זלין - אונליין בענן

תָכְנִית:

שֵׁם

zalign - יישור מקומי מקביל של רצפים ביולוגיים

תַקצִיר

זליין [-s scores] [-S split] [-H hblk] [-V vblk] file1 file2

תיאור

zAlign הוא מיישר רצף מקומי, המיועד במיוחד לשימוש עם DNA ביולוגי גדול
רצפים, עם יותר מ-1Mbp (מיליוני זוגות בסיסים). הוא משתמש במדויק של Smith-Waterman
אלגוריתם עם פונקציית עלות מאפיין פער לביצוע משימה זו.

כללי אפשרויות:
-h להציג עזרה זה וצא

-s
ציין רשימה מופרדת בפסיקים של ציונים לשימוש בעת חישוב היישור
מטריצות לאורך התוכנית. הרשימה חייבת להיות בפורמט
"-sMATCH,MISMATCH,GAP_OPEN,GAP_EXTENSION" (ללא מרכאות), והוא מנותח בזה
סדר מדויק; אין רווחים בין ערכים. אם יש לא מוגדרים
פרמטרים, אלה מוגדרים לערכי ברירת מחדל ומונפקת הודעת אזהרה;
הפרמטרים החורגים נמחקים

התמחות 2 אפשרויות:
-S
(mpialign בלבד) מספר החלקים שבהם יש לפצל את מטריצת היישור; אחרי זה
שלב מיושם מודל בלוק מחזורי, המחלק כל חלק שווה בשווה בין כולם
צמתים זמינים

-H
(mpialign בלבד) מספר חלוקות משנה אופקיות שנעשו על ידי כל צומת שלו
תת מטריצת יישור; מכיוון שערך זה מגדיר את רוחב הבלוק, בחירה טובה צריכה להיות
לאפשר לשני קווי מטריצה ​​מלאים להתאים לדפי המטמון של המעבד, ולשפר את האלגוריתם
ביצועים

-V
(mpialign בלבד) מספר חלוקות משנה אנכיות שנעשו על ידי כל צומת ליישור שלו
תת-מטריקס; ערך זה משפיע ישירות על כמות התקשורת האינטרנודית והוא
משמש רק אם 'פיצול' מוגדר ל-1, אחרת הוא מוגדר למספר הזמינים
צמתים

השתמש ב- zalign באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net