これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド bp_run_protdist.plp です。
プログラム：
NAME
run_neighbor - Bioperl を介して Phylip の「protdist」プログラムを実行する
SYNOPSIS
run_protdist [-i 入力ファイル] [-o 出力ファイル名]
DESCRIPTION
protdist を実行するアライメント ファイルを提供します。 ファイルの名前は、.aln または .phy にする必要があります。
これは、clustalw アラインメントを変換する必要があるかどうかを判断できるようにするために必要です。
フィリップ。 スクリプトを拡張して、bioperl が使用している他の MSA フォーマットで動作するようにしてください。
サポートします。 これは、非常に単純な手動パイプラインで使用するためのものです。
入力ファイルは、file.phy または file.aln の形式で名前を付ける必要があります。
(\S+)\.(\S+) の形式のファイル。
これにより、「KIMURA」式を使用してアプリケーション「protdist」が実行され、aa タンパク質が構築されます。
距離行列。 phylip3.6 を使用している人は、使用したい場合はいくつかの変更を加えたいと思うでしょう。
JTT。 必要に応じて、コマンドライン引数としてこれを追加できることをうれしく思います。
onworks.net サービスを使用して bp_run_protdist.plp をオンラインで使用する
