זוהי הפקודה needlealle שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
needleall - יישור זוגי של שני קבוצות רצפים מסוג רבים לרבים
תַקצִיר
מחטים -רצף seqset -בהמשך המשך [-קובץ מידע matrixf] -gapoopen לצוף
-gapextend לצוף [משקל קצה בוליאני] [-פתוח לצוף] [-endextend לצוף]
[-ניקוד קטן לצוף] -קָצָר בוליאני -תיק ליישר [-קובץ שגיאה אוסף]
מחטים עזרה
תיאור
מחטים היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זה חלק מקבוצת הפיקוד "יישור: גלובלי".
אפשרויות
קֶלֶט סעיף
-רצף seqset
-בהמשך המשך
-קובץ מידע matrixf
זהו קובץ מטריצת הניקוד המשמש בעת השוואת רצפים. כברירת מחדל זה ה
קובץ 'EBLOSUM62' (עבור חלבונים) או הקובץ 'EDNAFULL' (עבור רצפי גרעין). אלה
קבצים נמצאים בספריית 'נתונים' של התקנת EMBOSS.
דרוש סעיף
-gapoopen לצוף
העונש הפתוח הוא התוצאה שנלקחה כאשר נוצר פער. התמורה הטובה ביותר
תלוי בבחירת מטריצת ההשוואה. ערך ברירת המחדל מניח שאתה משתמש
מטריצת EBLOSUM62 עבור רצפי חלבון, ומטריצת EDNAFULL עבור נוקלאוטיד
רצפים. ערך ברירת מחדל: @($(acdprotein)? 10.0 : 10.0 )
-gapextend לצוף
עונש הרחבת הפער מתווסף לעונש הפער הסטנדרטי עבור כל בסיס או
שאריות במרווח. כך נענשים פערים ארוכים. בדרך כלל תצפו לכמה
פערים ארוכים ולא פערים קצרים רבים, כך שהעונש על הרחבת פערים צריך להיות נמוך יותר
מאשר עונש הפער. חריג הוא כאשר אחד הרצפים או שניהם הם קריאה בודדת
עם שגיאות רצף אפשריות ובמקרה זה היית מצפה להרבה פערי בסיס בודדים.
אתה יכול לקבל תוצאה זו על ידי הגדרת העונש הפתוח לפער לאפס (או נמוך מאוד) ו
שימוש בעונש הרחבת פערים כדי לשלוט בהבקעת פערים. ערך ברירת מחדל:
@($(חלבון חומצה)? 0.5 : 0.5 )
נוסף סעיף
משקל קצה בוליאני
ערך ברירת מחדל: N
-פתוח לצוף
עונש פתיחת פער בסוף הוא התוצאה שנלקחת כאשר נוצר פער בסוף.
הערך תלוי בבחירת מטריצת ההשוואה. ערך ברירת המחדל מניח שאתה
באמצעות מטריצת EBLOSUM62 עבור רצפי חלבונים, ומטריצת EDNAFULL עבור
רצפי נוקלאוטידים. ערך ברירת מחדל: @($(acdprotein)? 10.0 : 10.0 )
-endextend לצוף
עונש הארכת פער הקצה מתווסף לעונש פער הקצה עבור כל בסיס או
שאריות בפער הקצה. ערך ברירת מחדל: @($(acdprotein)? 0.5 : 0.5 )
-ניקוד קטן לצוף
ציון יישור מינימלי לדיווח על יישור.
תְפוּקָה סעיף
-קָצָר בוליאני
זהות ודמיון קצר ערך ברירת מחדל: Y
-תיק ליישר
-קובץ שגיאה אוסף
קובץ שגיאה שיש לכתוב אליו ערך ברירת מחדל: needleall.error
השתמש ב- needlealle באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
