פלאקנט - אונליין בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

placnet - פרויקט רשת קבוצות הכוכבים של פלסמידים

תיאור

Placnet הוא כלי חדש לניתוח פלסמידים בפרויקטים של NGS. Placnet מותאם לעבודה
עם רצפי אילומינה אבל זה עובד גם עם 454, Iontorrent או כל אחד מהתוכנות בפועל
טכנולוגיות רצף.

הקלט של placnet הוא קבוצה של contigs וקובץ SAM אחד או יותר עם מיפוי של ה-
קורא כנגד ה-contigs. Placnet משיג קבוצת קבצים, שנפתחת בקלות ב-Cytoscape
תוכנה או כלי רשת אחרים.

אפשרויות

כתיבת תבנית קובץ קלט

פלאקנט -לִיצוֹר

תהליך הרשת

פלאקנט -f קובץ קלט.txt -p קידומת -l דקות

-f=s קובץ קלט לניתוח PLACNET.

-p=s קידומת שם עבור קבצי פלט (ברירת מחדל 'placnet').

-l=s אורך מינימלי של contig לתהליך scaffold (ברירת מחדל '200').

השתמש ב-placnet באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net