mia-3dbrainextractT1 - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

mia-3dbrainextractT1 - חלץ את המוח מתמונת ראש 3D T1 MRI.

תַקצִיר

mia-3dbrainextractT1 -i -o [אפשרויות]

תיאור

mia-3dbrainextractT1 תוכנית זו משמשת לחילוץ המוח מתמונות T1 MR. זה קודם
מפעיל שילוב מעורפל של c- mean clustering ותיקון שדה B כדי להקל על 3D
פילוח של תמונה תלת מימדית. לאחר מכן מפעילים מתקנים שונים כדי להשיג חומר לבן
פילוח כמסכה ראשונית המשמשת לאחר מכן להפעלת אזור שגדל כדי להשיג מסכה של
את כל המוח. לבסוף, מסכה זו משמשת להוצאת המוח משדה B0
תמונות מתוקנות.

אפשרויות

-i --in-file=(קלט, נדרש); io
תמונות קלט שיש לפלח לסוגי קבצים נתמכים ראה
תוספים:3dimage/io

-o --out-file=(פלט, נדרש); io
מסיכת מוח לסוגי קבצים נתמכים ראה PLUGINS:3dimage/io

-n --no-of-classes=3
מספר כיתות מספר כיתות

-w --wm-class=2
אינדקס החומר הלבן אינדקס החומר הלבן

-p --wm-prob=0.7
הסתברות מחלקת החומר הלבן ליצירת מסכה ראשונית מחלקת החומר הלבן
הסתברות ליצירת מסכה ראשונית

-t --grow-threshold=20
סף עוצמה לאזור גידול סף עוצמה לאזור גידול

--לגדול-צורה=18n
אזור מסכות שכונת גדל

עֶזרָה & מידע
-V --verbose=אזהרה
מילוליות של פלט, הדפסת הודעות ברמה נתונה ובעדיפויות גבוהות יותר.
סדרי עדיפויות נתמכים המתחילים ברמה הנמוכה ביותר הם:
מידע - הודעות ברמה נמוכה
להתחקות - מעקב אחר קריאת פונקציה
להיכשל - דיווח על כשלים בבדיקה
אזהרה - אזהרות
שגיאה - דיווח על שגיאות
באגים - ניפוי באגים בפלט
הודעה - הודעות רגילות
קטלני - דווח רק על שגיאות קטלניות

--זכויות יוצרים
להדפיס מידע על זכויות יוצרים

-h --עזרה
להדפיס עזרה זו

-? --נוֹהָג
הדפס עזרה קצרה

--גִרְסָה
להדפיס את מספר הגרסה ולצאת

תהליך
--חוטים=-1
מספר שרשורים מקסימלי לשימוש לעיבוד, מספר זה צריך להיות נמוך יותר
או שווה למספר ליבות המעבד הלוגיות במכונה. (-1:
הערכה אוטומטית). המספר המרבי של שרשורים לשימוש לעיבוד, זה
המספר צריך להיות נמוך או שווה למספר ליבות המעבד הלוגיות ב
המכונה. (-1: אומדן אוטומטי).

תוספים: 3Dimage/io

לנתח נתח תמונה 7.5

סיומות קבצים מוכרות: .HDR, .hdr

סוגי אלמנטים נתמכים:
8 סיביות ללא סימן, 16 סיביות בסימן, 32 סיביות בסימן, נקודה צפה 32 סיביות,
נקודה צפה 64 סיביות

מאגר נתונים IO וירטואלי למאגר הנתונים הפנימי וממנו

סיומות קבצים מזוהות: .@

dicom סדרת תמונות Dicom כתלת מימד

סיומות קבצים מוכרות: .DCM, .dcm

סוגי אלמנטים נתמכים:
חתום 16 סיביות, 16 סיביות ללא חתימה

hdf5 HDF5 תמונת תלת מימד IO

סיומות קבצים מוכרות: .H5, .h5

סוגי אלמנטים נתמכים:
נתונים בינאריים, 8 סיביות בסימן, 8 סיביות ללא סימן, 16 סיביות בסימן, 16 סיביות ללא סימן,
חתום 32 סיביות, 32 סיביות ללא סימן, 64 סיביות עם סימן, 64 סיביות ללא סימן, צף
נקודה 32 סיביות, נקודה צפה 64 סיביות

אינריה תמונה של INRIA

סיומות קבצים מוכרות: .INR, .inr

סוגי אלמנטים נתמכים:
חתום 8 סיביות, 8 סיביות ללא חתימה, 16 סיביות חתומות, 16 סיביות ללא חתימות, 32 חתומות
סיביות, 32 סיביות ללא סימן, נקודה צפה 32 סיביות, נקודה צפה 64 סיביות

Mhd תמונת MetaIO תלת-ממדית IO באמצעות מימוש VTK (ניסיוני).

סיומות קבצים מוכרות: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

סוגי אלמנטים נתמכים:
חתום 8 סיביות, 8 סיביות ללא חתימה, 16 סיביות חתומות, 16 סיביות ללא חתימות, 32 חתומות
סיביות, 32 סיביות ללא סימן, נקודה צפה 32 סיביות, נקודה צפה 64 סיביות

nifti NIFTI-1 תמונת תלת מימד IO

סיומות קבצים מוכרות: .NII, .nii

סוגי אלמנטים נתמכים:
חתום 8 סיביות, 8 סיביות ללא חתימה, 16 סיביות חתומות, 16 סיביות ללא חתימות, 32 חתומות
ביט, 32 סיביות ללא סימן, 64 סיביות בסימן, 64 סיביות ללא סימן, נקודה צפה 32
ביט, נקודה צפה 64 סיביות

vff פורמט רסטר VFF Sun

סיומות קבצים מוכרות: .VFF, .vff

סוגי אלמנטים נתמכים:
8 ביט לא חתום, 16 סיביות חתום

Vista תצוגה תלת מימדית

סיומות קבצים מוכרות: .V, .VISTA, .v, .vista

סוגי אלמנטים נתמכים:
נתונים בינאריים, 8 סיביות בסימן, 8 סיביות ללא סימן, 16 סיביות בסימן, 16 סיביות ללא סימן,
חתום 32 סיביות, ללא סימן 32 סיביות, נקודה צפה 32 סיביות, נקודה צפה 64
קצת

vti תמונה תלת מימדית VTK-XML ב-ופלט (ניסיוני).

סיומות קבצים מוכרות: .VTI, .vti

סוגי אלמנטים נתמכים:
חתום 8 סיביות, 8 סיביות ללא חתימה, 16 סיביות חתומות, 16 סיביות ללא חתימות, 32 חתומות
סיביות, 32 סיביות ללא סימן, נקודה צפה 32 סיביות, נקודה צפה 64 סיביות

vtk תמונת 3D VTK מדור קודם ופלט (ניסיוני).

סיומות קבצים מוכרות: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

סוגי אלמנטים נתמכים:
נתונים בינאריים, 8 סיביות בסימן, 8 סיביות ללא סימן, 16 סיביות בסימן, 16 סיביות ללא סימן,
חתום 32 סיביות, ללא סימן 32 סיביות, נקודה צפה 32 סיביות, נקודה צפה 64
קצת

דוגמא

צור מסכה מתמונת הקלט על ידי הפעלת פילוח של 5 מחלקות על תמונת inpt
input.v והשתמש ב-class 4 כמחלקת חומר לבן ואחסן את התמונה המסוכה ב-masked.v and
התמונה המתוקנת בשדה B0 ב-b0.v

mia-3dbrainextractT1 -i input.v -n 5 -w 4 -o masked.v

מחבר(ים)

גרט וולני

זכויות יוצרים

תוכנה זו היא זכויות יוצרים (ג) 1999–2015 לייפציג, גרמניה ומדריד, ספרד. זה מגיע
ללא כל אחריות ואתה רשאי להפיץ אותו מחדש תחת תנאי ה-GNU
רישיון ציבורי כללי גרסה 3 (או מאוחר יותר). למידע נוסף הפעל את התוכנית עם
אפשרות '--זכויות יוצרים'.

השתמש ב-mia-3dbrainextractT1 באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net