
עבור לאונטולוגיה

לקחת דוגמה; אם נשתמש ב-t וב-c כך:

map2slim -t -c GO_slims/goslim_generic.obo ontology/gene_ontology.obo gene-associations/gene_association.fb

אז חלק מהתוצאות עשויות להיראות כך:

GO:0008150 תהליך_ביולוגי (תהליך_ביולוגי) 34 10025 תהליך_ביולוגי
GO:0007610 התנהגות (התנהגות) 632 632 תהליך_ביולוגי
GO:0000004 תהליך ביולוגי לא ידוע (תהליך ביולוגי לא ידוע) 832 832 תהליך_ביולוגי
GO:0007154 תקשורת תאים (תקשורת תאים) 333 1701 תהליך_ביולוגי
GO:0008037 זיהוי תאים (זיהוי תאים) 19 19 תהליך_ביולוגי
19 מוצרים מופו ל-GO:0008037 או לאחד מילדיו. (GO:0008037 הוא צומת עלה ב-Slim, כך ששתי הספירות זהות).

מצד שני, GO:0008150 מקבל רק 34 מוצרים שזה הרלוונטי ביותר עבורם
טווח. הסיבה לכך היא שרוב ההערות היו ממפות לילד כלשהו של GO:0008150 ב-Slim,
כגון GO:0007610 (התנהגות). ל-34 תוצרי הגנים הללו יש הערות ישירות
GO:0008150, או לאיזה ילד מהמונח הזה שהוא לא ברזה. זה יכול להצביע על
'פערים' ברזים. שימו לב שהפעלת map2slim עם האפשרות -b 'תחבר' את הפערים הללו
עם מונחי מילוי מלאכותיים.

השתמש ב-map2slimp באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net


שרתים ותחנות עבודה בחינם

הורד אפליקציות Windows & Linux

  • 1
    AstrOrzPlayer
    AstrOrzPlayer
    AstrOrz Player הוא נגן מדיה חינמי
    תוכנה, חלקה מבוססת על WMP ו-VLC. ה
    שחקן הוא בסגנון מינימליסטי, עם
    יותר מעשרה צבעי נושא, ויכולים גם
    ב ...
    הורד את AstrOrzPlayer
  • 2
    movistartv
    movistartv
    Kodi Movistar+ TV es un ADDON עבור XBMC/
    Kodi que permite disponer de un
    decodificador de los servicios IPTV de
    Movistar integrado en uno de los
    mediacenters מא...
    הורד את movistartv
  • 3
    קוד :: חסימות
    קוד :: חסימות
    Code::Blocks הוא קוד פתוח בחינם,
    חוצה פלטפורמות C, C++ ו-Fortran IDE
    נבנה כדי לענות על הצרכים התובעניים ביותר
    של המשתמשים שלה. זה נועד להיות מאוד
    מרחיב ...
    קוד הורדה::בלוקים
  • 4
    בין
    בין
    בין ממשק Minecraft או מתקדם
    ומעקב אחר נתונים/מבנה הוא כלי ל
    להציג סקירה כללית של מיינקראפט
    העולם, מבלי ליצור אותו בפועל. זה
    פחית ...
    הורד בין
  • 5
    MSYS2
    MSYS2
    MSYS2 הוא אוסף של כלים ו
    ספריות המספקות לך א
    סביבה קלה לשימוש לבנייה,
    התקנה והרצה של Windows מקורי
    תוֹכנָה. זה נוגד...
    הורד את MSYS2
  • 6
    libjpeg-turbo
    libjpeg-turbo
    libjpeg-turbo הוא Codec תמונה JPEG
    שמשתמש בהוראות SIMD (MMX, SSE2,
    NEON, AltiVec) כדי להאיץ את קו הבסיס
    דחיסה ופירוק JPEG פועלים
    x86, x8...
    הורד את libjpeg-turbo
  • עוד »

פקודות לינוקס

  • 1
    אבי-גשש
    אבי-גשש
    abi-tracker - הדמיית שינויים ב-ABI
    ציר זמן של ספריית תוכנות C/C++.
    תיאור: שם: ABI Tracker
    (abi-tracker) דמיינו שינויים ב-ABI
    ציר זמן של C/C+...
    הפעל את אבי-טראקר
  • 2
    אביצ'ק
    אביצ'ק
    abicheck - בדוק קבצים בינאריים של יישומים
    לשיחות לסמלים פרטיים או מתפתחים
    בספריות ולקישור סטטי של
    מספר ספריות מערכת. ...
    הפעל את אביצ'ק
  • 3
    שליחיםmlm
    שליחיםmlm
    couriermlm - רשימת התפוצה של Courier
    מנהל ...
    הפעל שליחים
  • 4
    couriertcpd
    couriertcpd
    couriertcpd - שרת הדואר Courier
    דמון שרת TCP...
    הפעל את couriertcpd
  • 5
    gbklatex
    gbklatex
    bg5latex - השתמש ב-LaTeX ישירות על Big5
    קובץ encodedtex bg5pdflatex - השתמש
    pdfLaTeX ישירות על Big5 encodedtex
    קובץ bg5+latex - השתמש ב-LaTeX ישירות על a
    Big5+...
    הפעל gbklatex
  • 6
    gbkpdflatex
    gbkpdflatex
    bg5latex - השתמש ב-LaTeX ישירות על Big5
    קובץ encodedtex bg5pdflatex - השתמש
    pdfLaTeX ישירות על Big5 encodedtex
    קובץ bg5+latex - השתמש ב-LaTeX ישירות על a
    Big5+...
    הפעל את gbkpdflatex
  • עוד »

Ad