זוהי מפת הפקודה המינימלית שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
minimap - מיפוי מהיר בין רצפי DNA ארוכים
תַקצִיר
מינימפה [-lSOV] [-k קמר] [-w winSize] [-I גודל אצווה] [-d dumpFile] [-f occThres] [-r
רוחב פס] [-m minShared] [-c minCount] [-L minMatch] [-g maxGap] [-T dustThres] [-t
nחוטים] [-x מראש] target.fa query.fa > output.paf
תיאור
Minimap הוא כלי לאיתור יעיל של מיקומי מיפוי משוערים מרובים בין שניים
קבוצות של רצפים ארוכים, כגון בין גנומים קריאה וייחוס, בין גנומים ו
בין קריאות רועשות ארוכות. למינימפה יש שלב של אינדקס ושלב מיפוי. באינדקס
שלב, הוא אוסף את כל ממזערים של אצווה גדולה של רצפי יעד בטבלת hash; ב
בשלב המיפוי, הוא מזהה אשכולות טובים של פגיעות ממזערות קולינאריות. Minimap כן
לא ליצור יישור מפורט בין היעד לרצפי השאילתה. זה בלבד
מוציא את קואורדינטות ההתחלה והסוף המשוערות של אשכולות אלה.
אפשרויות
מפתוח אפשרויות
-k INT אורך מזעור k-mer [15]
-w INT גודל חלון מזער [2/3 מאורך k-mer]. מזער הוא ה-k-mer הקטן ביותר
בחלון של w k-mers רצופים.
-I NUM עומס לכל היותר NUM בסיסי יעד ל-RAM עבור אינדקס [4G]. אם יש יותר מ
NUM בסיסים פנימה target.fa, מינימפה צריכה לקרוא query.fa מספר פעמים כדי למפות אותו
כנגד כל אצווה של רצפי מטרה. NUM עשוי להסתיים ב-k/K/m/M/g/G.
-d קובץ לזרוק אינדקס ממזער ל קובץ [אין מזבלה]
-l מצביע על כך ש target.fa הוא למעשה אינדקס מזער שנוצר על ידי אופציה -d, לא
קובץ FASTA או FASTQ.
מיפוי אפשרויות
-f לצוף התעלם מלמעלה לצוף חלק מהמזעורים הקיימים ביותר [0.001]
-r INT רוחב פס משוער עבור מקבץ להיטים ראשוניים של מזער [500]. א מזער
מכה הוא מזעור הקיים הן ברצף היעד והן ברצף השאילתה. א מזער
מכה אשכול היא קבוצה של פגיעות מזעור קולינאריות בין מטרה
ורצף שאילתות.
-m לצוף מיזוג אשכולות פגיעה ראשוניים של מזער אם לצוף או חלק גבוה יותר של ממזערים
משותפים בין האשכולות [0.5]
-c INT שמור על אשכול פגיעה במזעור אם הוא מכיל INT או יותר להיטים של מזער [4]
-L INT זרוק אשכול פגיעה במזעור אם לאחר הקולינאריזציה, מספר ההתאמה
הבסיסים למטה INT [40]. אפשרות זו מקטינה בעיקר את גודל הפלט. יש לזה
השפעה קטנה על המהירות ושיא הזיכרון.
-g INT פיצול מקבץ פגיעה ממזער בפער INT-bp או יותר שאינו מכיל
כל כניסות למזער [10000]
-T INT מסכה אזורים ברצפי שאילתות עם סף ציון SDUST INT; 0 כדי להשבית
[0]. SDUST הוא אלגוריתם לזיהוי תתי-רצפים בעלי מורכבות נמוכה. זה לא
מופעל כברירת מחדל. אם SDUST מועדף, ערך בין 20 ל-25 הוא
מוּמלָץ. סף גבוה יותר מסווה פחות רצפים.
-S בצע מיפוי הכל מול הכל. במצב זה, אם שם רצף השאילתה הוא
גדול מבחינה לקסיקוגרפית מאשר שם רצף היעד, הלהיטים ביניהם
ידכא; אם שם רצף השאילתה זהה לשם היעד,
גם פגעי מזער אלכסוני ידחקו.
-O זרוק להיט ממזער אם הוא רחוק מלהיטים אחרים (ניסיוני). זֶה
האפשרות שימושית למיפוי כרומוזומים ארוכים משני מינים שונים.
-x STR שינוי הגדרות מרובות על סמך STR [לא מוכן]. מומלץ ליישם
אפשרות זו לפני אפשרויות אחרות, כך שהאפשרויות הבאות עשויות לעקוף
ההגדרות המרובות ששונו על ידי אפשרות זו.
ava10k עבור PacBio או Oxford Nanopore מיפוי הכל לעומת הכל (-Sw5 -L100 -m0).
פלט קלט אפשרויות
-t INT מספר שרשורים [3]. Minimap משתמשת לכל היותר בשלושה שרשורים בעת איסוף
ממזערים על רצפי יעד, ושימושים עד INTשרשורי 1+ בעת מיפוי (ה
פתיל נוסף מיועד ל-I/O, שלעתים קרובות אינו פעיל ולוקח מעט זמן מעבד).
-V הדפס מספר גרסה ל-stdout
תפוקה פורמט
Minimap מוציא מיקומי מיפוי בפורמט Pairwise mApping Format (PAF). PAF הוא TAB-
פורמט טקסט מופרד כאשר כל שורה מורכבת מ-12 שדות לפחות כמתואר ב
הטבלה הבאה:
┌────┬────────┬─────────────────────────────────── ──────────────────────────┐
│Col │ סוּג │ תיאור │
├────┼────────┼─────────────────────────────────── ──────────────────────────┤
│ 1 │ מחרוזת │ שם רצף שאילתה │
│ 2 │ int │ אורך רצף שאילתה │
│ 3 │ int │ קואורדינטת התחלת שאילתה (מבוסס 0) │
│ 4 │ int │ קואורדינטת סוף שאילתה (מבוסס 0) │
│ 5 │ char │ `+' אם שאילתה ומטרת על אותו גדיל; `-' אם הפוך │
│ 6 │ מחרוזת │ שם רצף יעד │
│ 7 │ int │ אורך רצף יעד │
│ 8 │ int │ קואורדינטת התחלה יעד על הגדיל המקורי │
│ 9 │ int │ קואורדינטת קצה היעד על הגדיל המקורי │
│ 10 │ int │ מספר הבסיסים התואמים במיפוי │
│ 11 │ int │ בסיסי מספרים, כולל פערים, במיפוי │
│ 12 │ int │ איכות מיפוי (0-255 עם 255 לחסר) │
└────┴────────┴─────────────────────────────────── ──────────────────────────┘
כאשר היישור זמין, עמודה 11 מספקת את המספר הכולל של התאמות רצף,
אי התאמה ופערים ביישור; עמודה 10 חלקי עמודה 11 נותנת את היישור
זהות. מכיוון שמינימפה אינה מייצרת יישור מפורט, שתי העמודות הללו כן
לְהִתְקַרֵב. ל-PAF עשויים לכלול שדות נוספים בערך המפתח המוקלד דמוי SAM
פוּרמָט. Minimap כותבת את מספר ההתאמות של מזער במקבץ לתג cm.
השתמש במינימפה מקוונת באמצעות שירותי onworks.net
