raxmlHPC-PTHREADS - מקוון בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

שימוש - אקסלרציה אקסלרית מקסימלית

תיאור

השתמש ב-raxml עם תמיכת AVX (מעבד אחד)

זוהי RAxML גרסה 8.2.4 שפורסמה על ידי Alexandros Stamatakis ב-02 באוקטובר 2015.

עם תרומות קוד מוערכות מאוד מאת: אנדרה אברר (HITS) סיימון ברגר
(HITS) אלכסיי קוזלוב (HITS) קסיאן קוברט (HITS) דיוויד דאו (KIT ו-HITS)
ניק פטנגל (סנדיה) וויין פייפר (SDSC) אקיפומי ס. טנאבה (NRIFS)

אנא עיין גם במדריך RAxML

אנא דווח על באגים דרך קבוצת גוגל RAxML! אנא שלח לנו את כל קבצי הקלט, את המדויק
הזמנה, פרטי ה-HW ומערכת ההפעלה, כמו גם כל הודעות השגיאה שהודפסו
למסך.

raxmlHPC[-SSE3|-AVX|-PTHREADS|-PTHREADS-SSE3|-PTHREADS-AVX|-HYBRID|-HYBRID-SSE3|HYBRID-AVX]

-s sequenceFileName -n שם קובץ פלט -m מודל החלפה

[-a weightFileName] [-A SecondaryStructureSubstModel] [-b
bootstrapRandomNumberSeed] [-B wcCriterionThreshold] [-c numberOfCategories] [-C]
[-d] [-D] [-e likelihoodEpsilon] [-E excludeFileName] [-f
a|A|b|B|c|C|d|D|e|E|F|g|G|h|H|i|I|j|J|k|m|n|N|o|p| P|q|r|R|s|S|t|T|u|v|V|w|W|x|y]
[-F] [-g groupingFileName] [-G placementThreshold] [-h] [-H] [-i
initialRearrangementSetting] [-I autoFC|autoMR|autoMRE|autoMRE_IGN] [-j] [-J
MR|MR_DROP|MRE|STRICT|STRICT_DROP|T_ ] [-k] [-K] [-L MR|MRE|T_ ]
[-M] [-o outGroupName1[,outGroupName2[,...]]][-O] [-p parsimonyRandomSeed] [-P
proteinModel] [-q multipleModelFileName] [-r binaryConstraintTree] [-R
binaryModelParamFile] [-S secondaryStructureFile] [-t userStartingTree] [-T
numberOfThreads] [-u] [-U] [-v] [-V] [-w outputDirectory] [-W slidingWindowSize]
[-x rapidBootstrapRandomNumberSeed] [-X] [-y] [-Y
quartetGroupingFileName|ancestralSequenceCandidatesFileName] [-z multipleTreesFile]
[-#|-N numberOfRuns|autoFC|autoMR|autoMRE|autoMRE_IGN]
[--mesquite][--silent][--no-seq-check][--no-bfgs]
[--asc-corr=stamatakis|פלנסשטיין|לואיס]
[--flag-check][--auto-prot=ml|bic|aic|aic]
[--epa-keep-placements=number][--epa-accumulated-threshold=threshold]
[--epa-prob-threshold=threshold] [--JC69][--K80][--HKY85]

-a ציין שם קובץ משקל עמודה כדי להקצות משקלים בודדים לכל עמודה של
את היישור. משקלים אלה חייבים להיות מספרים שלמים מופרדים בכל סוג ומספר של
רווחים לבנים בתוך קובץ נפרד, ראה קובץ "example_weights" לדוגמא.

-A ציין את אחד מדגמי החלפת המבנה המשניים המיושמים ב-RAxML.
נעשה שימוש באותו מינוח כמו במדריך PHASE, דגמים זמינים: S6A, S6B,
S6C, S6D, S6E, S7A, S7B, S7C, S7D, S7E, S7F, S16, S16A, S16B

ברירת מחדל: דגם GTR 16 מצבים (S16)

-b ציין מספר שלם (סיד אקראי) והפעל את Bootstrapping

ברירת מחדל: כבוי

-B ציין מספר נקודה צפה בין 0.0 ל-1.0 שישמש כחתך
סף לקריטריונים לאתחול מבוססי MR. ההגדרה המומלצת היא 0.03.

ברירת מחדל: 0.03 (הגדרה אמפירית מומלצת)

-c ציין את מספר קטגוריות הקצב המובחן עבור RAxML כאשר דגם הקצב
הטרוגניות מוגדרת ל-CAT תעריפים בודדים לכל אתר מסווגים לפי
קטגוריות שיעור numberOfCategories כדי להאיץ את החישובים.

ברירת מחדל: 25

-C אפשר פלט מילולי עבור האפשרויות "-L" ו- "-fi". זה ייצור יותר, כמו
כמו גם קבצי פלט מילוליים יותר

ברירת מחדל: כבוי

-d התחל אופטימיזציה של ML מעץ התחלה אקראי

ברירת מחדל: כבוי

-D קריטריון התכנסות חיפוש ML. זה יפסיק את חיפושי ML אם קרוב המשפחה
רובינסון-Fulds מרחק בין העצים המתקבל משני SPR עצלנים רצופים
מחזורים קטן או שווה ל-1%. שימוש מומלץ עבור מערכי נתונים גדולים מאוד ב
תנאי הטסים. על עצים עם יותר מ-500 טקסים זה יניב זמן ביצוע
שיפורים של כ-50% תוך תשואה רק מעט גרועה יותר.

ברירת מחדל: כבוי

-e הגדר את דיוק אופטימיזציית המודל ביחידות סבירות יומן לאופטימיזציה סופית של
טופולוגיה של עצים

ברירת מחדל: 0.1
עבור מודלים שאינם משתמשים בשיעור של הערכת אתרים בלתי משתנים

0.001 עבור מודלים המשתמשים בשיעור של אומדן אתרים בלתי משתנים

-E ציין שם קובץ אי הכללה, המכיל מפרט של מיקומי יישור
אתה רוצה להוציא. הפורמט דומה ל-Nexus, הקובץ יכיל ערכים
כמו "100-200 300-400", כדי לא לכלול עמודה בודדת כתוב, למשל, "100-100", אם אתה
השתמש במודל מעורב, ייכתב קובץ מודל מותאם כראוי.

-f בחר אלגוריתם:

"-fa": ניתוח מהיר של Bootstrap וחיפוש אחר עץ ה-ML בעל הניקוד הטוב ביותר בתוכנית אחת
הרץ "-f A": חישוב מצבי אבות שוליים על עץ התייחסות שורשי שסופק
עם "-t" "-fb": צייר מידע דו-מחיצות על עץ המסופק עם "-t" מבוסס
על מספר עצים

(למשל, מ-bootstrap) בקובץ שצוין על ידי "-z"

"-f B": מטב סרגל br-len ופרמטרים אחרים של מודל (GTR, אלפא וכו') על עץ
מסופק עם "-t".
העץ צריך להכיל אורכי ענפים. אורכי הסניף לא יעברו אופטימיזציה,
רק קנה מידה לפי ערך משותף יחיד.

"-fc": בדוק אם ניתן לקרוא את היישור כראוי על ידי RAxML "-f C": ancestral
מבחן רצף עבור Jiajie, המשתמשים יצטרכו גם לספק רשימה של שמות טקסונים באמצעות
-Y מופרדים על ידי רווחים לבנים "-fd": טיפוס מהיר חדש על גבעות

ברירת מחדל: פועל

"-f D": טיפוס מהיר על גבעות עם רצועות אתחול RELL "-fe": ייעול דגם+ענף
אורכים עבור עץ קלט נתון תחת GAMMA/GAMMAI רק "-f E": ביצוע מהר מאוד
חיפוש עצים ניסיוני, כרגע רק לבדיקת "-f F": בצע מהר
חיפוש עצים ניסיוני, כרגע רק לבדיקת "-fg": חישוב לכל אתר יומן
הסבירות לעץ אחד או יותר עברו דרך

"-z" וכתוב אותם לקובץ שניתן לקרוא על ידי CONSEL
פרמטרי הדגם יוערכו על העץ הראשון בלבד!

"-f G": חישוב לכל יומן אתר את הסיכויים עבור עץ אחד או יותר שעברו
"-z" וכתוב אותם לקובץ שניתן לקרוא על ידי CONSEL. הפרמטרים של הדגם
יוערך מחדש עבור כל עץ

"-fh": מחשב את מבחן הסבירות ביומן (SH-test) בין העץ הטוב ביותר שעבר דרך "-t"
ועוד חבורה של עצים שעברו דרך "-z" הפרמטרים של המודל יוערכו
על העץ הראשון בלבד!

"-f H": חישוב בדיקת סבירות יומן (SH-test) בין העץ הטוב ביותר שעבר דרך "-t"
ועוד חבורה של עצים שעברו דרך "-z" הפרמטרים של המודל יהיו
אומדן מחדש עבור כל עץ

"-fi": חישוב ציוני IC ו-TC (Salichos and Rokas 2013) על עץ המסופק עם "-t"
מבוסס על מספר עצים
(למשל, מ-bootstrap) בקובץ שצוין על ידי "-z"

"-f I": אלגוריתם פשוט של השתרשות עצים עבור עצים לא מושרשים.
הוא משרש את העץ על ידי השתרשותו בענף המאזן בצורה הטובה ביותר את תת העץ
אורכים (סכום על פני ענפים בתתי העצים) של תת-העץ השמאלי והימני. א
סניף עם איזון אופטימלי לא תמיד קיים! אתה צריך לציין את העץ
אתה רוצה לעשות רוט באמצעות "-t".

"-fj": צור חבורה של קבצי יישור מאתחול מקובץ יישור מקורי.
עליך לציין זרע עם "-b" ואת מספר המשכפלים עם "-#"

"-f J": חישוב ערכי תמיכה דמויי SH על עץ נתון המועבר דרך "-t". "-fk":
תקן אורכי ענפים ארוכים בערכות נתונים מחולקות עם נתונים חסרים באמצעות ה

אלגוריתם גניבה באורך סניף.
אפשרות זו פועלת רק בשילוב עם "-t", "-M" ו-"-q". זה יודפס
עץ עם אורכי ענפים קצרים יותר, אך בעל ציון סבירות זהה.

"-fm": השווה בין שתי מחיצות בין שתי צרורות עצים שעברו דרך "-t" ו- "-z"
בהתאמה. זה יחזיר את המתאם של פירסון בין כל המחיצות הדו-מפלסיות
נמצא בשני קבצי העץ. קובץ שנקרא
RAxML_bipartitionFrequencies.outpuFileName יודפס המכיל את
תדרים דו-מחלקים בזוגיות של שתי הקבוצות

"-fn": חשב את ציון הסבירות ביומן של כל העצים הכלולים בקובץ עץ שסופק על ידי
"-z" תחת GAMMA או GAMMA+P-Invar פרמטרי המודל יוערכו על
עץ ראשון בלבד!

"-f N": חשב את ציון הסבירות ביומן של כל העצים הכלולים בקובץ עץ שסופק על ידי
"-z" תחת GAMMA או GAMMA+P-Invar הפרמטרים של המודל יוערכו מחדש עבור
כל עץ

"-fo": טיפוס מהיר יותר ישן ואיטי יותר ללא חתך היוריסטי "-fp": בצע
תוספת MP צעדים טהורה של רצפים חדשים לעץ התחלה לא שלם ויציאה
"-f P": בצע מיקום פילוגנטי של עצי משנה שצוינו בקובץ שעבר
דרך "-z" לתוך עץ התייחסות נתון

שבהם כלולים תתי-עצים אלה המועברים באמצעות "-t" באמצעות ה-
אלגוריתם מיקום אבולוציוני.

"-fq": מחשבון רביעיות מהיר "-fr": חישוב של רובינסון-Foulds בזוגיות (RF)
מרחקים בין כל זוגות העצים בקובץ עץ שעברו באמצעות "-z"

אם לעצים יש תוויות צמתים המיוצגות כערכי תמיכה במספרים שלמים, התוכנית תהיה גם כן
לחשב שני טעמים של
המרחק המשוקלל של רובינסון-פולדס (WRF).

"-f R": חישוב כל מרחקי רובינסון-Foulds (RF) בין עץ ייחוס גדול
עבר דרך "-t"

ועצים קטנים רבים יותר (שחייבים להיות להם תת-קבוצה של הטקסות של העץ הגדול) עברו דרך
"-ז".
אפשרות זו מיועדת לבדיקת סבירותן של פילוגניות גדולות מאוד
שלא ניתן יותר לבדיקה ויזואלית.

"-fs": פיצול יישור מחולק מרובה גנים לתוך המתאים
יישור משנה "-f S": חישוב הטיית מיקום ספציפית לאתר באמצעות השארת אחד בחוץ
מבחן בהשראת אלגוריתם המיקום האבולוציוני "-ft": עשה עץ אקראי
חיפושים על עץ התחלה קבוע אחד "-f T": בצע אופטימיזציה יסודית סופית של ML
עץ מחיפוש מהיר אתחול במצב עצמאי "-fu": ביצוע מורפולוגי
כיול משקל באמצעות סבירות מקסימלית, זה יחזיר וקטור משקל.

עליך לספק יישור מורפולוגי ועץ התייחסות באמצעות "-t"

"-fv": סיווג חבורה של רצפים סביבתיים לעץ התייחסות באמצעות יסודי
לקרוא תוספות
תצטרך להפעיל את RAxML עם עץ התייחסות לא מקיף ו-an
יישור המכיל את כל הרצפים (הפניה + שאילתה)

"-f V": סיווג חבורה של רצפים סביבתיים לעץ התייחסות באמצעות יסודי
לקרוא תוספות
תצטרך להפעיל את RAxML עם עץ התייחסות לא מקיף ו-an
יישור המכיל את כל הרצפים (הפניה + שאילתה) אזהרה: זוהי בדיקה
יישום לטיפול יעיל יותר במערכי נתונים מרובי גנים/גנום שלם!

"-fw": חישוב מבחן ELW על חבורה של עצים שעברו באמצעות "-z"
פרמטרי הדגם יוערכו על העץ הראשון בלבד!

"-f W": חישוב מבחן ELW על חבורה של עצים שעברו באמצעות "-z"
פרמטרי המודל יוערכו מחדש עבור כל עץ

"-fx": חישוב מרחקי ML בזוגיות, פרמטרי מודל ML יוערכו על MP
עץ התחלתי או עץ מוגדר על ידי משתמש שעבר דרך "-t", מותר רק עבור מבוססי GAMMA
מודלים של הטרוגניות שיעורים

"-fy": סיווג חבורה של רצפים סביבתיים לעץ התייחסות באמצעות חסינות
תצטרך להפעיל את RAxML עם עץ התייחסות לא מקיף ו-an
יישור המכיל את כל הרצפים (הפניה + שאילתה)

ברירת מחדל עבור "-f": טיפוס מהיר חדש על גבעה

-F אפשר חיפוש עצי ML תחת מודל CAT עבור עצים גדולים מאוד מבלי לעבור ל
GAMMA בסופו של דבר (חוסך זיכרון). אפשרות זו יכולה לשמש גם עם GAMMA
מודלים על מנת להימנע מאופטימיזציה יסודית של עץ ה-ML בעל הניקוד הטוב ביותר ב
הסוף.

ברירת מחדל: כבוי

-g ציין את שם הקובץ של עץ אילוצים מרובות חלוקים לעץ זה לא צריך
להיות מקיף, כלומר לא חייב להכיל את כל הטסים

-G אפשר את ההיוריסטיקה של אלגוריתם המיקום האבולוציוני מבוסס ML על ידי ציון
ערך סף (שבריר של ענפי הכנסה שיש להעריך באמצעות איטי
הוספות תחת ML).

-h הצג הודעת עזרה זו.

-H השבת את דחיסת הדפוס.

ברירת מחדל: פועל

-i הגדרת סידור מחדש ראשונית ליישום הבא של שינויים טופולוגיים
שלב

-I ניתוח עצירת אתחול מאחור. להשתמש:

"-I autoFC" עבור הקריטריון מבוסס התדר "-I autoMR" עבור כלל הרוב
קריטריון עץ הקונצנזוס "-I autoMRE" עבור עץ הקונצנזוס המורחב של שלטון הרוב
קריטריון "-I autoMRE_IGN" עבור מדדים הדומים ל-MRE, אך כוללים דו-מחיצות
מתחת לסף האם הם תואמים

או שלא. זה מחקה MRE אבל מהיר יותר לחישוב.

אתה גם צריך להעביר קובץ עץ המכיל כמה שיכפולים של bootstrap באמצעות "-z"

-j מציין שקובצי עץ ביניים ייכתבו לקובץ במהלך התקן
חיפוש עצים ML ו-BS.

ברירת מחדל: כבוי

-J חישוב עץ קונצנזוס של שלטון הרוב עם "-J MR" או שלטון רוב מורחב
עץ קונצנזוס עם "-J MRE" או עץ קונצנזוס קפדני עם "-J STRICT". למשך
סף קונצנזוס מותאם אישית >= 50%, ציין T_ , כאשר 100 >= NUM ​​>= 50.
האפשרויות "-J STRICT_DROP" ו-"-J MR_DROP" יבצעו אלגוריתם המזהה
דרופסטים המכילים taxa סוררים כפי שהוצעו על ידי Pattengale et al. בנייר
"חשיפת קונצנזוס פילוגנטי נסתר". תצטרך גם לספק עץ
קובץ המכיל כמה עצים לא שורשים באמצעות "-z"

-k מציין כי יש להדפיס עצים עם מגפיים עם אורכי ענפים. ה
רצועות האתחול יפעלו קצת יותר, מכיוון שפרמטרים של הדגם יעברו אופטימיזציה ב-
סוף כל ריצה תחת GAMMA או GAMMA+P-Invar בהתאמה.

ברירת מחדל: כבוי

-K ציין את אחד מדגמי ההחלפה מרובת המדינות (מקסימום 32 מצבים) המיושמים ב
RAxML. הדגמים הזמינים הם: ORDERED, MK, GTR

ברירת מחדל: דגם GTR

-L חשב עצי קונצנזוס המסומנים על ידי תומכי IC ואת ערך ה-TC הכולל כ
מוצע ב-Salichos and Rokas 2013. חשב עץ קונצנזוס של שלטון הרוב עם
"-L MR" או עץ קונצנזוס של רוב מורחב עם "-L MRE". למנהג
סף קונצנזוס >= 50%, ציין "-L T_ ", כאשר 100 >= NUM ​​>= 50. אתה תעשה זאת
כמובן צריך גם לספק קובץ עץ המכיל מספר עצים UNROOTED באמצעות
"-ז"!

-m מודל של חומצה בינארית (מורפולוגית), נוקלאוטיד, רב מצבים או חומצת אמינו
החלפה:

בינארי:

"-m BINCAT[X]"
: אופטימיזציה של אתר ספציפי

שיעורי התפתחות המחולקים למספר קטגוריות נפרדים
קטגוריות תעריפים ליעילות חישובית רבה יותר. העץ הסופי עשוי להיות מוערך
אוטומטית תחת BINGAMMA, בהתאם לאפשרות חיפוש העץ. עם ה
נספח "X" אופציונלי אתה יכול לציין אומדן ML של תדרי בסיס.

"-m BINCATI[X]"
: אופטימיזציה של אתר ספציפי

שיעורי התפתחות המחולקים למספר קטגוריות נפרדים
קטגוריות תעריפים ליעילות חישובית רבה יותר. העץ הסופי עשוי להיות מוערך
אוטומטית תחת BINGAMMAI, בהתאם לאפשרות חיפוש העץ. עם ה
נספח "X" אופציונלי אתה יכול לציין אומדן ML של תדרי בסיס.

"-m ASC_BINCAT[X]"
: אופטימיזציה של אתר ספציפי

שיעורי התפתחות המחולקים למספר קטגוריות נפרדים
קטגוריות תעריפים ליעילות חישובית רבה יותר. העץ הסופי עשוי להיות מוערך
אוטומטית תחת BINGAMMA, בהתאם לאפשרות חיפוש העץ. עם ה
נספח "X" אופציונלי אתה יכול לציין אומדן ML של תדרי בסיס. ה-ASC
הקידומת תתקן את הסבירות להטיית בירור.

"-m BINGAMMA[X]"
: מודל GAMMA של הטרוגניות קצב (פרמטר אלפא יוערך).

עם נספח "X" האופציונלי ניתן לציין אומדן ML של תדרי בסיס.

"-m ASC_BINGAMMA[X]" : מודל GAMMA של הטרוגניות קצב (פרמטר אלפא יהיה
מְשׁוֹעָר).
קידומת ASC תתקן את הסבירות להטיית בירור. עם ה
נספח "X" אופציונלי אתה יכול לציין אומדן ML של תדרי בסיס.

"-m BINGAMMAI[X]"
: זהה ל-BINGAMMA, אבל עם אומדן של פרופורציה של אתרים בלתי משתנה.

עם נספח "X" האופציונלי ניתן לציין אומדן ML של תדרי בסיס.

נוקלאוטידים:

"-m GTRCAT[X]"
: GTR + אופטימיזציה של תעריפי תחליפים + אופטימיזציה של אתר ספציפי

שיעורי התפתחות המחולקים למספר קטגוריות נפרדים
קטגוריות תעריפים ליעילות חישובית רבה יותר. העץ הסופי עשוי להיות
מוערך תחת GTRGAMMA, בהתאם לאפשרות חיפוש העץ. עם האופציונלי
נספח "X" ניתן לציין אומדן ML של תדרי בסיס.

"-m GTRCATI[X]"
: GTR + אופטימיזציה של תעריפי תחליפים + אופטימיזציה של אתר ספציפי

שיעורי התפתחות המחולקים למספר קטגוריות נפרדים
קטגוריות תעריפים ליעילות חישובית רבה יותר. העץ הסופי עשוי להיות
מוערך תחת GTRGAMMAI, בהתאם לאפשרות חיפוש העץ. עם האופציונלי
נספח "X" ניתן לציין אומדן ML של תדרי בסיס.

"-m ASC_GTRCAT[X]"
: GTR + אופטימיזציה של תעריפי תחליפים + אופטימיזציה של אתר ספציפי

שיעורי התפתחות המחולקים למספר קטגוריות נפרדים
קטגוריות תעריפים ליעילות חישובית רבה יותר. העץ הסופי עשוי להיות
מוערך תחת GTRGAMMA, בהתאם לאפשרות חיפוש העץ. עם האופציונלי
נספח "X" ניתן לציין אומדן ML של תדרי בסיס. קידומת ASC
יתקן את הסבירות להטיית בירור.

"-m GTRGAMMA[X]"
: GTR + אופטימיזציה של שיעורי ההחלפה + מודל GAMMA של שיעור

הטרוגניות (פרמטר אלפא יוערך).
עם נספח "X" האופציונלי ניתן לציין אומדן ML של תדרי בסיס.

"-m ASC_GTRGAMMA[X]" : GTR + אופטימיזציה של שיעורי ההחלפה + מודל GAMMA של שיעור
הטרוגניות (פרמטר אלפא יוערך). קידומת ASC תתקין
הסבירות להטיית בירור. עם נספח "X" האופציונלי אתה יכול
ציין אומדן ML של תדרי בסיס.

"-m GTRGAMMAI[X]"
: זהה ל-GTRGAMMA, אבל עם אומדן של פרופורציה של אתרים בלתי משתנה.

עם נספח "X" האופציונלי ניתן לציין אומדן ML של תדרי בסיס.

ריבוי מדינות:

"-m MULTICAT[X]"
: אופטימיזציה של אתר ספציפי

שיעורי התפתחות המחולקים למספר קטגוריות נפרדים
קטגוריות תעריפים ליעילות חישובית רבה יותר. העץ הסופי עשוי להיות מוערך
אוטומטית תחת MULTIGAMMA, בהתאם לאפשרות חיפוש העץ. עם ה
נספח "X" אופציונלי אתה יכול לציין אומדן ML של תדרי בסיס.

"-m MULTICATI[X]"
: אופטימיזציה של אתר ספציפי

שיעורי התפתחות המחולקים למספר קטגוריות נפרדים
קטגוריות תעריפים ליעילות חישובית רבה יותר. העץ הסופי עשוי להיות מוערך
אוטומטית תחת MULTIGAMMAI, בהתאם לאפשרות חיפוש העץ. עם ה
נספח "X" אופציונלי אתה יכול לציין אומדן ML של תדרי בסיס.

"-m ASC_MULTICAT[X]"
: אופטימיזציה של אתר ספציפי

שיעורי התפתחות המחולקים למספר קטגוריות נפרדים
קטגוריות תעריפים ליעילות חישובית רבה יותר. העץ הסופי עשוי להיות מוערך
אוטומטית תחת MULTIGAMMA, בהתאם לאפשרות חיפוש העץ. עם ה
נספח "X" אופציונלי אתה יכול לציין אומדן ML של תדרי בסיס. ה-ASC
הקידומת תתקן את הסבירות להטיית בירור.

"-m MULTIGAMMA[X]"
: מודל GAMMA של הטרוגניות קצב (פרמטר אלפא יוערך).

עם נספח "X" האופציונלי ניתן לציין אומדן ML של תדרי בסיס.

"-m ASC_MULTIGAMMA[X]" : מודל GAMMA של הטרוגניות קצב (פרמטר אלפא יהיה
מְשׁוֹעָר).
קידומת ASC תתקן את הסבירות להטיית בירור. עם ה
נספח "X" אופציונלי אתה יכול לציין אומדן ML של תדרי בסיס.

"-m MULTIGAMMAI[X]"
: זהה ל-MULTIGAMMA, אבל עם אומדן של פרופורציה של אתרים בלתי משתנה.

עם נספח "X" האופציונלי ניתן לציין אומדן ML של תדרי בסיס.

אתה יכול להשתמש בעד 32 מצבי תווים שונים כדי לקודד אזורים מרובי מדינות, הם
יש להשתמש בסדר הבא: 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, A, B, C, D, E,
F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V כלומר, אם יש לך 6 נפרדים
מצבי תווים הייתם משתמשים ב-0, 1, 2, 3, 4, 5 כדי לקודד אותם. ההחלפה
ניתן לבחור מודל עבור אזורי ריבוי מדינות באמצעות האפשרות "-K".

חומצות אמינו:

"-m PROTCATmatrixName[F|X]"
: מטריצת AA שצוינה + אופטימיזציה של שיעורי ההחלפה + אופטימיזציה של
ספציפי לאתר

שיעורי התפתחות המחולקים למספר קטגוריות נפרדים
קטגוריות תעריפים ליעילות חישובית רבה יותר. העץ הסופי עשוי להיות
מוערך אוטומטית תחת PROTGAMMAmatrixName[F|X], בהתאם לעץ
אפשרות חיפוש. עם נספח "X" האופציונלי תוכל לציין אומדן ML של
תדרי בסיס.

"-m PROTCATImatrixName[F|X]"
: מטריצת AA שצוינה + אופטימיזציה של שיעורי ההחלפה + אופטימיזציה של
ספציפי לאתר

שיעורי התפתחות המחולקים למספר קטגוריות נפרדים
קטגוריות תעריפים ליעילות חישובית רבה יותר. העץ הסופי עשוי להיות
מוערך אוטומטית תחת PROTGAMMAImatrixName[F|X], בהתאם לעץ
אפשרות חיפוש. עם נספח "X" האופציונלי תוכל לציין אומדן ML של
תדרי בסיס.

"-m ASC_PROTCATmatrixName[F|X]"
: מטריצת AA שצוינה + אופטימיזציה של שיעורי ההחלפה + אופטימיזציה של
ספציפי לאתר

שיעורי התפתחות המחולקים למספר קטגוריות נפרדים
קטגוריות תעריפים ליעילות חישובית רבה יותר. העץ הסופי עשוי להיות
מוערך אוטומטית תחת PROTGAMMAmatrixName[F|X], בהתאם לעץ
אפשרות חיפוש. עם נספח "X" האופציונלי תוכל לציין אומדן ML של
תדרי בסיס. קידומת ASC תתקן את הסבירות לבירור
הֲטָיָה.

"-m PROTGAMMAmatrixName[F|X]"
: מטריצת AA שצוינה + אופטימיזציה של שיעורי ההחלפה + מודל GAMMA של שיעור

הטרוגניות (פרמטר אלפא יוערך).
עם נספח "X" האופציונלי ניתן לציין אומדן ML של תדרי בסיס.

"-m ASC_PROTGAMMAmatrixName[F|X]" : מטריצת AA שצוינה + אופטימיזציה של החלפה
תעריפים + מודל GAMMA של תעריף
הטרוגניות (פרמטר אלפא יוערך). קידומת ASC תתקין
הסבירות להטיית בירור. עם נספח "X" האופציונלי אתה יכול
ציין אומדן ML של תדרי בסיס.

"-m PROTGAMMAImatrixName[F|X]"
: זהה ל-PROTGAMMAmatrixName[F|X], אבל עם אומדן של פרופורציה של בלתי משתנה
אתרים.

עם נספח "X" האופציונלי ניתן לציין אומדן ML של תדרי בסיס.

דגמי החלפה זמינים AA: DAYHOFF, DCMUT, JTT, MTREV, WAG, RTREV, CPREV,
VT, BLOSUM62, MTMAM, LG, MTART, MTZOA, PMB, HIVB, HIVW, JTTDCMUT, FLU, STMTREV,
DUMMY, DUMMY2, AUTO, LG4M, LG4X, PROT_FILE, GTR_UNLINKED, GTR עם ה-"F" האופציונלי
נספח אתה יכול לציין אם אתה רוצה להשתמש בתדרי בסיס אמפיריים. AUTOF ו
AUTOX אינם נתמכים יותר, אם תציין AUTO זה יבדוק פרוט subst.
דגמים עם ובלי תדרי בסיס אמפיריים עכשיו! שימו לב שעבור
מודלים מחולקים אתה יכול בנוסף לציין את מודל AA לכל גן ב-
קובץ מחיצה (ראה מדריך לפרטים). שימו לב גם שאם אתם מעריכים AA GTR
פרמטרים במערך נתונים מחולק, הם יהיו מקושרים (אומדנים במשותף) על פניהם
כל המחיצות כדי למנוע פרמטריזציה יתר

-M הפעל הערכה של אורכי סניף בודדים לכל מחיצה. יש רק השפעה
בשימוש בשילוב עם "-q" אורכי סניף עבור מחיצות בודדות יהיו
מודפס לקבצים נפרדים ממוצע משוקלל של אורכי הענף מחושב לפי
באמצעות אורכי המחיצה המתאימים

ברירת מחדל: כבוי

-n מציין את שם קובץ הפלט.

-o ציין את השם של קבוצת חוץ בודדת או רשימה של קבוצות חוץ מופרדות בפסיקים, למשל
"-o Rat" או "-o Rat, Mouse", במקרה שמספר קבוצות חיצוניות אינן מונופילטיות
השם הפרטי ברשימה ייבחר כקבוצה חיצונית, אל תשאיר רווחים ביניהם
שמות טקסונים!

-O השבת בדיקה של רצף בלתי מוגדר לחלוטין ביישור. התוכנית תהיה
לא לצאת עם הודעת שגיאה כאשר "-O" מצוין.

ברירת מחדל: הסימון מופעל

-p ציין זרע מספר אקראי עבור מסקנות החסכנות. זה מאפשר לך
לשחזר את התוצאות שלך ויעזור לי לנפות באגים בתוכנית.

-P ציין את שם הקובץ של מודל החלפת AA (חלבון) המוגדר על ידי המשתמש. הקובץ הזה
חייב להכיל 420 ערכים, 400 הראשונים הם שיעורי ההחלפה של AA (זה חייב
להיות מטריצה ​​סימטרית) וה-20 האחרונים הם תדרי הבסיס האמפיריים

-q ציין את שם הקובץ המכיל את הקצאת הדגמים ליישור
מחיצות עבור מספר דגמים של החלפה. בבקשה לתחביר של קובץ זה
עיין במדריך.

-r ציין את שם הקובץ של עץ אילוצים בינאריים. העץ הזה לא צריך להיות
מקיף, כלומר אסור להכיל את כל הטסים

-R ציין את שם הקובץ של קובץ פרמטרים של מודל בינארי שהיה בעבר
נוצר עם RAxML באמצעות ה -f אפשרות הערכת עץ. שם הקובץ צריך
להיות: RAxML_binaryModelParameters.runID

-s ציין את השם של קובץ נתוני היישור בפורמט PHYLIP

-S ציין את השם של קובץ מבנה משני. הקובץ יכול להכיל "." ל
עמודות יישור שאינן מהוות חלק מגזע ותווים "()<>[]{}" ל
להגדיר אזורי גזע ופסאודו-נוטים

-t ציין שם קובץ עץ מתחיל של משתמש בפורמט Newick

-T גרסת PTHREADS בלבד! ציין את מספר השרשורים שברצונך להפעיל. הקפד לעשות זאת
הגדר את "-T" לכל היותר למספר המעבדים שיש לך במחשב שלך, אחרת, שם
תהיה ירידה עצומה בביצועים!

-u השתמש בחציון לקירוב הבדיד של מודל הקצב של GAMMA
ההטרוגניות

ברירת מחדל: כבוי

-U נסה לחסוך בזיכרון על ידי שימוש ביישום מבוסס SEV עבור עמודות פער ב-gappy גדול
יישור הטכניקה מתוארת כאן:
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/12/470 זה יעבוד רק עבור DNA ו/או
נתוני חלבון ורק עם הגרסה SSE3 או AVX-vextorized של הקוד.

-v הצגת מידע על גרסה

-V השבת את הטרוגניות הקצב בין אתרים והשתמש באחד ללא הטרוגניות קצב
במקום זאת. עובד רק אם אתה מציין את מודל ה-CAT של הטרוגניות קצב.

ברירת מחדל: השתמש בהטרוגניות קצב

-w נתיב מלא (!) לספרייה שאליה RAxML יכתוב את קבצי הפלט שלו

ברירת מחדל: ספרייה נוכחית

-W גודל חלון הזזה עבור אלגוריתם הטיית מיקום ספציפי למיקום אחד בלבד
יעיל בשימוש בשילוב עם "-f S"

ברירת מחדל: 100 אתרים

-x ציין מספר שלם (סיד אקראי) והפעל את האתחול המהיר זהירות:
שלא כמו בגרסה 7.0.4 RAxML תבצע שכפול BS מהיר תחת המודל של
שיעור הטרוגניות שציינת באמצעות "-m" ולא כברירת מחדל תחת CAT

-X זהה לאפשרות ה-"-y" למטה, אולם חיפוש החסכנות הוא שטחי יותר.
RAxML יבצע רק עץ חסך של סדר הוספה צעד-צדדי אקראי
שחזור ללא ביצוע SPRs נוספים. זה עשוי להיות מועיל עבור
מערכי נתונים רחבים מאוד של גנום שלם, מכיוון שזה יכול ליצור יותר מבחינה טופולוגית
עצי התחלה שונים.

ברירת מחדל: כבוי

-y אם ברצונך לחשב רק עץ התחלת חסינות עם RAxML ציין "-y", ה-
התוכנית תצא לאחר חישוב עץ ההתחלה

ברירת מחדל: כבוי

-Y העבירו שם קובץ לקיבוץ רביעיות המגדיר ארבע קבוצות שמהן ניתן לצייר רביעיות
פורמט קלט הקובץ חייב להכיל 4 קבוצות בצורה הבאה: (עוף, אנושי,
לואץ'), (פרה, קרפיון), (עכבר, חולדה, כלב ים), (לווייתן, צפרדע); עובד רק בשילוב
עם -f ש!

-z ציין את שם הקובץ של קובץ המכיל עצים מרובים, למשל מ-bootstrap
זה ישמש כדי לצייר ערכי דו-מחיצות על עץ המסופק עם "-t", It
ניתן להשתמש גם כדי לחשב את הסיכויים של יומן אתר בשילוב עם "-fg" ו
לקרוא חבורה של עצים עבור כמה אפשרויות אחרות ("-fh", "-fm", "-fn").

-#|-N ציין את מספר הריצות החלופיות על עצי התחלה ברורים בשילוב
עם האפשרות "-b", זה יפעיל ניתוח דחיפה מרובה שים לב ש-"-N"
נוספה כחלופה שכן "-#" גרם לפעמים לבעיות עם מסוימות
מערכות הגשת משרות MPI, מכיוון ש-"-#" משמש לעתים קרובות כדי להתחיל הערות. אם אתה
רוצה להשתמש בקריטריונים לעצירת אתחול ציין "-# autoMR" או "-# autoMRE" או "-#
autoMRE_IGN" עבור הקריטריונים מבוססי עץ הרוב (ראה -I אפשרות) או "-#
autoFC" עבור הקריטריון מבוסס התדר. עצירת אתחול תפעל רק ב
שילוב עם "-x" או "-b"

ברירת מחדל: ניתוח יחיד אחד

--mesquite הדפס קבצי פלט שניתן לנתח על ידי Mesquite.

ברירת מחדל: כבוי

--שקט משבית לחלוטין תדפיס של אזהרות הקשורות לרצפים זהים
אתרים לא מוגדרים ביישור

ברירת מחדל: כבוי

--ללא בדיקה משבית את בדיקת MSA הקלט עבור רצפים זהים לחלוטין
אתרים לא ידועים.
הפעלת אפשרות זו עשויה לחסוך זמן, במיוחד עבור פילוגנומיה גדולה
יישורים. לפני השימוש בזה, הקפד לבדוק את היישור באמצעות "-fc"
אוֹפְּצִיָה!

ברירת מחדל: כבוי

--no-bfgs משבית את השימוש האוטומטי בשיטת BFGS כדי לייעל את שיעורי ה-GTR ללא מחיצות
מערכי נתונים של DNA

ברירת מחדל: BFGS פועל

--asc-corr מאפשר לציין את סוג תיקון הטיית ההוכחה שבו ברצונך להשתמש.
ישנן 3

סוגים זמינים: --asc-corr=לואיס: התיקון הסטנדרטי של פול לואיס
--asc-corr=פלזנשטיין: תיקון שהציג ג'ו פלנסשטיין המאפשר
לציין במפורש

מספר האתרים הבלתי משתנה (אם ידוע) שרוצים לתקן עבורם.

--asc-corr=סטמטאקיס: תיקון שהוצג על ידי עצמי המאפשר במפורש
לפרט
מספר האתרים הבלתי משתנה עבור כל תו (אם ידוע) שרוצים לתקן
ל.

--בדיקת דגל בעת שימוש באפשרות זו, RAxML יבדוק רק אם כל דגלים של שורת הפקודה
המפורטים זמינים ואז צא

עם הודעה המפרטת את כל דגלי שורת הפקודה הלא חוקיים או עם הודעה המציינת
שכל הדגלים תקפים.

-- הגנה אוטומטית=ml|bic|aic|aicc בעת שימוש בבחירת מודל חלבון אוטומטית אתה יכול לבחור את
קריטריון לבחירת דגמים אלו.

RAxML יבדוק את כל ה-Prot subst הזמינים. דגמים למעט LG4M, LG4X ו
מודלים מבוססי GTR, עם ובלי תדרי בסיס אמפיריים. אתה יכול לבחור
בין בחירה מבוססת ציון ML לבין קריטריוני BIC, AIC ו-AICc.

ברירת מחדל: ml

--epa-keep-placements=מספר ציין את מספר המיקומים הפוטנציאליים שברצונך לשמור
עבור כל קריאה באלגוריתם EPA.

שים לב, הערכים שהודפסו בפועל יהיו תלויים גם בהגדרות עבור
--epa-prob-threshold=סף !

ברירת מחדל: 7

--epa-prob-threshold=סף ציין סף אחוז עבור הכללת פוטנציאל
מיקומים של קריאה בהתאם ל

משקל מיקום מקסימלי לקריאה זו. אם תגדיר ערך זה ל-0.01 מיקומים
עם משקל מיקום של 1 אחוז מהמיקום המקסימלי עדיין יהיה
מודפס לקובץ אם ההגדרה של --epa-keep-placements מאפשר זאת

ברירת מחדל: 0.01

--epa-צבר-סף=סף ציין סף משקל מצטבר של סבירות
שעבורם מודפסים מיקומים שונים של קריאה

לתייק. מיקומים לקריאה יודפסו עד לסכום הצבתם
משקולות הגיעו לערך הסף. שים לב שגם אפשרות זו לא יכולה להיות
משמש בשילוב עם --epa-prob-threshold וגם לא עם --epa-keep-placements!

--JC69 ציין שכל מחיצות ה-DNA יתפתחו תחת מודל Jukes-Cantor, זה
עוקף את כל מפרטי הדגם האחרים עבור מחיצות DNA.

ברירת מחדל: כבוי

--K80 ציין שכל מחיצות ה-DNA יתפתחו תחת דגם K80, זה עוקף הכל
מפרטי דגם אחרים עבור מחיצות DNA.

ברירת מחדל: כבוי

--HKY85 ציין שכל מחיצות ה-DNA יתפתחו תחת מודל HKY85, זה מבטל
כל שאר מפרטי הדגם עבור מחיצות DNA.

ברירת מחדל: כבוי

זוהי RAxML גרסה 8.2.4 שפורסמה על ידי Alexandros Stamatakis ב-02 באוקטובר 2015.

עם תרומות קוד מוערכות מאוד מאת: אנדרה אברר (HITS) סיימון ברגר
(HITS) אלכסיי קוזלוב (HITS) קסיאן קוברט (HITS) דיוויד דאו (KIT ו-HITS)
ניק פטנגל (סנדיה) וויין פייפר (SDSC) אקיפומי ס. טנאבה (NRIFS)

השתמש ב-raxmlHPC-PTHREADS באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net