masai_output_pe - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

masai_output_pe - פלט מסאי - מצב סיום מזווג

תַקצִיר

masai_output_pe [אפשרויות]


תיאור

מסאי הוא ממפה קריאה מהיר ומדויק המבוסס על זרעים משוערים ומרובים
חזרה לאחור.

לִרְאוֹת http://www.seqan.de/projects/masai לקבלת מידע נוסף.

(ג) זכויות יוצרים 2011-2012 מאת אנריקו סיראגוסה.

-h, - עזרה

מציג הודעת עזרה זו.

--גִרְסָה

הצגת מידע על גרסה

אפשרויות זיווג:

-נג, --ללא פערים

אין ליישר קריאות עם פערים.

-ll, --אורך הספרייה NUM

אורך הספרייה. ברירת מחדל: 220.

-לה, --שגיאת ספרייה NUM

סובלנות לאורך הספרייה. ברירת מחדל: 50.

אפשרויות פלט:

-t, --תיקיית tmp STR

ציין תיקיה זמנית ענקית. ברירת מחדל: השתמש בתיקיית הגנום.

-o, --קובץ פלט קובץ

ציין קובץ פלט. ברירת מחדל: השתמש בקידומת שם הקובץ reads. סוגי קבצים חוקיים
הם: raw ו-sam.

-נ.צ., --ללא סיגר

אל תוציא מחרוזת CIGAR. זה משפיע רק על פלט SAM.

אפשרויות ניפוי באגים:

-nd, --אין מזבלה

אל תשליכו תוצאות.

גִרְסָה

גרסה masai_output_pe: 0.7.1 [14053] עדכון אחרון 2013-05-16

השתמש ב-masai_output_pe באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net