anfo - クラウド上のオンライン

プログラム：

NAME

anfo - データベースへの短い読み取りの最適なアラインメントを見つけます

SYNOPSIS

アンホ [ オプション | file ... ]

DESCRIPTION

アンホ (短い) シーケンシング リードを (ギガベース サイズの) データベースに配置します。ヒューリスティックを使用します
シーディング法ですが、ギャップを許容し、損傷を理解できる純正のアライナーを適用します
古代の DNA のパターンを分析し、解釈しやすいスコアを生成します。

入力ファイルには、さまざまな FastA または FastQ ファイル、またはネイティブ ファイルを使用できます。 アンホ バイナリーファイル、
を使用して任意に圧縮 gziporbzip2。ファイル形式は自動的に認識され、
他の形式が追加される場合があります。

OPTIONS

-V、-version
バージョン番号を出力して終了します。

-o ファイル、--出力ファイル
出力をに書き込む file. file ネイティブで書かれます アンホ バイナリ形式。
を使用して操作できます アンホ爆薬 またはバインディング 悪知恵.

-c conffile、--config conffile
から構成を読み取ります 設定ファイル。このファイルは、どのインデックスが使用されるかを構成します。
さらに言えば、どのゲノムに対してアライメントを行うか、どのようなパラメータを使用するか
アライナーを使用してパスを設定できます。サンプルファイルを参照してください。

-p 番号、--スレッド番号
お気軽にご連絡ください NUM 位置合わせ用のネジ。通常、プロセッサ コアごとにそのようなスレッドが 1 つあります。
ベスト。

-x 番号、--ixthreads 番号
お気軽にご連絡ください NUM インデックス作成用のスレッド。インデックス作成は通常、次の場合よりも少ない CPU パワーを使用します。
そのため、通常はアライナーよりもインデクサーの数が少ないことが最適です。

--ソレクサスケール
FastQ ファイルを読み取るときは、Solexa スケール (対数オッズ比) を使用します。
標準の Phread スケール (確率)。 Solexa/Illumina シーケンサーを使用する場合、
これが必要かどうかはドキュメントを参照してください。それ以外の場合は必要ありません。

--fastq-origin ori
FastQ デコードの原点を次のように設定します。 または。標準およびデフォルトは 33 ですが、必ず
Solexa/Illumina ソフトウェアの一部のバージョンでは 64 に設定されます。使用する場合
Solexa/Illumina シーケンサーが必要かどうかは、ドキュメントを参照してください。
それ以外の場合は必要ありません。

-q、-quiet
致命的なエラーを除くすべての出力を抑制します。

-v、-verbose
操作中に進行状況インジケーターを印刷します。

ENVIRONMENT

ANFO_PATH
ゲノム ファイルとインデックス ファイルを検索するディレクトリのコロン区切りのリスト。

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