mia-2dmyomilles - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

mia-2dmyomilles - הפעל רישום של סדרה של תמונות דו-ממדיות.

תַקצִיר

mia-2dmyomilles -i -o [אפשרויות]

תיאור

mia-2dmyomilles תוכנית זו משמשת להפעלת גרסה שונה של ה-ICA מבוסס
גישת הרישום המתוארת ב-Milles et al. 'תיקון תנועה אוטומטי לחלוטין
First-Pass Myocardial Perfusion MR Image Sequences', Trans. Med. הַדמָיָה., 27(11),
1611-1621, 2008. השינויים כוללים חילוץ של התנועה המעין-מחזורית בחופשיות
ערכות נתונים שנרכשו בנשימה ואפשרות להפעיל רישום אפיני או קשיח במקום זאת
של אופטימיזציה של תרגומים בלבד.

אפשרויות

קובץ-IO
-i --in-file=(קלט, נדרש); חוּט
סט נתוני זלוף קלט

-o --out-file=(פלט, נדרש); חוּט
סט נתוני זלוף פלט

-r --registered=
בסיס שמות קבצים עבור קבצים רשומים

--שמור-הפניות=
שמור תמונות התייחסות סינתטיות לבסיס הקבצים הזה

--save-cropped=
שמור תמונה חתוכה שהוגדרה לקובץ זה

--save-feature=
שמור את תמונות התכונות הנובעות מה-ICA וכמה תמונות ביניים
משמש לפילוח RV-LV עם בסיס שמות הקובץ הנתון לקבצי PNG.
שמור גם את המקדמים של הטוב הראשוני וערבוב ה-IC הסופי
מטריקס.

עֶזרָה & מידע
-V --verbose=אזהרה
מילוליות של פלט, הדפסת הודעות ברמה נתונה ובעדיפויות גבוהות יותר.
סדרי עדיפויות נתמכים המתחילים ברמה הנמוכה ביותר הם:
מידע - הודעות ברמה נמוכה
להתחקות - מעקב אחר קריאת פונקציה
להיכשל - דיווח על כשלים בבדיקה
אזהרה - אזהרות
שגיאה - דיווח על שגיאות
באגים - ניפוי באגים בפלט
הודעה - הודעות רגילות
קטלני - דווח רק על שגיאות קטלניות

--זכויות יוצרים
להדפיס מידע על זכויות יוצרים

-h --עזרה
להדפיס עזרה זו

-? --נוֹהָג
הדפס עזרה קצרה

--גִרְסָה
להדפיס את מספר הגרסה ולצאת

הרשפ"ת
-C --components=0
רכיבי ICA 0 = הערכה אוטומטית רכיבי ICA 0 = אוטומטי
אומדן

--לנרמל
ICs מנורמלים

--ללא רצועה
אל תסיר את הממוצע מעיקולי הערבוב

-g --נחש
השתמש בניחוש ראשוני עבור זלוף שריר הלב

-s --segscale=1.4
פלח וקנה קנה מידה של תיבת החיתוך סביב קטע LV (0=ללא פילוח) ו
לשנות את קנה המידה של תיבת החיתוך סביב ה-LV (0=ללא פילוח)

-k --דלג=0
דלג על תמונות בתחילת הסדרה כפי שהן של אחרות
דלג על תמונות בתחילת הסדרה כפי שהן של אחרות
שיטות

-m --max-ica-iter=400
מספר מקסימלי של איטרציות ב-ICA מספר מקסימלי של איטרציות ב-ICA

-E --segmethod=תכונות
שיטת פילוח
דלתא-שיא - הבדל של תמונות שיפור השיא
מאפיינים - תמונות תכונה
תכונת דלתא - ההבדל בין התמונות התכונות

תהליך
--חוטים=-1
מספר שרשורים מקסימלי לשימוש לעיבוד, מספר זה צריך להיות נמוך יותר
או שווה למספר ליבות המעבד הלוגיות במכונה. (-1:
הערכה אוטומטית). המספר המרבי של שרשורים לשימוש לעיבוד, זה
המספר צריך להיות נמוך או שווה למספר ליבות המעבד הלוגיות ב
המכונה. (-1: אומדן אוטומטי).

הַרשָׁמָה
-c --cost=ssd
קריטריון רישום

-O --optimizer=gsl:opt=simplex,step=1.0
כלי אופטימיזציה משמש למזעור כלי אופטימיזציה המשמש למזעור עבור
תוספים נתמכים ראה PLUGINS:minimizer/singlecost

-f --transForm=נוקשה
סוג טרנספורמציה סוג שינוי עבור תוספים נתמכים ראה
תוספים: 2dimage/transform

-l --mg-levels=3
רמות רזולוציה מרובות רמות רזולוציה מרובות

-R --reference=-1
התייחסות גלובלית שכל התמונה צריכה להיות מיושרת. אם מוגדר לא שלילי
ערך, התמונות יהיו מיושרות להפניות זה, והפלט החתוך
תאריך התמונה יוזרק לתמונות המקוריות. עזוב ב-1 אם אתה
לא אכפת. במקרה זה כל התמונות עם להיות רשומות למיקום ממוצע של
ההפניה הגלובלית של התנועה צריכה להיות מיושרת אליה. אם מוגדר ל-a
ערך לא שלילי, התמונות יהיו מיושרות להפניות זה, והן
תאריך תמונת הפלט החתוך יוזרק לתמונות המקוריות. לעזוב
ב-1 אם לא אכפת לך. במקרה זה כל התמונות עם יירשם ל-a
מיקום ממוצע של התנועה

-P --עובר=2
רישום עובר רישום עובר

תוספים: 1d/splinebc

ראי תנאי גבול של אינטרפולציה של ספליין המשקפים על הגבול

(ללא פרמטרים)

לחזור על תנאי גבול של אינטרפולציה של ספליין החוזר על הערך בגבול

(ללא פרמטרים)

אפס תנאי גבול של אינטרפולציה של ספליין המניחים אפס עבור ערכים בחוץ

(ללא פרמטרים)

תוספים: 1d/splinekernel

bspline יצירת ליבת B-spline , הפרמטרים הנתמכים הם:

d = 3; int ב [0, 5]
תואר ספליין.

omoms יצירת ליבת OMoms-spline, הפרמטרים הנתמכים הם:

d = 3; int ב [3, 3]
תואר ספליין.

תוספים: תמונה/טרנספורמציה תלת מימדית

מאפיין טרנספורמציה קשורה (שש דרגות חופש). הפרמטרים הנתמכים הם:

imgboundary = מראה; בית חרושת
תנאי גבול של אינטרפולציה של תמונה. עבור יישומי פלאגין נתמכים ראה
תוספים:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; בית חרושת
ליבת אינטרפולטור תמונה. עבור יישומי פלאגין נתמכים ראה
PLUGINS:1d/splinekernel

נוקשה טרנספורמציות קשיחות (כלומר סיבוב ותרגום, שלוש דרגות של
freedom), הפרמטרים הנתמכים הם:

imgboundary = מראה; בית חרושת
תנאי גבול של אינטרפולציה של תמונה. עבור יישומי פלאגין נתמכים ראה
תוספים:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; בית חרושת
ליבת אינטרפולטור תמונה. עבור יישומי פלאגין נתמכים ראה
PLUGINS:1d/splinekernel

ריקבון-מרכז = [[0,0]]; 2dfvector
מרכז סיבוב יחסי, כלומר <0.5,0.5> מתאים למרכז ה-
מלבן תמיכה.

רוטציה טרנספורמציות סיבוב (כלומר סיבוב סביב מרכז נתון, מעלה אחת של
freedom), הפרמטרים הנתמכים הם:

imgboundary = מראה; בית חרושת
תנאי גבול של אינטרפולציה של תמונה. עבור יישומי פלאגין נתמכים ראה
תוספים:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; בית חרושת
ליבת אינטרפולטור תמונה. עבור יישומי פלאגין נתמכים ראה
PLUGINS:1d/splinekernel

ריקבון-מרכז = [[0,0]]; 2dfvector
מרכז סיבוב יחסי, כלומר <0.5,0.5> מתאים למרכז ה-
מלבן תמיכה.

שֶׁגֶם טרנספורמציה בצורה חופשית שניתן לתאר על ידי קבוצה של מקדמי B-spline
וקרנל B-spline הבסיסי., הפרמטרים הנתמכים הם:

אנזורה = [[0,0]]; 2dfvector
שיעור מקדם אנזוטרופי בפיקסלים, ערכים לא חיוביים יהיו
מוחלף על ידי ערך 'שיעור'..

imgboundary = מראה; בית חרושת
תנאי גבול של אינטרפולציה של תמונה. עבור יישומי פלאגין נתמכים ראה
תוספים:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; בית חרושת
ליבת אינטרפולטור תמונה. עבור יישומי פלאגין נתמכים ראה
PLUGINS:1d/splinekernel

גרעין = [bspline:d=3]; בית חרושת
טרנספורמציה spline kernel.. עבור תוספים נתמכים ראה
PLUGINS:1d/splinekernel

עוֹנֶשׁ = ; בית חרושת
תנאי עונש טרנספורמציה. עבור יישומי פלאגין נתמכים ראה
תוספים: 2dtransform/spline penalty

שיעורי = 10; לצוף פנימה [1, inf)
שיעור מקדם איזוטרופי בפיקסלים.

לתרגם תרגום בלבד (שתי דרגות חופש), הפרמטרים הנתמכים הם:

imgboundary = מראה; בית חרושת
תנאי גבול של אינטרפולציה של תמונה. עבור יישומי פלאגין נתמכים ראה
תוספים:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; בית חרושת
ליבת אינטרפולטור תמונה. עבור יישומי פלאגין נתמכים ראה
PLUGINS:1d/splinekernel

vf תוסף זה מיישם טרנספורמציה המגדירה תרגום לכל אחד
נקודת הרשת המגדירה את תחום הטרנספורמציה., נתמכת
הפרמטרים הם:

imgboundary = מראה; בית חרושת
תנאי גבול של אינטרפולציה של תמונה. עבור יישומי פלאגין נתמכים ראה
תוספים:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; בית חרושת
ליבת אינטרפולטור תמונה. עבור יישומי פלאגין נתמכים ראה
PLUGINS:1d/splinekernel

תוספים: 2dtransform/spline penalty

divcurl עונש divcurl על הטרנספורמציה, הפרמטרים הנתמכים הם:

תלתל = 1; לצוף פנימה [0, inf)
משקל עונש על תלתל.

div = 1; לצוף פנימה [0, inf)
משקל עונש על סטייה.

נורמה = 0; bool
הגדר ל-1 אם יש לנרמל את העונש ביחס לתמונה
גודל.

מִשׁקָל = 1; לצוף פנימה (0, אינפ)
משקל אנרגיית העונש.

תוספים: מזער/עלות יחידה

gdas ירידה בשיפוע עם תיקון גודל צעד אוטומטי., הפרמטרים הנתמכים הם:

ftolr = 0; כפול ב-[0, inf)
עצור אם השינוי היחסי של הקריטריון נמצא מתחת..

מקסימום צעד = 2; כפול פנימה (0, אינפ)
גודל צעד אבסולוטי מקסימלי.

מקסיטר = 200; uint in [1, inf)
קריטריון עצירה: המספר המרבי של איטרציות.

שלב מינימלי = 0.1; כפול פנימה (0, אינפ)
גודל צעד מוחלט מינימלי.

xtola = 0.01; כפול ב-[0, inf)
עצור אם ה-inf-norm של השינוי שהוחל על x מתחת לערך זה..

gdsq ירידה בשיפוע עם אומדן צעד ריבועי, פרמטרים נתמכים הם:

ftolr = 0; כפול ב-[0, inf)
עצור אם השינוי היחסי של הקריטריון נמצא מתחת..

gtola = 0; כפול ב-[0, inf)
עצור אם ה-inf-norm של השיפוע מתחת לערך זה..

מקסיטר = 100; uint in [1, inf)
קריטריון עצירה: המספר המרבי של איטרציות.

סולם = 2; כפול פנימה (1, אינפ)
קנה מידה קבוע של קנה מידה של גודל צעד.

צעד = 0.1; כפול פנימה (0, אינפ)
גודל הצעד הראשוני.

xtola = 0; כפול ב-[0, inf)
עצור אם ה-inf-norm של x-update מתחת לערך זה..

gsl תוסף אופטימיזציה המבוסס על אופטימיזציית ה-multimin של הספרייה המדעית של גנו
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, הפרמטרים הנתמכים הם:

eps = 0.01; כפול פנימה (0, אינפ)
מיטובים מבוססי גרדיאנט: עצור כאשר |grad| < eps, simplex: עצור מתי
גודל סימפלקס < eps..

iter = 100; uint in [1, inf)
מספר מקסימלי של איטרציות.

לִבחוֹר = gd; כתיב
כלי אופטימיזציה ספציפי לשימוש.. הערכים הנתמכים הם:
bfgs - ברוידן-פלטשר-גולדפרב-שאן
bfgs2 - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann (הגרסה היעילה ביותר)
cg-fr - אלגוריתם גרדיאנט מצומד של Flecher-Reeves
gd - ירידה בשיפוע.
חד מגמי - אלגוריתם פשוט של Nelder ו-Mead
cg-pr - אלגוריתם גרדיאנט מצומד של Polak-Ribiere

צעד = 0.001; כפול פנימה (0, אינפ)
גודל הצעד הראשוני.

tol = 0.1; כפול פנימה (0, אינפ)
פרמטר סובלנות כלשהו.

nlopt אלגוריתמי מזער באמצעות ספריית NLOPT, לתיאור של
מייעלים בבקשה ראה 'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms', הפרמטרים הנתמכים הם:

ftola = 0; כפול ב-[0, inf)
קריטריון עצירה: השינוי המוחלט של הערך האובייקטיבי נמצא למטה
הערך הזה.

ftolr = 0; כפול ב-[0, inf)
קריטריון עצירה: השינוי היחסי של הערך האובייקטיבי נמצא למטה
הערך הזה.

גבוה יותר = inf; לְהַכפִּיל
גבול גבוה יותר (שווה לכל הפרמטרים).

local-opt = אין; כתיב
אלגוריתם מזעור מקומי שעשוי להידרש עבור הראשי
אלגוריתם מזעור.. הערכים הנתמכים הם:
gn-orig-direct-l - חלוקת מלבנים (יישום מקורי,
מוטה מקומית)
gn-direct-l-noscal - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה, מוטה מקומית)
gn-isres - אסטרטגיית אבולוציה של דירוג סטוכסטי משופרת
ld-tnewton ניוטון קטום
gn-direct-l-rand - חלוקת מלבנים (מוטות מקומית, אקראית)
ב-newuoa - אופטימיזציה בלתי מוגבלת ללא נגזרים על ידי איטרטיבי
קירוב ריבועי בנוי
gn-direct-l-rand-noscale - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה, מקומי
מוטה, אקראי)
gn-orig-direct - חלוקת מלבנים (יישום מקורי)
ld-tnewton-precond - ניוטון קטום מותנה מראש
ld-tnewton-restart - ניוטון קטום עם התנעה מחדש בירידה התלולה ביותר
gn-direct - חלוקת מלבנים
ln-neldermead - אלגוריתם סימפלקס של Nelder-Mead
אין-קובילה - אופטימיזציה מוגבלת על ידי קירוב ליניארי
gn-crs2-lm - חיפוש אקראי מבוקר עם מוטציה מקומית
ld-var2 - משתנה-מדד מוגבל בזיכרון, דירוג 2
ld-var1 - משתנה-מדד מוגבל בזיכרון, דירוג 1
ld-mma - שיטת העברת אסימפטוטים
ld-lbfgs-nocedal - אף אחד
ld-lbfgs - BFGS עם אחסון נמוך
gn-direct-l - חלוקת מלבנים (מוטות מקומית)
אף לא אחד - אל תציין אלגוריתם
אינ-בוביקה - אופטימיזציה מוגבלת ללא נגזרים
ln-sbplx - גרסה תת-מפלסית של Nelder-Mead
ב-newuoa-bound - אופטימיזציה מוגבלת ללא נגזרים על ידי
קירוב ריבועי שנבנה באופן איטרטיבי
בפרקסיס - אופטימיזציה מקומית ללא שיפוע באמצעות הציר הראשי
שִׁיטָה
gn-direct-noscal - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה)
ld-tnewton-precond-restart - ניוטון קטום מותנה מראש עם
התנעה מחדש בירידה התלולה ביותר

להוריד = -inf; לְהַכפִּיל
גבול תחתון (שווה לכל הפרמטרים).

מקסיטר = 100; int ב-[1, inf)
קריטריון עצירה: המספר המרבי של איטרציות.

לִבחוֹר = ld-lbfgs; כתיב
אלגוריתם מזעור ראשי. הערכים הנתמכים הם:
gn-orig-direct-l - חלוקת מלבנים (יישום מקורי,
מוטה מקומית)
g-mlsl-lds - קישור רב-שכבתי יחיד (רצף אי התאמה נמוך,
דורשים אופטימיזציה וגבולות מקומיים המבוססים על גרדיאנט)
gn-direct-l-noscal - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה, מוטה מקומית)
gn-isres - אסטרטגיית אבולוציה של דירוג סטוכסטי משופרת
ld-tnewton ניוטון קטום
gn-direct-l-rand - חלוקת מלבנים (מוטות מקומית, אקראית)
ב-newuoa - אופטימיזציה בלתי מוגבלת ללא נגזרים על ידי איטרטיבי
קירוב ריבועי בנוי
gn-direct-l-rand-noscale - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה, מקומי
מוטה, אקראי)
gn-orig-direct - חלוקת מלבנים (יישום מקורי)
ld-tnewton-precond - ניוטון קטום מותנה מראש
ld-tnewton-restart - ניוטון קטום עם התנעה מחדש בירידה התלולה ביותר
gn-direct - חלוקת מלבנים
auglag-eq - אלגוריתם לגראנג'י מוגבר עם אילוצי שוויון
רק
ln-neldermead - אלגוריתם סימפלקס של Nelder-Mead
אין-קובילה - אופטימיזציה מוגבלת על ידי קירוב ליניארי
gn-crs2-lm - חיפוש אקראי מבוקר עם מוטציה מקומית
ld-var2 - משתנה-מדד מוגבל בזיכרון, דירוג 2
ld-var1 - משתנה-מדד מוגבל בזיכרון, דירוג 1
ld-mma - שיטת העברת אסימפטוטים
ld-lbfgs-nocedal - אף אחד
g-mlsl - קישור רב-שכבתי יחיד (דורש אופטימיזציה מקומית ו
גבולות)
ld-lbfgs - BFGS עם אחסון נמוך
gn-direct-l - חלוקת מלבנים (מוטות מקומית)
אינ-בוביקה - אופטימיזציה מוגבלת ללא נגזרים
ln-sbplx - גרסה תת-מפלסית של Nelder-Mead
ב-newuoa-bound - אופטימיזציה מוגבלת ללא נגזרים על ידי
קירוב ריבועי שנבנה באופן איטרטיבי
אולג - אלגוריתם לגראנג'י מוגבר
בפרקסיס - אופטימיזציה מקומית ללא שיפוע באמצעות הציר הראשי
שִׁיטָה
gn-direct-noscal - חלוקת מלבנים (ללא קנה מידה)
ld-tnewton-precond-restart - ניוטון קטום מותנה מראש עם
התנעה מחדש בירידה התלולה ביותר
ld-slsqp - תכנות ריבועי ריבועי ברצף

צעד = 0; כפול ב-[0, inf)
גודל שלב ראשוני עבור שיטות ללא שיפוע.

להפסיק = -inf; לְהַכפִּיל
קריטריון עצירה: ערך הפונקציה יורד מתחת לערך זה.

xtola = 0; כפול ב-[0, inf)
קריטריון עצירה: השינוי המוחלט של כל ערכי ה-x נמצא מתחת לזה
ערך.

xtolr = 0; כפול ב-[0, inf)
קריטריון עצירה: השינוי היחסי של כל ערכי ה-x נמצא מתחת לזה
ערך.

דוגמא

רשום את סדרת הזילוף הניתנת ב-'segment.set' באמצעות הערכת ICA אוטומטית.
דלג על שתי תמונות בהתחלה, וחוץ מזה השתמש בפרמטרי ברירת המחדל. אחסן את
התוצאה ב-'registered.set'.

mia-2dmyomilles -i segment.set -o registered.set -k 2

מחבר(ים)

גרט וולני

זכויות יוצרים

תוכנה זו היא זכויות יוצרים (ג) 1999–2015 לייפציג, גרמניה ומדריד, ספרד. זה מגיע
ללא כל אחריות ואתה רשאי להפיץ אותו מחדש תחת תנאי ה-GNU
רישיון ציבורי כללי גרסה 3 (או מאוחר יותר). למידע נוסף הפעל את התוכנית עם
אפשרות '--זכויות יוצרים'.

השתמש ב-mia-2dmyomilles באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net