מינימפה - אונליין בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

מינימפה - מיפוי מהיר בין רצפי DNA ארוכים

תַקצִיר

מינימפה [-lSOV] [-k קמר] [-w גודל הרווח] [-I גודל אצווה] [-d קובץ dump] [-f מתרחשת] [-r
רוחב פס] [-m דקות משותף] [-c ספירת דקות] [-L התאמה מינימלית] [-g מקסימום גאפ] [-T אבק] [-t
nחוטים] [-x מראש] target.fa שאילתה.fa > פלט.paf

תיאור

Minimap הוא כלי למציאה יעילה של מספר מיקומי מיפוי משוערים בין שני
קבוצות של רצפים ארוכים, כגון בין קריאות לגנומים של ייחוס, בין גנומים ו
בין קריאות ארוכות ורועשות. למיני-מפה יש שלב אינדוקס ושלב מיפוי. באינדוקס
בשלב זה, הוא אוסף את כל הממזערים של קבוצה גדולה של רצפי יעד בטבלת גיבוב;
בשלב המיפוי, הוא מזהה אשכולות טובים של פגיעות מזעור קולינאריות. המינימפה עושה זאת.
לא לייצר יישורים מפורטים בין היעד לרצפי השאילתה. זה רק
מפיק את קואורדינטות ההתחלה והסיום המשוערות של אשכולות אלה.

אפשרויות

מפתוח אפשרויות
-k INT אורך k-mer של מזעור [15]

-w INT גודל חלון המזעור [2/3 מאורך ה-k-mer]. מזעור הוא ה-k-mer הקטן ביותר
בחלון של w k-מרים רצופים.

-I NUM טעינה לכל היותר NUM בסיסי יעד ל-RAM לצורך אינדוקס [4G]. אם יש יותר מ
NUM בסיסים ב target.fa, מינימפה צריכה לקרוא שאילתה.fa מספר פעמים כדי למפות אותו
כנגד כל קבוצה של רצפי מטרה. NUM ייתכן שמסתיים ב-k/K/m/M/g/G.

-d קובץ אינדקס מזעור dump ל קובץ [אין דחיפה]

-l ציין כי target.fa הוא למעשה אינדקס מזעור שנוצר על ידי אפשרות -d, לא
קובץ FASTA או FASTQ.

מיפוי אפשרויות
-f לצוף התעלם מהחלק העליון לצוף חלק מהמינמיירים המופיעים ביותר [0.001]

-r INT רוחב פס משוער עבור אשכולות של פגיעות מזעור ראשוניות [500]. A מזעיר
מכה הוא ממזער שנמצא הן ברצף היעד והן ברצף השאילתה. מזעיר
מכה אשכול היא קבוצה של פגיעות מזעור קולינאריות פוטנציאליות בין מטרה
ורצף שאילתות.

-m לצוף מיזוג אשכולות פגיעה של מזעור ראשוני אם לצוף או חלק גבוה יותר של ממזערים
משותפים בין האשכולות [0.5]

-c INT שמור אשכול תוצאות מזעור אם הוא מכיל INT או יותר תוצאות מזעור [4]

-L INT מחק אשכול תוצאות מזעור אם לאחר קולינריזציה, מספר התואמים
הבסיסים נמצאים למטה INT [40]. אפשרות זו מקטינה בעיקר את גודל הפלט. יש לה
השפעה מועטה על המהירות ושיא הזיכרון.

-g INT פיצול אשכול פגיעה של מזעור בפער INT-bp או יותר שאינו מכיל
כל פגיעה במזעור [10000]

-T INT מיסוך אזורים ברצפי שאילתה עם סף ציון SDUST INT; 0 כדי להשבית
[0]. SDUST הוא אלגוריתם לזיהוי תת-רצפים בעלי מורכבות נמוכה. הוא אינו
מופעל כברירת מחדל. אם SDUST מועדף, ערך בין 20 ל-25 הוא
מומלץ. סף גבוה יותר מסתיר פחות רצפים.

-S בצע מיפוי הכל נגד הכל. במצב זה, אם שם רצף השאילתה הוא
גדול יותר מבחינה לקסיקוגרפית משם רצף היעד, הפגיעות ביניהם
יודחק; אם שם רצף השאילתה זהה לשם היעד,
פגיעות של מזעור אלכסוני גם כן יודכאו.

-O הסר פגיעה באמצעות מזעור אם היא רחוקה מההצלות האחרות (ניסיוני).
האפשרות שימושית למיפוי כרומוזומים ארוכים משני מינים שונים.

-x STR שינוי הגדרות מרובות בהתבסס על STR [לא מוגדר]. מומלץ להחיל
אפשרות זו לפני אפשרויות אחרות, כך שהאפשרויות הבאות עשויות לעקוף
ההגדרות המרובות שהשתנו על ידי אפשרות זו.

ava10k עבור מיפוי קריאה הכל-נגד-הכל של PacBio או Oxford Nanopore (-Sw5 -L100 -m0).

פלט קלט אפשרויות
-t INT מספר הליכים [3]. המיני-מפה משתמשת לכל היותר בשלושה הליכים בעת איסוף
מזעירים על רצפי יעד, ומשתמש בעד INT+1 שרשורים בעת מיפוי (ה-
הליך נוסף מיועד לקלט/פלט, שלעתים קרובות נמצא במצב סרק ודורש מעט זמן מעבד).

-V הדפס מספר גרסה ל-stdout

תפוקה פורמט

מינימאפ מפיק מיפוי של מיקומים בפורמט PAF (Pairwise Mapping Format). PAF הוא TAB-
פורמט טקסט מופרד כאשר כל שורה מורכבת מלפחות 12 שדות כמתואר ב
הטבלה הבאה:

┌─────┬──────────┬─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│Col │ סוּג │ תיאור │
├─────┼──────────┼──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│ 1 │ מחרוזת │ שם רצף שאילתה │
│ 2 │ int │ אורך רצף שאילתה │
│ 3 │ int │ קואורדינטת תחילת שאילתה (מבוססת על 0) │
│ 4 │ int │ קואורדינטת סיום שאילתה (מבוססת על 0) │
│ 5 │ תו │ `+' אם השאילתה והיעד על אותו גדיל; `-' אם הפוך │
│ 6 │ מחרוזת │ שם רצף היעד │
│ 7 │ int │ אורך רצף היעד │
│ 8 │ int │ קואורדינטת התחלה של היעד על הגדיל המקורי │
│ 9 │ int │ קואורדינטת קצה היעד על הגדיל המקורי │
│ 10 │ int │ מספר הבסיסים התואמים במיפוי │
│ 11 │ int │ בסיסי מספרים, כולל פערים, במיפוי │
│ 12 │ int │ איכות מיפוי (0-255 עם 255 עבור חסר) │
└─────┴────────┴────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘

כאשר היישור זמין, עמודה 11 מציגה את המספר הכולל של התאמות רצף,
אי התאמות ופערים ביישור; עמודה 10 לחלק לעמודה 11 נותנת את היישור
זהות. מכיוון שמינימפה אינה מייצרת יישור מפורט, שתי העמודות הללו
משוער. PAF עשוי לכלול אופציונלית שדות נוספים בערך-מפתח שקלוי דמוי SAM
פורמט. Minimap כותב את מספר ההופעות של הממזער באשכול לתג cm.

השתמש במינימפה מקוונת באמצעות שירותי onworks.net