Amazon Best VPN GoSearch

סמל OnWorks

sreformat - מקוון בענן

הפעל sreformat בספק האירוח החינמי של OnWorks על אובונטו מקוון, פדורה מקוון, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS

זהו פורמט הפקודה sreformat שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS

תָכְנִית:

שֵׁם


sreformat - המרת קובץ רצף לפורמט אחר

תַקצִיר


פורמט מחדש [אפשרויות] פוּרמָט קובץ seqfile

תיאור


פורמט מחדש קורא את קובץ הרצף קובץ seqfile בכל פורמט נתמך, מפרמט אותו מחדש לחדש
פורמט שצוין על ידי פוּרמָט, לאחר מכן מדפיס את הטקסט המעוצב מחדש.

פורמטי קלט נתמכים כוללים (אך לא מוגבלים ל) הפורמטים הלא מיושרים FASTA,
Genbank, EMBL, SWISS-PROT, PIR ו-GCG, והפורמטים המיושרים שטוקהולם, Clustal, GCG
MSF, ו-Phylip.

קודי פורמט קובץ פלט זמינים לא מיושרים כוללים פסטה (פורמט FASTA); embl
(פורמט EMBL/SWISSPROT); גנבנק (פורמט Genbank); gcg (פורמט רצף יחיד של GCG);
gcgdata (פורמט מסד נתונים שטוח של GCG); פיר (פורמט PIR/CODATA קובץ שטוח); חי (גלם
רצף, ללא מידע אחר).

קודי פורמט קובץ הפלט המיושרים הזמינים כוללים שטוקהולם (פורמט PFAM/שטוקהולם);
MSF (פורמט GCG MSF); A2m (פורמט FASTA מיושר); PHYLIP (פורמט PHYLIP של פלנסשטיין);
ו אשכול (פורמט V/W/X Clustal); ו סלקס (הביאור הישן של SELEX/HMMER/Pfam
פורמט יישור);

כל הקודים שלך מתפרשים ללא רגישות לאותיות גדולות (למשל MSF, Msf או msf כולם עובדים).

לא ניתן לאתחל מחדש קבצי פורמט לא מיושר לפורמטים מיושרים. עם זאת, פורמטים מיושרים
ניתן לאתחל מחדש לפורמטים לא מיושרים -- תווי הפער פשוט נמחקים.

תוכנית זו נקראה במקור פורמט מחדש, אבל השם הזה מתנגש עם תוכנית GCG של
אותו שם.

אפשרויות


-d DNA; להמיר U's ל-T, כדי לוודא שרצף חומצות גרעין מוצג כ-DNA לא
RNA. לִרְאוֹת -ר.

-h הדפס עזרה קצרה; כולל מספר גרסה וסיכום של כל האפשרויות, כולל
אפשרויות מומחים.

-l אותיות קטנות; להמיר את כל שאריות הרצף לאותיות קטנות. לִרְאוֹת -u.

-n עבור רצפי DNA/RNA, ממיר כל תו שאינו RNA/DNA חד משמעי (למשל
ACGTU/acgtu) ל-N. משמש להמרת קודי עמימות IUPAC ל-N, עבור תוכנה
שאינו יכול להתמודד עם כל קודי IUPAC (כמה קודי קיפול RNA ציבוריים, למשל). אם
הקובץ הוא יישור, גם תווי הפער נשארים ללא שינוי. אם רצפים כן
לא רצפי חומצות גרעין, אפשרות זו תשחית את הנתונים בצורה צפויה
אופנה.

-r RNA; להמיר T's ל-U's, כדי לוודא שרצף חומצות גרעין מוצג כ-RNA לא
DNA. לִרְאוֹת -ד.

-u אותיות גדולות; להמיר את כל שאריות הרצף לאותיות גדולות. לִרְאוֹת -ל.

-x עבור רצפי DNA, המר תווים שאינם IUPAC (כגון X) ל-N. זה בשביל
תאימות עם אנשים מפוקפקים שמתעקשים להשתמש ב-X במקום ב-IUPAC
תו עמימות N. (X הוא עבור עמימות בשארית חומצת אמינו).

אזהרה: כמו ה -n אפשרות, הקוד לא בודק שאתה באמת נותן אותו
DNA. זה פשוט פשוט ממיר סמלי DNA שאינם IUPAC ל-N. אז אם אתה
תן לו בטעות רצף חלבונים, הוא ימיר בשמחה כמעט כל אמינו
שאריות חומצה ל-N.

EXPERT אפשרויות


--gapsym
המר את כל תווי הפער ל . משמש להכנת קבצי יישור עבור תוכניות
עם דרישות מחמירות לסמלי פער. הגיוני רק אם הקלט קובץ seqfile is
יישור.

--אינפורמט
ציין שקובץ הרצף הוא בפורמט , במקום לאפשר את התוכנית
כדי לזהות אוטומטית את פורמט הקובץ. דוגמאות נפוצות כוללות Genbank, EMBL, GCG, PIR,
שטוקהולם, Clustal, MSF או PHYLIP; ראה את התיעוד המודפס למלא
רשימה של שמות פורמטים מקובלים.

--mingap
If קובץ seqfile הוא יישור, הסר את כל העמודות המכילות 100% תווי פער,
מזעור האורך הכולל של היישור. (לעתים קרובות שימושי אם חילצת
תת-קבוצה של רצפים מיושרים מישור גדול יותר.)

--nogap
הסר עמודות מיושרות המכילות סמלים של פערים בכלל. שימושי כהקדמה
לניתוחים פילוגנטיים, שבהם אתה רוצה לנתח רק עמודות המכילות 100%
שאריות, אז אתה רוצה להסיר את כל העמודות עם פערים בהן. רק הגיוני
אם הקובץ הוא קובץ יישור.

--pfam עבור פורמט פלט יישור SELEX בלבד, שים את כל היישור בבלוק אחד
(לא לעטוף למספר בלוקים). זה קרוב לפורמט שבו משתמשים באופן פנימי
Pfam בשטוקהולם ובקיימברידג'.

--סאם נסה להמיר דמויות פער לסגנון UC Santa Cruz SAM, כאשר . פירושו פער פנימה
עמודה הוספה, ו- - פירושו מחיקה בעמודת קונצנזוס/התאמה. רק זה
עובד להמרת פורמטים של קבצים מיושרים, ורק אם היישור כבר
מציית למוסכמות SAM של אותיות רישיות עבור שאריות בקונצנזוס/התאמה
עמודות, ואותיות קטנות עבור שאריות בעמודות הוספה. זה נכון, למשל,
של כל היישורים המיוצרים על ידי גרסאות ישנות של HMMER. (HMMER2 מייצר יישורים
שדבקים במוסכמות של SAM אפילו בבחירת אופי פער.) אפשרות זו הייתה
נוסף כדי לאפשר לפורמט מחדש של יישורי Pfam למשהו מתאים יותר
בניית פרופיל HMM באמצעות תוכנת UCSC SAM.

--samfrac
נסה להמיר את תווי פערי היישור ומקרים שאריות ל-UC Santa Cruz SAM
סגנון, שבו א. פירושו פער בעמודת הוספה ו- a - פירושו מחיקה ב-a
עמודת קונצנזוס/התאמה, ואותיות רישיות פירושן שיירי התאמה/קונצנזוס ומטה
מקרה פירושו שאריות שהוכנסו. זה יעבוד רק עבור המרת קובץ מיושר
פורמטים, אך בניגוד ל- --סאם אפשרות, זה יעבוד ללא קשר אם הקובץ
עומד במוסכמה של שאריות אותיות גדולות/קטנות. במקום זאת, כל עמודה המכילה
יותר משבריר של תווי פער מתפרש כעמודת הוספה, ו
כל שאר העמודות מתפרשות כעמודות התאמה. אפשרות זו נוספה כדי לאפשר
יישורי Pfam יפורמטו מחדש למשהו מתאים יותר לפרופיל HMM
בנייה באמצעות תוכנת UCSC SAM.

--wussify
המרת מחרוזות הערות למבנה משני של RNA (הן קונצנזוס והן אינדיבידואלי)
מפורמט "KHS" ישן, ><, לסימון WUSS החדש, <>. אם הסימון כבר
בפורמט WUSS, אפשרות זו תקלקל אותה, ללא אזהרה. רק SELEX ו
לקבצים בפורמט שטוקהולם יש סימון מבנה משני כיום.

--דווס
המר מחרוזות הערות למבנה משני של RNA מהסימונים החדשים של WUSS, <>,
חזרה לפורמט הישן של KHS, ><. אם ההערה כבר נמצאת ב-KHS, אפשרות זו
ישחית אותו, ללא אזהרה מוקדמת. יש רק קבצים בפורמט SELEX ושטוקהולם
סימון מבנה משני.

השתמש ב-sreformat באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net


שרתים ותחנות עבודה בחינם

הורד אפליקציות Windows & Linux

פקודות לינוקס

Ad




×
פרסומת
❤️קנו, הזמינו או קנו כאן - ללא עלות, עוזר לשמור על שירותים בחינם.