アラゴルン - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

aragorn - ヌクレオチド配列内の tRNA 遺伝子を検出します

SYNOPSIS

アラゴルン [オプション] ... FILE

OPTIONS

-m
tmRNA 遺伝子を検索します。

-t
tRNA 遺伝子を検索します。 デフォルトでは、すべてが検出されます。 のいずれかであれば、 -m or -t 指定されている、
その場合、他方も同様に指定しない限り検出されません。

-mt
後生動物のミトコンドリア tRNA 遺伝子を検索します。 イントロンを含む tRNA 遺伝子が検出されない。
-i, -sr スイッチは無視されます。 複合後生動物ミトコンドリア遺伝コードが使用されています。

-mtmam
哺乳類のミトコンドリア tRNA 遺伝子を検索します。 -i, -sr スイッチは無視されます。 -テレビ スイッチ
セット。 哺乳類のミトコンドリア遺伝コードが使用されています。

-mtx
と同じ -mt しかし、スコアの低い tRNA 遺伝子は報告されていません。

-mtd
後生動物のミトコンドリア tRNA 遺伝子が反対側の鎖で重複していることが報告されています。

-gc[NUM]
GenBank を使用する transl_table = [NUM] 遺伝コード。 個別の変更は可能です
を使用して追加されました 、BBB= B = A、C、G、または T。 の XNUMX 文字のコードです。
アミノ酸。 複数の変更を指定できます。 例えば -gcvert、aga=Trp、agg=Trp
脊椎動物のミトコンドリア コー​​ドを使用し、コドン AGA と AGG は次のように変更されます。
トリプトファン。

-gcstd
標準的な遺伝コードを使用します。

-gcmet
複合後生動物ミトコンドリア遺伝コードを使用します。

-gcvert
脊椎動物のミトコンドリア遺伝コードを使用します。

-gcinvert
無脊椎動物のミトコンドリア遺伝コードを使用します。

-gcyeast
酵母のミトコンドリア遺伝コードを使用します。

-gcprot
カビ/原生動物/腔腸動物のミトコンドリア遺伝コードを使用します。

-gcciliate
繊毛虫の遺伝コードを使用します。

-gc扁桃虫
棘皮動物/扁形動物のミトコンドリア遺伝コードを使用する

-gceuplot
Euplotid 遺伝コードを使用します。

-gcbact
細菌/植物の葉緑体の遺伝コードを使用します。

-gcaltyeast
代替酵母の遺伝コードを使用します。

-gcascid
ホヤのミトコンドリア遺伝コードを使用します。

-gcalt flat
代替の扁形動物ミトコンドリア遺伝コードを使用します。

-gcblep
Blepharisma の遺伝コードを使用します。

-gcクロロフ
緑藻類のミトコンドリア遺伝コードを使用します。

-gctrem
吸虫のミトコンドリア遺伝コードを使用します。

-gcscen
Scenedesmus obliquus のミトコンドリア遺伝コードを使用します。

-gctraust
ヤブレツボカビのミトコンドリア遺伝コードを使用します。

-テレビ
ミトコンドリア TV 置換ループ tRNA 遺伝子は検索しないでください。 以下の場合にのみ関連します -mt
中古。

-c7
7 塩基の C ループのみを含む tRNA 遺伝子を検索します。

-i
最大長3000塩基のアンチコドンループにイントロンを持つtRNA遺伝子を検索します。
最小イントロン長は 0 塩基です。 次の場合は無視されます -m 指定されています。

-i[マックス]
最大長のアンチコドンループ内のイントロンを持つ tRNA 遺伝子を検索 [マックス』のベース。
最小イントロン長は 0 塩基です。 次の場合は無視されます -m 指定されています。

-i[分]、[マックス]
最大長のアンチコドンループ内のイントロンを持つ tRNA 遺伝子を検索 [マックス]ベース、
最小の長さ [分』のベース。 次の場合は無視されます -m 指定されています。

-io
と同じ -iただし、長いイントロンを持つ tRNA 遺伝子が短い tRNA 遺伝子と重複することは許可されます。

-もしも
と同じ -iただし、C ループの 37 位と 38 位の間のイントロンを修正します (その後 XNUMX 塩基)
アンチコドン）。

-ifo
と同じ -もしも & -io 組み合わせ。

-ir
と同じ -i、しかし最小の長さの tRNA 遺伝子を報告する [分] 検索ではなく拠点
最小長の tRNA 遺伝子の場合 [分』のベース。 このスイッチにより、[分』として機能します。
出力フィルターでは、検索の最小イントロン長は依然として 0 塩基です。

-c
各シーケンスが循環トポロジーを持っていると仮定します。 検索は両端を回り込んで行われます。
デフォルト設定。

-l
各シーケンスが線形トポロジを持っていると仮定します。 検索は折り返されません。

-d
ダブル。 各配列の両方の鎖を検索します。 デフォルト設定。

-s or -s+
シングル。 各配列の相補鎖（アンチセンス鎖）は検索しないでください。

-sc or -s
シングル補完。 各配列のセンス鎖を検索しないでください。

-ps
スコアのしきい値をデフォルト レベルの 95% に下げます。

-ps[NUM]
スコアのしきい値を [ に変更しますNUM] デフォルト レベルのパーセント。

-rp
偽遺伝子の可能性があるものにフラグを立てます (スコア < 100 または tRNA アンチコドン ループ <> 7 塩基長)。 注記
スコアが 100 未満の遺伝子は、スコアしきい値が以下の場合には検出されず、フラグも立てられません。
100% 未満にも変更されません (-ps スイッチを参照)。

-seq
プライマリシーケンスを出力します。

-br
tRNA 遺伝子の一次配列の二次構造を丸括弧で示します。

-ファスト
プライマリシーケンスを fasta フォーマットで出力します。

-NS
一次配列を fasta 形式のみで出力します (二次構造はありません)。

-フォン
と同じ -NS、ヘッダーに配列と遺伝子の番号が付いています。

-fos
と同じ -NS、ヘッダーにスペースはありません。

-フォンズ
と同じ -NS、配列と遺伝子の番号付けが含まれますが、スペースは含まれません。

-w
バッチモードで印刷します。

-NS
より厳密な標準的な 1 ～ 2 bp スペーサー 1 および 1 bp スペーサー 2 を使用します。 次の場合は無視されます -mt 設定します。
デフォルトでは、3 bp のスペーサー 1 と 0 ～ 2 bp のスペーサー 2 が許可されますが、これにより選択性が低下する可能性があります。

-v
冗長。 検索中の情報を STDERR に出力します。

-a
tmRNA 遺伝子の tRNA ドメインを出力します。

.A7
tRNA アステム長を最大 7 塩基に制限する

-ああ
予測されたアイソアクセプター種がシーケンス内の種と一致しない場合にメッセージを表示する
名前 (存在する場合)。

-j
予測されたアミノアシルアクセプターに関係なく、アステムの 4' 末端の 3 塩基配列を表示します
長さ

-ジュニア
NCCA からの 3' アミノアシル アクセプター シーケンスの多少の相違を許容します。

-jr4
NCCA からの 3' アミノアシル アクセプター シーケンスの一部の相違を許容し、4 を表示します。
拠点。

-q
設定行 (使用されたスイッチとファイル) を出力しません。

-rn
概要情報の前に配列名を繰り返します。

-O [アウトファイル]
出力先を印刷します . If ['アウトファイル]がすでに存在する場合は上書きされます。 デフォルトではすべて
出力は標準出力に送られます。

DESCRIPTION

aragorn は、tRNA、mtRNA、および tmRNA 遺伝子を検出します。 最小要件は 32 ビット以上です
コンパイラ アーキテクチャ (変数型 int および unsigned int は少なくとも 4 バイトの長さ)。

[FILE] には、FASTA 形式のシーケンスが XNUMX つ以上含まれていると想定されます。 検索結果
STDOUT に出力されます。 すべてのスイッチはオプションであり、大文字と小文字は区別されません。 -i でない限り
指定すると、イントロンを含む tRNA 遺伝子は検出されません。

作者

ビョルン・カンバック[メール保護]>、ディーン・ラスレット[メール保護]>

参考文献

Laslett, D. および Canback, B. (2004) ARAGORN、転移 RNA 検出プログラム
ヌクレオチド配列におけるトランスファーメッセンジャー RNA 遺伝子と核酸研究、32;11-16

Laslett, D. および Canback, B. (2008) ARWEN: 後生動物の tRNA 遺伝子を検出するプログラム
ミトコンドリア塩基配列バイオインフォマティクス、 24（2）; 172-175。

02/24/2013 アラゴルン(1)

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