זוהי הפקודה tricensus-mpi שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
tricensus-mpi - הפצת מפקד טריאנגולציה בין מספר מכונות באמצעות MPI
תַקצִיר
טריסנסוס-mpi [ -ד, --עומק=רמות ] [ -איקס, --ריצה יבשה ] [ -2, --dim2 ] [ -או, --ניתן לכיוון |
-נ, --לא ניתן לכיוון ] [ -ו, --סוֹפִי | -ד, --אִידֵאָלִי ] [ -M, --מִינִימָלִי | -M, --מיניפריים |
-נ, --minprimep2 | -ח, --מינהיפ ] [ -ס, --חתימות ] קובץ זוגות קידומת קובץ-פלט
תיאור
מאפשר תהליכים מרובים, שאולי פועלים על אשכול של מכונות שונות, ל
לשתף פעולה ביצירת מפקד של טריאנגולציות בעלות 3 משטחים או 2 משטחים. תיאום
מתבצע דרך MPI (ממשק העברת הודעות), וכל מפקד האוכלוסין מנוהל כ-
משימת MPI יחידה. תוכנית זו מתאימה היטב לאשכולות בעלי ביצועים גבוהים.
אופן הפעולה המוגדר כברירת מחדל הוא למנות טריאנגולציות בעלות 3 משטחים. אם ברצונך למנות
טריאנגולציות דו-מרובעות במקום זאת, עליך לעבור --dim2.
כדי להכין מפקד אוכלוסין להפצה בין מספר תהליכים או מכונות, מפקד האוכלוסין
יש לחלק אותו לחתיכות קטנות יותר. ריצה טריסנוס עם אפשרות --זוגיות ג'ן (שהוא
מהר מאוד) ייצור רשימה של זיווגי פנים, שכל אחד מהם חייב לעבור ניתוח על מנת
להשלים את מפקד האוכלוסין.
יש לאחסן את הרשימה המלאה של זיווגי פנים בקובץ יחיד, אשר מועבר הלאה
שורת פקודה כ קובץ זוגותקובץ זה חייב להכיל זיווג פנים אחד בכל שורה, וכל אחד מ...
זיווגי פנים אלה חייבים להיות בצורה קנונית (כלומר, חייבים להיות ייצוג מינימלי של
מחלקת האיזומורפיזם שלה). זיווגי הפנים שנוצרו על ידי טריסנוס --זוגיות ג'ן יש לו
מובטח לעמוד בתנאים אלה.
השמיים טריסנסוס-mpi לכלי השירות שני מצבי פעולה: מצב ברירת מחדל ומצב חיפוש משנה.
אלה מוסברים בנפרד תחת אופני פעולה להלן.
בשני המצבים, תהליך MPI אחד פועל כבקר וכל התהליכים הנותרים פועלים כבקר.
כעבדים. הבקר קורא את רשימת זיווגי הפנים מ קובץ זוגות, בונה א
סדרת משימות המבוססות על אלה, ומעביר את המשימות הללו לעבדים לצורך עיבוד.
כל עבד מעבד משימה אחת בכל פעם, ומבקש מהבקר משימה חדשה כאשר היא
סיים עם הקודם.
בסוף כל משימה, אם נמצאו טריאנגולציות כלשהן, העבד האחראי יעשה זאת.
שמרו את הטריאנגולציות הללו בקובץ פלט. קובץ הפלט יקבל שם בצורה
קידומת-קובץ-פלט_p.rga במצב ברירת מחדל או קידומת-קובץ-פלט_p-s.rga במצב חיפוש משנה.
כאן קידומת קובץ-פלט מועבר בשורת הפקודה, p הוא מספר זיווג הפנים
מעובד, ו s הוא מספר תת-החיפוש בתוך זיווג פנים זה (שני הפנים
זיווגים ותת-חיפושים ממוספרים מ-1 ומעלה). אם לא נמצאו טריאנגולציות
אז העבד לא יכתוב שום קובץ פלט בכלל.
תהליכי הבקר והעבד כולם מבצעים את אותו הדבר טריסנסוס-mpi אפשרויות (לא כולל MPI-)
אפשרויות ספציפיות, שבדרך כלל מסופקות על ידי תוכנית עטיפת MPI כגון מפירון or
mpiexecהתפקידים השונים של התהליכים נקבעים אך ורק על ידי תהליך ה-MPI שלהם.
דרגה (הבקר הוא תמיד התהליך עם דרגה 0). לכן, אמור להיות אפשרי
כדי להפעיל את כל תהליכי ה-MPI על ידי הפעלת פקודה אחת, כפי שמודגם בדוגמאות
לְהַלָן.
ככל שמפקד האוכלוסין מתקדם, הבקר שומר יומן מפורט של פעילויותיו של כל עבד,
כולל כמה זמן ארכה כל משימת עבדים וכמה טריאנגולציות נמצאו.
יומן זה נכתב לקובץ קידומת קובץ-פלט.logהתועלת מצב טריסנסוס-mpi
יכול לנתח יומן זה ולייצר סיכום קצר יותר וקריא על ידי בני אדם.
חשוב: זה מאוד מוּמלָץ שאתה משתמש ב- --חתימות אפשרות. זה ישמור
קבצי פלט קטנים, ויצמצמו משמעותית את טביעת הרגל של הזיכרון
טריסנסוס-mpi עצמו.
מצבים OF פעולה
כפי שצוין לעיל, ישנם שני מצבי פעולה בסיסיים. אלו הם מצב ברירת מחדל (המשמש
מתי --עוֹמֶק לא עבר), ומצב חיפוש משנה (בשימוש כאשר --עוֹמֶק זה עבר).
· בתוך ברירת מחדל מצב, הבקר פשוט קורא את רשימת זיווגי הפנים ונותן לכל אחד מהם
צימוד לעבד לצורך עיבוד, אחד אחרי השני.
· בתוך חיפוש משנה מצב, עבודה רבה יותר נדחפת לבקר ומשימות העבדים
קצר יותר. כאן הבקר קורא זיווג פנים אחד בכל פעם ומתחיל לעבד
זיווג פנים זה. עומק קבוע מסופק בארגומנט --עוֹמֶק; בכל פעם ש
כאשר מגיעים לעומק בעץ החיפוש, תת-החיפוש מאותה נקודה ואילך ניתן כמשימה
לעבד הבא במצב סרק. בינתיים הבקר חוזר למסלולו (כאילו תת-החיפוש
סיים) וממשיך, תוך חקר תת-החיפוש הבא כאשר העומק הנתון הוא
הגיע שוב, וכן הלאה.
ניתן להמחיש את המצבים באופן הבא. עבור כל זיווג פנים, יש לקחת בחשבון את המתאים
חיפוש רקורסיבי כעץ חיפוש גדול. במצב ברירת מחדל, העץ כולו מעובד ב
פעם אחת כמשימת עבד יחידה. במצב חיפוש משנה, כל עץ משנה המושרש בעומק הנתון
מעובד כמשימת עבדים נפרדת (וכל העיבוד בין השורש לנתון
העומק נעשה על ידי הבקר).
ההבדל העיקרי בין מצבי הפעולה השונים הוא אורכי העבדים
משימות, שיכולות להיות להן מגוון השפעות.
· במצב ברירת מחדל, משימות העבדים ארוכות למדי. משמעות הדבר היא שהמקביליות יכולה
הפכו לעניים מאוד לקראת סוף מפקד האוכלוסין, כאשר חלק מהעבדים יושבים בטל במשך זמן רב
זמן בזמן שהם ממתינים שהעבדים הנותרים יסיימו.
· ככל שאנו עוברים למצב חיפוש משנה עם עומק הולך וגובר, משימות העבדים מתקצרות יותר
זמני הסיום של העבדים יהיו קרובים יותר (ובכך תמנעו את העבד הלא פעיל
חוסר היעילות שתואר לעיל). יתר על כן, עם תת-חיפוש מעודכן יותר, ההתקדמות
המידע המאוחסן ביומן יהיה מפורט יותר, ויעניק מושג טוב יותר על משך הזמן
מפקד האוכלוסין חייב להיגמר. מצד שני, עבודה נוספת נדחקת לתהליך היחיד
בקר (מסכן צוואר בקבוק אם העומק גדול מדי, כאשר עבדים יושבים כעת ללא פעילות
בזמן שהם ממתינים למשימות חדשות). בנוסף, תקורת ה-MPI גדולה יותר, ומספר ה-
קבצי פלט יכולים להיות גדולים במיוחד.
בסופו של דבר, ניסויים הם הדרך הטובה ביותר להחליט האם להפעיל במצב חיפוש משנה ו
באיזה עומק. שימו לב לאפשרות --ריצה יבשה, שיכול לתת סקירה מהירה של
מרחב חיפוש (ובפרט, להראות כמה תת-חיפושים נדרשים עבור כל פנים
זיווג בכל עומק נתון).
אפשרויות
אפשרויות מפקד האוכלוסין שהתקבלו על ידי טריסנסוס-mpi זהים לאפשרויות עבור טריסנוס
ראה טריסנוס הפניה לפרטים.
כמה אפשרויות מ טריסנוס אינם זמינים כאן (למשל, טטרהדרונים וגבול
אפשרויות), מכיוון שאלו חייבים להימסר מוקדם יותר בעת יצירת הרשימה הראשונית של הפנים
זיווגים.
ישנן אפשרויות חדשות ספציפיות ל טריסנסוס-mpiשהם כדלקמן.
-ד, --עומק=רמות
מציין שיש להשתמש במצב חיפוש משנה (במקום מצב ברירת מחדל).
טענה רמות מציין באיזה עומק בעץ החיפוש יש לעבור עיבוד
מהבקר למשימת עבד חדשה.
העומק הנתון חייב להיות חיובי לחלוטין (ריצה בעומק אפס שווה ערך ל-
פועל במצב ברירת מחדל).
עיין בסעיף אופני הפעולה לעיל לקבלת מידע נוסף, וכן רמזים.
על בחירת ערך טוב עבור רמות.
-איקס, --ריצה יבשה
מציין שיש לבצע ריצת יבשה מהירה, במקום מפקד אוכלוסין מלא.
בניסוי יבש, בכל פעם שעבד מקבל משימה הוא יסמן אותה מיד כ
הסתיים ללא טריאנגולציות שנמצאו. התנהגות הבקר נשארת
ללא שינוי.
התוצאה תהיה מפקד אוכלוסין ריק. היתרון של ריצה יבשה הוא קובץ היומן שהוא
מייצר, אשר יראה במדויק כיצד יחולקו זיווגי פנים ל
חיפושי משנה במפקד אוכלוסין אמיתי. בפרט, קובץ היומן יראה כמה
חיפושי משנה שכל זיווג פנים מייצר (התועלת מצב טריסנסוס-mpi יכול לעזור
לחלץ מידע זה מהיומן).
בעומקי תת-חיפוש קטנים, ריצה יבשה צריכה להיות מהירה ביותר. ככל שהעומק
עם זאת, הריצה היבשה תהפוך לאיטית יותר עקב העבודה הנוספת שניתנה ל
הבקר.
אפשרות זו שימושית רק במצב חיפוש משנה (ניתן להשתמש בה במצב ברירת מחדל, אך
(התוצאות אינן מעניינות). ראה את סעיף אופני הפעולה לעיל עבור
פרטים נוספים.
דוגמאות
נניח שאנו רוצים ליצור מפקד של כל 6 הטטרהדרונים הסגורים שאינם ניתנים לכיוון.
טריאנגולציות, ממוטבות עבור טריאנגולציות P2-אי-ניתנות לצמצום מינימליות ראשוניות (כך שחלקן לא-
ניתן להשמיט טריאנגולציות ראשוניות, לא-מינימליות או שאינן ניתנות לצמצום ל-P2).
אנו מתחילים באמצעות טריסנוס כדי ליצור רשימה מלאה של זיווגי פנים.
דוגמה$ טריסנוס --זוגיות ג'ן -t 6 -i > 6 זוגות
סה"כ זיווגי פנים: 97
דוגמה$
אנחנו משתמשים עכשיו טריסנסוס-mpi להריץ את מפקד האוכלוסין המבוזר. תוכנית עוטפת כגון מפירון
or mpiexec ניתן להשתמש בו בדרך כלל כדי להפעיל את תהליכי ה-MPI, אם כי זה תלוי בך
יישום MPI ספציפי. הפקודה הבאה מפעילה מפקד מבוזר על 10
מעבדים המשתמשים במימוש MPICH של MPI.
דוגמה$ מפירון -נ.פ. 10 /usr/bin/tricensus-mpi -Nnf 6 זוגות 6-נור
דוגמה$
מצב העיבוד הנוכחי נשמר ביומן הבקר 6-nor.log. אתה יכול לצפות
יומן זה בעזרת מצב טריסנסוס-mpi.
דוגמה$ מצב טריסנסוס-mpi 6-nor.log
זיווג 1: בוצע, 0 נמצאו
...
זיווג 85: בוצע, 0 נמצאו
זיווג 86: בוצע, 7 נמצאו
זיווג 87: ריצה
זיווג 88: ריצה
עדיין פעיל, 15 נמצאו, פעילות אחרונה: רביעי 10 יוני 05:57:34 2009
דוגמה$
לאחר סיום מפקד האוכלוסין, הטריאנגולציות שיתקבלו יישמרו בקבצים כגון
6-nor_8.rga, 6-nor_86.rga וכן הלאה.
MACOS X ו WINDOWS משתמש
כלי זה אינו מגיע עם חבילת האפליקציות של גרירה ושחרור עבור MacOS X או עם
Windows המתקין.
השתמש ב-tricensus-mpi באופן מקוון באמצעות שירותי onworks.net
