minccalc - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

minccalc - בצע פעולות מתמטיות מורכבות על קבצי minc

תַקצִיר

mincalc [ ] .mnc [ .mnc...] .mnc

תיאור

מינקאלק יבצע פעולות מתמטיות מורכבות, ווקסל אחר ווקסל, בקובץ minc אחד או יותר
מאותה צורה ובעלת אותה דגימת קואורדינטות, תוך הפקת קובץ פלט בודד.
הפעולות שיש לבצע מוזנות באמצעות ה- -ביטוי טיעון (ראה ביטויים).
כברירת מחדל, קובץ הפלט הוא הארגומנט האחרון שאינו אופציונלי. עם זאת, אם ה -תיק
נעשה שימוש, ואז כל הארגומנטים שאינם אופציונליים נחשבים לקבצי קלט והפלט
שמות הקבצים מגיעים מה- -תיק אפשרויות, שיכולות להיות יותר מאחת מהן.

אפשרויות

שימו לב שניתן לציין אפשרויות בצורה מקוצרת (כל עוד הן ייחודיות) ו
ניתן לתת בכל מקום בשורת הפקודה.

-2 צור קבצי פלט בפורמט MINC 2.0.

עזרה הדפס סיכום של אפשרויות שורת הפקודה וצא.

-הפך
הדפס את מספר הגרסה של התוכנית וצא.

-קלובר
החלף קובץ קיים.

-נוקלובר
אל תדרוס קובץ קיים (ברירת מחדל).

-לא_קלובר
מילה נרדפת ל-noclobber.

-שורש
הדפס מידע התקדמות עבור כל נתח נתונים שהועתק (ברירת מחדל).

-שֶׁקֶט אל תדפיס מידע על התקדמות.

-לנפות הדפס מידע על ניפוי באגים.

-copy_header
העתק את כל פרטי הכותרת מקובץ הקלט הראשון (ברירת מחדל עבור קלט אחד
קובץ).

-nocopy_header
אל תעתיק את כל הכותרת מקובץ הקלט הראשון; להעתיק רק קואורדינטה
מידע (ברירת מחדל עבור יותר מקובץ קלט אחד).

-סוג קובץ
צור קובץ פלט באותו סוג כמו קובץ הקלט הראשון (ברירת מחדל).

-בייט אחסן ווקסלי פלט בפורמט של מספר שלם של 8 סיביות.

-קצר אחסן ווקסלי פלט בפורמט של מספר שלם של 16 סיביות.

-int אחסן ווקסלי פלט בפורמט של מספר שלם של 32 סיביות.

-ארוך הוחלף על ידי -int.

-לָצוּף אחסן ווקסלי פלט בפורמט נקודה צפה של 32 סיביות.

-לְהַכפִּיל
אחסן ווקסלי פלט בפורמט נקודה צפה של 64 סיביות.

-חתם
השתמש בפורמט המספרים השלמים המשלים עם חתום. חל רק אם סוג ה-Voxel הפלט
מצוין כסוג של מספר שלם (אחד מ -בייט, -קצר, -int or -ארוך).

-לא חתום
השתמש בפורמט מספר שלם לא חתום. חל רק אם צוין סוג ווקסל הפלט
להיות סוג של מספר שלם (אחד מ -בייט, -קצר, -int or -ארוך).

-טווח דקות מקסימום
הגבל את הטווח החוקי של נתונים שלמים. חל רק אם אחד מה -בייט,
-קצר, -int or -ארוך האפשרויות מצוינות.

-max_buffer_size_in_kb גודל
ציין את הגודל המרבי של המאגרים הפנימיים (ב-kbytes). ברירת המחדל היא 4096
(4MB).

- השערה לעמעום
ציין מימד שלאורכו נרצה לבצע פעולה מצטברת.

-ממדים_בדוק
בדוק שלכל קבצי הקלט יש דגימה תואמת במידות העולם (ברירת מחדל).

-nocheck_dimensions
התעלם מכל הבדלים בדגימת ממדי העולם עבור קבצי קלט.

-propagate_nan
עבור פעולות וקטור מצטברות (סכום, לְדַרבֵּן ו ממוצע), נתונים לא חוקיים (Not-A-Number
או NaN) בכל אלמנט של הווקטור יפיקו נתונים לא חוקיים בתוצאה
(בְּרִירַת מֶחדָל).

-התעלם_נאן
עבור פעולות וקטור מצטברות, מתעלמים מנתונים לא חוקיים (NaN) בווקטור, כלומר.
מתייחסים אליו כאילו הוא לא קיים.

-נאן כאשר מנסים לפעולה לא חוקית ל-voxel (כגון לחלק באפס), ה-
התוצאה היא נתונים לא חוקיים (NaN) (ברירת מחדל). אין נתוני קלט חוקיים עבור מצטבר
הפעולה נחשבת גם פעולה בלתי חוקית כאשר -התעלם_נאן משמש.

-אֶפֶס כאשר מנסים לפעולה לא חוקית ל-voxel (כגון לחלק באפס), ה-
התוצאה היא ערך אפס.

-ערך_לא חוקי ערך
כאשר מנסים לפעולה לא חוקית ל-voxel (כגון לחלק באפס), ה-
התוצאה היא הערך שצוין על ידי אפשרות זו.

-ביטוי מחרוזת
ציין את הביטוי שיש להעריך בכל ווקסל (ראה ביטויים).

-expfile שם הקובץ
ציין קובץ המכיל ביטוי להערכה בכל ווקסל (ראה
ביטויים). אם שם הקובץ ``-'' ניתן, אז הביטוי נקרא מ-stdin.
ההבדל היחיד מביטויי שורת פקודה הוא שניתן להכניס הערות
הקובץ. שורת הערה מצוינת על ידי הצבת ``#'' בתור הלא-
תו הרווח הלבן של השורה. ניתן ליצור סקריפטים של Minccalc על ידי הגדרת ה-
שורה ראשונה ל

#! /usr/local/mni/bin/minccalc -expfile

-תיק סמל קובץ פלט
ציין שהפלט צריך להיכתב לקובץ שצוין, תוך קבלת ערכים מה-
סמל שצריך ליצור בביטוי (ראה את דוגמאות סָעִיף). אם
אפשרות זו ניתנת, ואז כל הארגומנטים שאינם אופציונליים נלקחים כקבצי קלט. זֶה
אפשרות יכולה לשמש מספר פעמים עבור קבצי פלט מרובים.

-eval_width ערך
ציין את מספר הווקסלים לעיבוד במקביל. ברירת המחדל היא 200.

ביטויים

אל האני -ביטוי ארגומנט הוא מחרוזת יחידה שמתארת ​​את הפונקציה שיש להעריך. ה
ביטוי פונקציה נכתב בדרך כלל במונחים של וקטור A.

לדוגמה, הביטוי הבא יסכם את שני קבצי הקלט הראשונים ביחד:

A[0] + A[1]

ניתן לתת ביטויים מרובים מופרדים באמצעות נקודה-פסיק, ובמקרה זה רק הערך של
נעשה שימוש בביטוי האחרון. ניתן להשתמש ברשימות ביטויים אלה עם הקצאה
ביטויים כדי להפוך את התחביר לדמוי C מאוד:

יחס = A[0]/A[1]; A[2]*exp(-ratio)

רשימת ביטויים בסוגריים מסולסלים היא ביטוי חוקי ומחזירה את הערך של last
ביטוי ברשימה. זה שימושי במיוחד ב ל ו if ביטויים (ראה להלן).

ישנם שני סוגי ערכים בשפה: וקטורים וסקלרים. סקלרים מילוליים הם
מספרי נקודה צפה או עשויים להופיע כסמלים ששמם מתחיל באות קטנה.

מלבד אופרטורים סקלרים רגילים כגון +, -, * ו-/, שפת הביטוי גם
תומך באופרטור האקספונציה של אינפיקס ^ , האופרטורים היחסיים הרגילים <, <=, >,
>=, ==, != כמו גם האופרטורים הבוליאניים && (ו), || (או ו ! (לֹא). שימו לב שה-
&& ו || אופרטורים בוליאניים תמיד מעריכים את שני האופרנדים, שלא כמו C. Scalar מתמטי
פונקציות כוללות שרירי הבטן, מ"ר, exp, היכנס, חטא, cos, שזוף, אסין, acos ו אטאן. יש גם
כמה פונקציות מיוחדות:

isnan(v) - 1 אם v אינו חוקי ו-0 אחרת
clamp(v1,v2,v3) - v1 מוגבל על ידי [v2, v3]
segment(v1,v2,v3) - בודק אם v1 נמצא ב-[v2,v3]

הקבוע הסקלרי NaN מוגדר כך שה-isnan(NaN) מחזיר 1.

וקטורים יכולים להיכתב בצורה 'הרחבה' הבאה

[ value1, value2, ... ]

או על ידי שימוש בסימונים הבאים ליצירת טווחים:

[ a : b ] יוצר {a, a+1, ..., b-1, b}
[ a : b ) יוצר {a, a+1, ..., b-1}
( a : b ] יוצר {a+1, ..., b-1, b}
( a : b ) יוצר {a+1, ..., b-1}

או להיווצר, על ידי 'כוונה'. ביטוי האינטנסיביות הבא יוצר את הווקטור
{3,2,1}:

{ i in [1:3] | 4 - אני}

וקטורים עשויים להופיע גם כסמלים ששמם מתחיל באות גדולה.

בנוסף לאופרטורים הסקלרים, מסופקים האופרטורים הוקטוריים הבאים:

avg - הערך הממוצע של הסקלרים בוקטור
לן - האורך של
sum - סכום המרכיבים של
prod - התוצר של האלמנטים של
מקסימום - הערך המקסימלי של
min - הערך המינימלי של
imax - המדד של הערך המקסימלי של
imin - המדד של הערך המינימלי של
V[s] - האלמנט ה-s' של וקטור V עם מקור 0.

שמות סמלים מוכנסים לטבלת סמלים גלובלית על ידי ביטויי הקצאה של ה
טופס

a = A[2] * היכנס(2)

סמלים המתחילים באות קטנה מייצגים סקלרים ואילו אלה שמתחילים באות
אות גדולה מייצגת וקטורים. מכיוון ש= הוא אופרטור, ניתן להשתמש בתוצאה שלו ב-an
ביטוי (כמו ב-C).

מסופקים כמה מבני בקרה:

עבור לולאות ניתן ליצור לולאה על וקטור, להקצות כל ערך לסמל ולאחר מכן
הערכת ביטוי. זה נעשה עם ביטויים של הצורה

total=0; for{i in [0:len(A))} total=total+A[i]; סה"כ

שהוא שווה ערך לסכום (A). שימו לב שזה דומה לשימוש

total=0; len{i ב-[0:len(A)) | total=total+A[i]}; סה"כ

מאז ל construct הוא למעשה אופרטור (אם כי הוא משמש בדרך כלל רק עבור
שינוי ערכי סמלים). שימו לב גם שללא ה"סך הכל", הביטוי יעשה זאת
לא מאוד שימושי מכיוון שהוא יחזיר רק את אורך הווקטור.

כמו ב-C, ניתן לציין רשימה של ביטויים בתלתלים:

total=total2 = 0;
עבור {i ב-[0:len(A))} {
total = total + A[i];
total2 = total2 + A[i]^2
}

יש גם כמה צורות של אם-אז-אחר לִבנוֹת:

A[0]<0 ? 0 : A[0]

if (A[0]<0) result=0 else result=A[0]

אל האני אחר הוא אופציונלי. שוב, המבנה if הוא אופרטור, וה- אז or אחר
ביטויים יכולים להיות רשימות ביטויים בתלתלים, ובמקרה זה הערך של האחרון
הביטוי מוחזר. אם ה אחר חסר ביטוי, ואז הערך 0 מוחזר
כאשר ביטוי המבחן הוא 0 (false).

המוזרות העיקרית עם ה ל ו if בונה הוא שבניגוד להצהרות C, הם חייבים
להיות מופרד מהביטוי הבא באמצעות נקודה-פסיק גם כאשר רשימת ביטויים ב-
מתולתל משמש:

עבור i ב-[0:len(A)) {total=total+A[i]} ; total/len(A)
if (A[i]>0) {result=2;} אחרת {result=1} ; תוצאה*5

דרך חלופית להציג שמות סמלים היא דרך לתת-ביטויים. לדוגמה, ה
הביטוי הבא תמיד יוערך ל-3:

תן a = 1, b = 2 ב-a + b

אלה נועדו במקור ליצור משתנים רק בתוך הביטוי המוערך,
אך בוצעו שינויים כך שטבלת הסמלים הגלובלית השתנתה.

דוגמאות

להלן ביטוי לחישוב סטיית התקן, תוך התחשבות ב
אפשרות של נתוני קלט לא חוקיים, שמתעלמים מהם:

s0 = s1 = s2 = 0;

עבור { i ב-[0:len(A)) } {
v=A[i];
if (!isnan(v)) {
s0 = s0 + 1;
s1 = s1 + v;
s2 = s2 + v*v;
}
};

if (s0 > 1) {
sqrt((s2 - s1*s1/s0) / (s0-1));
}
אחר {
NaN;
};

ניתן לשנות את ה-IF האחרון להחזרת 0 אם s0 הוא > 0 אבל <= 1. אנחנו גם שומטים את המתולתל
בסוגריים, אבל אז אסור שיהיה ";" בין ה-אם לאחר

if (s0 > 1)
sqrt((s2 - s1*s1/s0) / (s0-1))
אחרת אם (s0 > 0)
0
אחר
NaN

אם אנחנו רוצים גם את הממוצע וגם את סטיית התקן, אנחנו יכולים להשתמש ב- -תיק אוֹפְּצִיָה,
מפעיל את הפקודה עם

minccalc -expfile stdev \
-outfile mean mean.mnc \
-outfile stdev stdev.mnc \
infile1.mnc infile2.mnc ...

ושימוש בקובץ הביטוי (עם צורה נוספת של ביטוי if):

s0 = s1 = s2 = 0;

עבור {i ב-[0:len(A))} {
v=A[i];
if (!isnan(v)) {
s0 = s0 + 1;
s1 = s1 + v;
s2 = s2 + v*v;
}
};

stdev = (s0 > 1) ? sqrt((s2 - s1*s1/s0) / (s0-1)):
(s0 > 0) ? 0: NaN;
ממוצע = (s0 > 0) ? s1 / s0 : NaN ;

מערות

כמה דברים שכדאי לזכור...

משתני וקטור חייבים להתחיל באות גדולה.

שמות משתני וקטור לא יכולים להיות אחת ממילות המפתח של הפונקציה,
sum, len, prod, ... וכו'

עבור לולאות ואם ביטויים תמיד צריכים להיות מופרדים מהביטוי הבא ב-a
נְקוּדָה וּפְסִיק.

טבלת הסמלים היא גלובלית.

אופרטורים בוליאניים && ו || תמיד להעריך את שני האופרנדים.

הערה על מקבילות: מטעמי יעילות, הערכות נעשות על ווקסלים רבים בבת אחת
(מספר ה-voxels מכונה הרוחב של ההערכה והוא משתנה עם
מה היא -eval_width אוֹפְּצִיָה). תוצאה מוזרה של זה היא ששני הצדדים של אם-אחר
ההצהרה מוערכת תמיד (אלא אם כל הווקסלים נותנים את אותה תוצאת בדיקה), אבל
הצהרות בתוך כל תוצאה מוערכות רק על ה-voxels המתאימים. ב
במיוחד, ערכים בטבלת הסמלים משתנים רק לפי מסכת ווקסל. א
תופעת הלוואי של זה היא שכל סמל וקטור שנקבע ב-if-else תוצאה לא חייב להשתנות
אורך הסמל (למרות שהוא יכול ליצור אותו) ושני הצדדים של החייב שנובע מכך
מסכימים על האורך של כל סמל וקטור ששניהם משנים. אם זה לא ברור,
פשוט נסה את זה - התוכנית תתלונן אם היא לא מרוצה.

השתמש ב-minccalc באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net