זוהי אפליקציית לינוקס בשם SuRankCo להפעלה מקוונת בלינוקס, שאת הגרסה האחרונה שלה ניתן להוריד בשם surankco_r5.tar.gz. ניתן להפעיל אותה באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks לתחנות עבודה.
הורד והפעל באופן מקוון את האפליקציה הזו בשם SuRankCo כדי להריץ אותה בלינוקס באופן מקוון עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
SuRankCo תרוץ בלינוקס אונליין
Ad
תיאור
SuRankCo היא תוכנה מבוססת למידת מכונה לניקוד ודירוג של קונטיגים מתוך מכלולים de novo של נתוני ריצוף מהדור הבא. היא מתאמנת עם יישור של קונטיגים עם גנומים ידועים ומנבאת ציונים ודירוג עבור קונטיגים שאין להם עדיין גנום ייחוס קשור.לפרטים נוספים על SuRankCo ותפקודה, אנא ראו
"SuRankCo: דירוג מפוקח של קונטיגים בהרכבות דה נובו"
מתיאס קוהרינג, פיוטר וויטק דאברוסקי, אנדראס ניטשה וברנהרד י.רנארד
(http://www.biomedcentral.com/1471-2105/16/240/abstract)
שימו לב, מומלץ לקרוא את המאמר ואת קובץ ה-readme.txt לפני השימוש ב-SuRankCo.
עדכון יוני 2015:
* שינויים קלים כדי לאפשר תמיכה ב-BAM.
עדכון פברואר 2014:
* נוספה תמיכה עבור אסמבלי FASTA/SAM בנוסף ל-ACE/FASTQ(QUAL).
הערה: תכונות של אסמבלי FASTA/SAM אינן כוללות עדיין את BaseCount, BaseSeqmentCount ו-ContigQualities.
קהל
מדע/מחקר
ממשק משתמש
שורת הפקודה
שפת תכנות
Java, S/R
זוהי אפליקציה שניתן להוריד גם מ-https://sourceforge.net/projects/surankco/. היא אוחסנה ב-OnWorks על מנת שניתן יהיה להפעיל אותה באופן מקוון בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
