meryl - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

meryl - ספירת קמר בתוך ומחוץ לליבה וכלי עזר

תַקצִיר

אומדן זיכרון דרישות
מריל -P -m kmersize [-c #] [-p] -s seq.fasta

מריל -P -m kmersize [-c #] [-p] -n mercount

בִּניָן a שולחן
מריל -B -m kmersize [-c #] [-p] [-v] [-f|-r|-C] [-L אירוע חד-פעמי] [-U maxoccurrence]
[-חוטים n | {-קטעים מגזרים | -זיכרון מגה בייט} [-configbatch [-sge שם עבודה]]]
-s seq.fasta -o tblprefix

מריל -ספירת אצווה מספר [-sgebuild "qsuboptionstring"] -o tblprefix

מריל -מיזוג מספר [-sgemerge "qsuboptionstring"] -o tblprefix

מבצע פעולות on a שולחן
מריל -M מבצע [-v] -s tblprefix [-s tblprefix2 ...] -o תפוקה

הצפת שוק a שולחן
מריל -ד.ה -s tblprefix

מריל -ד -n ספירה קטנה -s tblprefix

תיאור

מריל מחשב את תוכן הקמר של רצפים גנומיים. תוכן Kmer מיוצג בתור א
רשימה של קמ'רים ומספר הפעמים שכל אחד מתרחש ברצפי הקלט. הקמר יכול להיות
מוגבל רק לקמר קדימה, רק לקמר לאחור, או לקמר הקנוני
(קטן מבחינה לקסיקוגרפית מהקמר קדימה ואחורה בכל מיקום). מריל יכול
לדווח על ההיסטוגרמה של ספירות, את רשימת הק"רים והספירות שלהם, או יכול לבצע
פעולות מתמטיות וקביעות על קבצי הנתונים המעובדים.

התפוקה של מריל הוא שני קבצים בינאריים, הנקראים בסיס נתונים של meryl, שיכולים להיות במהירות
הושלכה כדי לספק היסטוגרמה של ספירות, או הספירות בפועל. ספריית C++ מסופקת
לגישה ישירה לקבצים.

אפשרויות

-P הערכת דרישות זיכרון. נתון קובץ רצף (-s) או גבול עליון על
מספר mers בקובץ (-n), חשב את גודל הטבלה (-t בבנייה) כדי למזער
השימוש בזיכרון. מצב זה מזהה את האפשרויות הבאות:

-m # גודל של mer (חובה)

-c # דחיסה הומופולימר (אופציונלי)

-p לאפשר עמדות

-s seq.fasta
קובץ רצף להסריקה כדי לקבוע את מספר ה-mers

-n # חישוב פרמטרים בהנחה שקובץ עם כל כך הרבה יותר בתוכו

רק אחד מ -s, -n צריך לפרט. אם שניהם ניתנים, -s מקבל עדיפות.

-B חשב את טבלאות ספירת ה-mer בהינתן קובץ רצף (-s) והרבה פרמטרים. על ידי
ברירת מחדל, שני הגדילים מעובדים.

-f לבנות רק עבור הגדיל הקדמי

-r לבנות רק עבור הגדיל ההפוך

-C השתמש ב-mers קנוני (מניח את שני הגדילים)

-L # אל תשמור מרסים שמתרחשים פחות מ-# פעמים

-U # אל תשמור מרסים שמתרחשים יותר מ-# פעמים

-m # גודל של mer (חובה)

-c # דחיסה הומופולימר (אופציונלי)

-p לאפשר עמדות

-s seq.fasta
רצף לבנות עבורו את הטבלה

-o tblprefix
קידומת טבלת פלט

-v לבדר את המשתמש

אל האני מריל התהליך יכול לפעול באצווה זיכרון אחת גדולה, בהרבה קבוצות זיכרון קטנות,
או תחת שליטת SGE, הכל עם או בלי שימוש בליבות מעבד מרובות. כברירת מחדל,
החישוב נעשה כתהליך רציף אחד גדול. פעולה מרובה חוטים
אפשרי, בהוצאות זיכרון נוספות, כמו פעולה מפולחת, בתוספת
הוצאות קלט/פלט.

הברגה מבצע
חלקו את הספירה ל-n חתיכות בגודל כמעט שווה. זה משתמש בתוספת
h MB (מ -P) לכל חוט.

-חוטים n
להשתמש n חוטים לבנות

מְקוּטָע, רציף מבצע
חלקו את הספירה לחתיכות שיתאימו ללא יותר מ-m MB של
זיכרון, או ל-n חלקים שווים בגודלם. כל חלק מחושב ברצף,
והתוצאות מתמזגות בסוף. רק אחד מ -זיכרון ו -קטעים is
נָחוּץ.

-זיכרון m
להשתמש לכל היותר m MB זיכרון לכל מקטע

-קטעים n
להשתמש n מגזרים

מְקוּטָע, קבוצה מבצע
זהה לרצף, אלא שזה מאפשר לבצע כל קטע באופן ידני
במקביל. רק אחד מ -זיכרון ו -קטעים נחוץ. ראה גם את
דוגמא סעיף בדף זה.

-זיכרון m
להשתמש לכל היותר m MB זיכרון לכל מקטע

-קטעים n
להשתמש n מגזרים

-configbatch
ליצור את הקבוצות

-ספירת אצווה n
מספר אצווה n

-מיזוג
למזג את הקבוצות

מצב אצווה יכול לפעול על הרשת.

-sge שם עבודה
שם עבודה ייחודי לביצוע זה. מריל יגיש משרות עם שם
mpשם עבודה, ncשם עבודה, נ"משם עבודה, עבור שלבים להכין, לספור ולמזג.

-sgebuild "אפשרויות"

-sgemerge "אפשרויות"
אפשרויות נוספות ל qsub(1) (למשל, "-p -153 -פ חוט 2 -A
merylaccount") הערה - -N תתעלם NB - הקפד לצטט את
אפשרויות

-M בהינתן רשימה של טבלאות, בצע פעולה מתמטית, לוגית או סף. אֶלָא אִם
שצוין, כל הפעולות לוקחות כל מספר של מסדי נתונים. פעולות מתמטיקה הן:

דקות count היא הספירה המינימלית עבור כל מסדי הנתונים. אם ה-mer לא קיים ב
בכל מסדי הנתונים, ל-mer יש ספירת אפס, והוא לא נמצא בפלט.

קיים
count היא הספירה המינימלית עבור כל מסדי הנתונים המכילים את ה-mer

מקסימום count הוא הספירה המקסימלית עבור כל מסדי הנתונים

להוסיף count הוא סכום הספירות עבור כל מסדי הנתונים

להלן הספירה היא הראשונה מינוס השנייה (בינארי בלבד)

שרירי הבטן ספירה היא הערך המוחלט של הראשון מינוס השני (בינארי בלבד)

פעולות לוגיות הן:

ו פלט mer iff הוא קיים בכל מסדי הנתונים

ננד פלט mer iff אם הוא קיים לפחות באחד, אך לא בכל, מסדי נתונים

or פלט mer iff אם הוא קיים לפחות במסד נתונים אחד

XOR פלט mer iff אם הוא קיים במספר אי זוגי של מסדי נתונים

פעולות הסף הן:

פחות מ x
פלט מר אם יש לו ספירה < x

פחות מ או שווה x
פלט מר אם יש לו ספירה <= x

גדול מ x
פלט מר אם יש לו ספירה > x

גדול או שווה x
פלט מר אם יש לו ספירה >= x

שווה x
פלט mer iff אם יש לו ספירה == x

פעולות סף עובדות בדיוק על מסד נתונים אחד.

-s tblprefix
להשתמש tblprefix כמסד נתונים

-o tblprefix
ליצור פלט זה

-v לבדר את המשתמש

-D שולחן מזבלה (לא כל אלה עובדים)

-ד זרוק היסטוגרמה של המרחק בין אותו מרס.

-ד dump mers >= סף. להשתמש -n כדי לציין את הסף.

-זֶרֶם יָשָׁר ספור את מספר המרסים, המרסים המובהקים והמרסים הייחודיים.

-ד.ה זרוק (ל-stdout) היסטוגרמה של ספירות Mer.

-s קרא את טבלת הספירה מכאן (השאר את ה-.mcdat או .mcidx).

דוגמא

תצווה יצירה of a שולחן
אתחל את החישוב עם -configbatch, שצריך את כל אפשרויות הבנייה. בצע את הכל
-ספירת אצווה מקומות עבודה, אם כך -מיזוג כדי להשלים.

מריל -configbatch -B [אפשרויות] -o פילה
מריל -ספירת אצווה 0 -o פילה
מריל -ספירת אצווה 1 -o פילה
...
מריל -ספירת אצווה N -o פילה
מריל -מיזוג N -o פילה

השתמש ב-meryl באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net