זוהי הפקודה maqview שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
Maqview - יוצר אינדקס ומציג יישור Maq
תַקצִיר
maqindex -i|-v|-b [-c in.cns] in.map [chr[:התחלה[-סוף]] [...]]
maqview [-c in.cns] in.map
תיאור
מקוויו הוא קבוצה של תוכניות המשיגה גישה אקראית מהירה לקובץ היישור
נוצר על ידי `אבל ש map', ומציג את היישור עם GUI נחמד (משתמש גרפי
מִמְשָׁק). זה יעיל מאוד במהירות, בזיכרון ובשימוש בדיסק. מקוויו מבוסס על
OpenGL וידוע כעובד גם על Mac OS X וגם על Linux. העברה ל-Windows היא עקרונית
קל.
maqindex
maqindex -i|-v|-b [-c in.cns] in.map [chr[:התחלה[-סוף]] [...]]
-i אינדקס את קובץ היישור
-v הדפס את היישור באזור שצוין בפורמט `maq mapview'
-b זרוק את היישור באזור שצוין בפורמט .map בינארי
-c קובץ אינדקס את קובץ הקונצנזוס של Maq לצפייה ב-maqview בו-זמנית
תָכְנִית maqindex אינדקס קובץ יישור maq in.map או מאחזר במהירות את כל הקריאה
אזור אחד או מספר אזורים. אחד מ -i, -v ו -b חייב להשתמש. ל -v or -b, לפחות אחד
יש לציין אזור כמו `chrX', `chrX:1000' או `chrX:1,000-2,000'. אזורים מרובים
מותרים.
maqview
maqview [-c in.cns] in.map
-c קובץ קובץ הקונצנזוס של מאק
תָכְנִית maqview מציג את יישור הקריאה בחלון גרפי. מתי in.cns is
שצוין, הרצף העליון הוא ההפניה, ואחריו רצף הקונצנזוס של Maq;
אחרת, הקונצנזוס של שלטון הרוב יחושב.
ל-Maqview יש שתי תצוגות: תצוגת רצף ותצוגת קופסה. בתצוגת הרצף, קרא רצפים
יודפס על המסך. בסיסים כהים יותר מעידים על איכויות בסיס נמוכות יותר ועל אדומות
הצג את ההבדלים בהשוואה להתייחסות אם in.cns צוין או ל
קונצנזוס רוב-שלטון אם לא. בתצוגת התיבה, סוגים שונים של נוקלאוטידים נמצאים
מיוצג כתיבות צבע עם ירוק עבור A, ציאן עבור C, כתום עבור G, אדום עבור T וכהה
אפור עבור N. הרוויה של הצבעים מעידה על איכויות הבסיס וקווי העובי
של קריאות מציג את איכויות המיפוי של יישורי קריאה. התקרבות/הקטנה נתמכת בלבד
בתצוגת התיבה. בשתי התצוגות, שורת המצב בתחתית החלון תציג כמה
מידע על נגיעות המפתח, וקריאת שמות ואיכויות בסיס שהצביעו על ידי העכבר.
ניווט היישור מתבצע על ידי כריכות מקשים שונות.
· כריכות מפתחות:
? הצג עזרה
יְצִיאָה
תצוגת רצף
נוף לקופסה
p עבור לרצף ההתייחסות הקודם
n עבור לרצף ההתייחסות הבא
r רענן
עברו למיקום שמצביע על ידי
ח / זזו שמאלה בבסיס אחד
אני / זז ימינה בבסיס אחד
ק / עברו למעלה בשורה אחת
j / זז בשורה אחת למטה
> עבור לקריאה הבאה
< עבור לקריאה הקודמת
g / עבור לתחילת ההפניה הנוכחית
G / עבור לסוף ההפניה הנוכחית
אתה / זז שמאלה בעמוד אחד
/ זז ימינה בעמוד אחד
זז ב-100 בסיסים
זז ב-1000 בסיסים
+ הוסף תצוגה חדשה
- הסר את התצוגה הנוכחית
הפעל/כיבוי של גלילה אוטומטית ימינה
^b הפעל/כבה את הגלילה האוטומטית השמאלית
+ התקרב
- להקטין את התצוגה
0 זום לסולם ברירת המחדל
q החלף הצג/הסתרה של איכויות מיפוי
e החלף תצוגה של איכויות מיפוי SE/PE
o פתח קובץ יישור חדש
· הזן מספר שלם ולאחר מכן הקש כדי לקפוץ למיקום הנדרש.
· הזן מספר שלם ולאחר מכן הקש על מקש אחר מאשר כדי להאיץ את הגלילה לפי
גורם שצוין.
· לחץ שמאלי וגרור את הצלב הצהוב בריבוע כדי לנוע לאורך הרצף. ימין
לחץ על ההפניה כדי להדגיש עמודה.
השתמש ב-maqview באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
