これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドalter-sequence-alignmentです。
プログラム：
NAME
alter-sequence-alignment - ゲノム シーケンス アラインメント トランスフォーメーション 環境
SYNOPSIS
シーケンスアラインメントの変更 [オプション] [順序]
DESCRIPTION
ALTER (ALignment Transformation EnviRonment) は、変換するためのツールです。
複数の配列アラインメント形式の間。 ALTER は、
ではなく、主流のアライメントおよび分析プログラムの仕様。
多かれ少なかれ特定のフォーマット間の変換について。
OPTIONS
-c (- 崩壊)
配列をハプロタイプに折りたたむ。
-cg (--collapseギャップ)
崩壊時にギャップを欠落データとして扱います。
-NS (--collapseLimit)N
接続制限 (<= l サイトで異なるシーケンスは折りたたまれます) (デフォルトは
l=0)。
-CM (--collapseMissing)
折りたたむときに欠損データを差分としてカウントします。
-i (- 入力） ファイル
入力ファイル。
-彼 (--input自動検出)
形式を自動検出します (他の入力オプションは省略されます)。
-もしも (--inputFormat) ヴァル
入力形式 (ALN、FASTA、GDE、MEGA、MSF、NEXUS、PHYLIP または PIR)。
-io (--inputOS) ヴァル
入力オペレーティング システム (Linux、MacOS、または Windows)
-ip (--inputProgram) ヴァル
入力プログラム (Clustal、MAFFT、MUSCLE、PROBCONS、または TCoffee)。
-o (- 出力） ファイル
出力ファイル。
-の (- 出力フォーマット) ヴァル
出力形式 (ALN、FASTA、GDE、MEGA、MSF、NEXUS、PHYLIP または PIR)。
-ol (--output小文字)
小文字の出力。
-オム (--outputMatch)
一致文字を出力します。
ワン (--outputResidueNumbers)
残基番号を出力します (ALN 形式のみ)。
-oo (--outputOS) ヴァル
出力オペレーティング システム (Linux、MacOS、または Windows)。
-op (--outputプログラム) ヴァル
出力プログラム (jModelTest、MrBayes、PAML、PAUP、PhyML、ProtTest、RAxML、TCS、
CodABC、BioEdit、MEGA、dnaSP、Se-Al、Mesquite、SplitsTree、Clustal、MAFFT、MUSCLE、
PROBCONS、TCoffee、Gblocks、SeaView、trimAl または GENERAL)
-骨 (--outputSequential)
シーケンシャル出力 (NEXUS および PHYLIP フォーマットのみ)。
onworks.net サービスを使用して、alter-sequence-alignment をオンラインで使用する
