これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド bp_revtrans-motifp です。
プログラム：
NAME
bp_revtrans-motif - Profam 様タンパク質モチーフを逆翻訳する
VERSION
Version 0.01
SYNOPSIS
ファイルから:
bp_revtrans-motif.pl -i モチーフ.txt
パイプの使用:
bp_revtrans-motif.pl < モチーフ.txt > output.txt
コマンド プロンプトで対話的に使用する:
$ bp_revtrans-motif.pl
マーエル[VIKP]
1.ATGGCNGCNGARGARYTNVHN
[^P]H(IW){2,3}
2. NDNCAY(ATHTGG){2,3}
DESCRIPTION
このスクリプトは、入力としてタンパク質モチーフを受け取り、縮重オリゴヌクレオチドを返します
それに対応する配列。 これを行う主な理由は、設計の退化です。
特定の配列パターンを増幅するプライマー。
入力モチーフは、次のいずれかを含む XNUMX 文字の残基の文字列で構成されます
構文要素:
[...] : 冗長な位置。
複数の残基が許可される位置。 例：
[TS]YW[RKSD]
^^^^^^
[^ ...] : 否定された立場。
かっこの間のもののために保存された、任意の残基が許可される位置。 例：
[^PW]MK[LAE]
^^
(...){n、m、...} ：繰り返されるモチーフ。
繰り返されるモチーフ n or m 回。 以前の構文のいずれかを持つことができます
要素。 例：
A[SN]C(TXX){2,4,8}
^^^
許可される文字は、20 種類の天然アミノ酸に対応する文字に加えて、次の文字です。
B = N + D
Z = Q + E
X = すべて
OPTIONS
-i 入力ファイル：
逆翻訳するモチーフのリストを含むファイル。
-h
このヘルプメッセージを表示します。
onworks.net サービスを使用して bp_revtrans-motifp をオンラインで使用する
