andi - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

andi - 進化の距離を推定します

SYNOPSIS

アンディ [-jlv] [-b INT] [-p FLOAT] [-m MODEL] [-t INT] ファイル...

DESCRIPTION

アンディ 密接に関連したゲノム間の進化上の距離を推定します。 このために アンディ
から入力シーケンスを読み取ります ファスタ ファイルを作成し、ペアごとのアンカー距離を計算します。 の
この背後にある考え方は、Haubold らの論文で説明されています。 （以下を参照してください）。

出力

出力は、次の対称距離行列です。 フィリップ 形式。各エントリは次のことを表します。
正の実数との発散。 距離がゼロということは、XNUMX つのシーケンスが
他の値はヌクレオチド置換率の推定値です (Jukes-
カントールは訂正した）。 技術的な理由により、比較が失敗する可能性があり、推定できない場合があります。
計算された。 そのような場合 ナン と印刷されています。 これは、入力シーケンスが
私たちの方法が適切に機能するには短すぎる（<200bp）か、多様性が多すぎる（K>0.5）。

OPTIONS

-NS、 -ブートストラップ
複数の距離行列を計算します。 n-1 最初からブートストラップされています。 を参照してください。
詳細な説明については、論文 Klötzl & Haubold (2016、レビュー中) を参照してください。

-j, - 加入
このモードは、次の場合に使用します。 ファスタ ファイルは多数のアセンブリを含む XNUMX つのアセンブリを表します
コンティグ。 アンディ ファイルごとに含まれるすべてのシーケンスを XNUMX つのものとして扱います。
ゲノム。 このモードでは、コマンドライン経由で少なくとも XNUMX つのファイル名を指定する必要があります。
引数。 出力では、各シーケンスを識別するためにファイル名が使用されます。

-l, - 低メモリ
マルチスレッドモードでは、 アンディ スレッドの量に比例してメモリが必要になります。 の
低メモリ モードでは、これが使用数に関係なく一定の要求に変更されます。
スレッドの。 残念ながら、これにはかなりのランタイムコストがかかります。

-m, - モデル
ヌクレオチド進化のさまざまなモデルがサポートされています。 デフォルトではジュークス・カンター
補正が使われます。

-p
アンカーペアの重要性。 デフォルト: 0.05。

-t
使用するスレッドの数。 デフォルトでは、利用可能なすべてのプロセッサが使用されます。
マルチスレッドは次の場合にのみ使用できます。 アンディ OpenMP サポートを使用してコンパイルされました。

-v, -詳細
追加情報を出力します。 冗長性を高めるために複数回適用します。

-h, - 助けて
利用可能なオプションの概要と説明を印刷します。

- バージョン
バージョン情報と確認応答を出力します。

COPYRIGHT

Copyright © 2014, 2015 Fabian Klötzl ライセンス GPLv3+: GNU GPL バージョン 3 以降。
これは自由なソフトウェアです：あなたはそれを自由に変更して再配布することができます。 保証はありません、
法律で認められる範囲内で。 ライセンスの全文は次の場所で入手できます。
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.

謝辞

1) andi: Haubold、B. Klötzl、F. および Pfaffelhuber、P. (2015)。 andi: 速くて正確
密接に関連したゲノム間の進化的距離の推定
2) アルゴリズム: Ohlebusch、E. (2013)。 バイオインフォマティクスアルゴリズム。 配列解析、ゲノム
再配列および系統学的再構築。 118f。
3) SA 建設：森裕二（2005）． 改良された XNUMX 段階のサフィックスの簡単な説明
ソートアルゴリズム。 http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt

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