זוהי אפליקציית לינוקס בשם kallisto, שאת הגרסה האחרונה שלה ניתן להוריד כ- kallisto_windows-v0.50.0.zip. ניתן להריץ אותה באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks לתחנות עבודה.
הורד והפעל באינטרנט את האפליקציה הזו בשם kallisto עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
בצילומי מסך
Ad
kallisto
תיאור
kallisto היא תוכנית לכימות כמעט אופטימלית של שפע תמלול מנתוני RNA-Seq, או באופן כללי יותר של רצפי יעד באמצעות קריאות רצף בתפוקה גבוהה. הוא מבוסס על הרעיון של שימוש בפסאודו-יישור כדי לקבוע במהירות קריאות ותאימות של יעדים, ללא צורך ביישור.
לפי מדדים שנעשו במחשב שולחני של Mac, kallisto יכול לכמת 30 מיליון קריאות RNA-seq אנושיות בתפזורת בפחות מ-3 דקות רק עם רצפי הקריאה ואינדקס התעתיק, שבעצמו יכול להימשך יותר מ-10 דקות לבנות. ומכיוון שהוא משתמש ב-pseudoalignment, הוא עמיד בפני שגיאות בקריאות ומשמר את המידע המרכזי הדרוש לכימות. זה הופך את kallisto לא רק למהיר אלא גם מדויק מאוד. במדדים רבים, הוא אפילו עולה בהרבה על כלים קיימים.
תכונות
- משתמש בהתאמת פסאודו
- מהיר ומדויק
- ניתן לנתח RNA-Seq בתפזורת כמותית בעזרת בדיקה
- ניתן להשתמש עם שרפרפים כדי לעבד מראש נתוני RNA-seq של תא בודד
שפת תכנות
C
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/kallisto.mirror/. הוא התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
