זהו תחילת הפקודה שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
primers - גרסה פשוטה של primer3 לבחירת פריימרים של PCR
תַקצִיר
פריימרים -סדר פעולות המשך [-אזור יעד רכס] [-גודל קטן מספר שלם] [-גודל מקסימלי מספר שלם]
[-maxdifftm לצוף] [-הסברדגל בוליאני] [-numreturn מספר שלם] -תיק אוסף
פריימרים עזרה
תיאור
פריימרים היא תוכנית שורת פקודה מבית EMBOSS ("האירופה מולקולרית ביולוגיה פתוחה
חבילת תוכנה"). זה חלק מקבוצת הפקודות "Grucleic:Primers".
אפשרויות
קֶלֶט סעיף
-סדר פעולות המשך
הרצף שממנו בוחרים פריימרים. יש להציג את הרצף 5' -> 3'
נוסף סעיף
-אזור יעד רכס
אם צוין יעד אחד או יותר, זוג פריימר חוקי חייב לאגף לפחות אחד
שלהם. יעד יכול להיות אתר פשוט של רצף חוזר (לדוגמה חזרה של CA) או
פולימורפיזם של זוג בסיסים בודד. הערך צריך להיות רשימה מופרדת ברווחים של
, זוגות איפה הוא המדד של הבסיס הראשון של יעד, ו
הוא האחרון למשל 50,51 דורש פריימרים להקיף את 2 הבסיסים בעמדות 50
ו51.
-גודל קטן מספר שלם
אורך מינימלי מקובל של פריימר. חייב להיות גדול מ-0 וקטן או שווה
ל-MAX-SIZE. ערך ברירת מחדל: 18
-גודל מקסימלי מספר שלם
אורך מקסימלי מקובל (בבסיסים) של פריימר. כרגע הפרמטר הזה לא יכול להיות
גדול מ-35. מגבלה זו נשלטת על ידי גודל האוליגו המרבי שעבורו Primer3's
טמפרטורת ההיתוך תקפה. ערך ברירת מחדל: 27
-maxdifftm לצוף
הבדל מקסימלי מקובל (לא חתום) בין טמפרטורות ההיתוך של
פריימרים קדימה ואחורה. ערך ברירת מחדל: 100.0
תְפוּקָה סעיף
-הסברדגל בוליאני
אם הדגל הזה אינו 0, הפק פלט LEFT-EXPLAIN ו- RIGHT-EXPLAIN, שהם
נועד לספק מידע על מספר זוגות הפריימר ש-Primer3 בדק,
וסטטיסטיקה על המספר שנמחק מסיבות שונות. ערך ברירת מחדל: N
-numreturn מספר שלם
המספר המרבי של זוגות פריימר להחזרה. זוגות פריימר המוחזרים ממוינים לפי
ה'איכות' שלהם, במילים אחרות לפי הערך של הפונקציה האובייקטיבית (כאשר נמוך יותר
מספר מציין זוג פריימר טוב יותר). זהירות: הגדרת פרמטר זה לגדול
הערך יגדיל את זמן הריצה. ערך ברירת מחדל: 5
-תיק אוסף
השתמש ב-primerse באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net
