chemtool - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

chemtool - 化学構造エディター

SYNOPSIS

ケムツール [ファイル名]

DESCRIPTION

ケムツール 有機分子を描画し、X ビットマップ、PNG、
PicTeX、Xfig、SVG、SXD、MDL、または EPS ファイル。 GTK を使用して X Window System で実行されます。
ウィジェットセット。

このプログラムは、基本的に無制限の元に戻す/やり直し、XNUMX つのテキスト フォントと記号、XNUMX つのフォントを提供します。
色、いくつかのズームスケールでの描画、正方形および六角形の背景グリッドにより、簡単に操作できます。
アライメント。

例

すべての描画モードと編集モードで、マウス ボタン XNUMX (通常は左ボタン) を使用して、
オブジェクトをマークまたは描画し、ボタン XNUMX (右ボタン) を使用してオブジェクトを削除できます。
現在のタイプのもの。 中央のボタンは主に結合描画モードで使用されます。
結合タイプの素早い変更が可能になります。 バージョン 1.5 以降、デフォルトのストレージ
データファイルのディレクトリと使用するファイル名拡張子は、
構成ダイアログ。

描画 of ボンド：
4 つの異なる角度設定で結合を描くことができます (30 度間隔の六角形、XNUMX つの角度)
72°間隔の五角形（異なる向き）、および45°の八角形）。 （中級
これらのモードのすべてで角度も同様に可能です。ここではマーカー ポイントを無視してください。
場合）。

ボタン バーの中央にある結合スタイルの選択により、結合の種類が決まります。
描画 - 最初は単結合です。 後から結合の種類を変更したい場合は、
マウスの中ボタンでクリックして次のタイプに進むか、または
セレクターで適切なタイプを選択し、結合タイプ モードに切り替えてすべてを選択します。
新しいタイプに切り替えたいボンド。 (ボンドに使用した色は
必要に応じて同時に更新されます。) 結合中にマウスの中ボタンを押す
「Bondtype」モードは、その結合の方向を反転します。

XNUMX 番目 (通常は右) マウス ボタンを使用すると、カーソルの隣の結合が削除されます。
位置。

利用可能な結合タイプは次のとおりです。

・単結合

・二重結合

・二重結合（反対側の短い線）

・中心二重結合

・三重結合（中央よりも短い側面の線）

・三重結合（線の長さが等しい）

・四重結合

・くさび型ボンド

・破線くさび形結合

・波線

・半矢

・通常の矢

・ワイドボンド

・ 丸

・ 点線

· 重なり合う単結合 (交差する結合からセグメントを切り出します)

・軽いパイ軌道葉

・ダークパイ眼窩葉

半自動 描画 of リング：
Ctrl キーを押しながらリングを描くと、3 ～ 12 人のメンバーのリングを簡単に描くことができます。
ライン。 この線は、自動的に描画されるリングの最初のセグメントになります。
時計回りの方向に。 リングのサイズは、選択したリングに適したデフォルトのサイズになります。
描画モード (つまり、5、6、または 8 面) ですが、 を押すことでリングごとに設定できます。
Ctlr- リングを描く前に、数字 3 ～ 9 は 3 ～ 9 員に対応します。
0 ～ 2 はそれぞれ 10、11、12 員環を選択します。

新しく描画したリングは、Ctrl キーとマウス ボタン 3 を同時に押すことで削除できます。

描画 of 湾曲した 行：
矢印や軌道ローブなどのオブジェクトの曲線は、次の方法でスプライン曲線モードで描画できます。
境界多角形を形成する XNUMX つの制御点 (始点、上の XNUMX 点) を指定します。
ピークのどちらかの側、終点）。 [スタイル] メニューで使用できる通常の結合タイプのうち、
「単一線」、「半矢印」、矢印、および「破線」は通常の機能を維持しますが、
「幅広線」タイプは、塗りつぶされた多角形を示すために使用されます。 コントロールポイントは、
で目に見える 移動 モードでは、後でドラッグして曲線の形状を変更できます。
それは描かれています。

設定 債券
結合スタイル モードでは、ダイアグラム内の任意の結合をクリックすると、その表現が変化します。
の横にあるプルダウン メニューで選択したタイプ タイプ

プルダウン メニューで利用可能な追加の結合タイプ、

曲線矢印

描画のみに使用できます。 実際には、曲線描画の XNUMX つに対するショートカットです。
上で説明した機能、XNUMX 番目と XNUMX 番目の制御点が自動的に設定されます
生成された。 そのため、従来の結合タイプへの、または従来の結合タイプからの変換はできません。

(ただし、曲線のタイプを変更するなど、他の曲線タイプに変換することはできます。
矢じり）。 矢印の形状は通常、
「移動」モードでコントロール ポイントの横に表示されます。

挿入する 클라우드 기반 AI/ML및 고성능 컴퓨팅을 통한 디지털 트윈의 기초 – Edward Hsu, Rescale CPO 많은 엔지니어링 중심 기업에게 클라우드는 R&D디지털 전환의 첫 단계일 뿐입니다. 클라우드 자원을 활용해 엔지니어링 팀의 제약을 해결하는 단계를 넘어, 시뮬레이션 운영을 통합하고 최적화하며, 궁극적으로는 모델 기반의 협업과 의사 결정을 지원하여 신제품을 결정할 때 데이터 기반 엔지니어링을 적용하고자 합니다. Rescale은 이러한 혁신을 돕기 위해 컴퓨팅 추천 엔진, 통합 데이터 패브릭, 메타데이터 관리 등을 개발하고 있습니다. 이번 자리를 빌려 비즈니스 경쟁력 제고를 위한 디지털 트윈 및 디지털 스레드 전략 개발 방법에 대한 인사이트를 나누고자 합니다.
テキスト ボックスに書き込まれたテキストはカーソルで配置でき、左側に表示される場合があります。
図面内で中央または右揃えになります。 文字サイズと色は固定から選択可能
選択肢のリスト。 下付き文字と上付き文字には XNUMX つの特殊文字が使用されます。
次の文字:

'^' は上にシフトします (例: N^+)

「_」は下にシフトします (例: CH_3)

制御文字「|」 |t-Bu のように、後続の文字を斜体にするために使用されます。

通常、化合物の番号付けに使用される太字のフォントタイプは、
「#」を含む文字。

特殊文字「@」は、標準の X11 記号を使用する記号モードに切り替わります。
フォント。 このモードでは、すべてのアルファベット キーが対応するギリシャ文字を生成します。
標準の Latin1 に相当する記号がすでに存在する場合は、他のいくつかの記号を使用できます。
キーボードにマッピングされます:

円→無限大

ハイフン -> 上矢印

マクロン -> 下矢印

記号「プラスマイナス」と「登録済み」（商標）はすでに標準フォントになっていますが、
ただし、通常はキーボードでは使用できません。 次のコマンドを使用します (または
宣言を .xmodmaprc ) 経由で利用できるようにします+
( + ):

xmodmap -e 'keysym r = r R 登録済み' \
-e 'keysym o = o O円' \
-e 'keysym p = p P プラスマイナス' \
-e 'keysym u = u U ハイフン' \
-e 'keysym d = d D マクロン'

(これにより、AltGr-P = プラスマイナス、AltGr-R = 通常モードで登録、AltGr-O = となります。
無限大、AltGr-U = 上矢印、AltGr-D = 記号フォントの下矢印)。

「点と十字」図の場合、記号フォントへの次のマッピングは次のようになります。
便利: 鋭角 -> 十字 (例: keysym x = x X 鋭角) 中点 -> 黒点 (例: keysym)
d = d D periodcentered) (白点に度記号を使用)。

イオン電荷を示すプラス記号とマイナス記号の丸で囲んだバージョンは、@+ として使用できます。
と @- 。

記号を下付き文字または上付き文字として使用する場合は、下付き文字または上付き文字を配置します。
'@' 文字の前の文字 (例: K_@a )。

テキスト モードでは、マウスの右ボタンでカーソル位置のラベルが削除されます。 変化
ラベルのサイズ、フォント、色は、選択した後に左クリックすることで変更できます。
希望の設定の組み合わせを選択します。 描画領域の上のテキスト入力ボックスが空の場合、
ラベルの内容は変更されずに設定のみが更新されます。それ以外の場合は、
ラベルのテキストも置き換えられます。 既存のラベルのテキストを
テキスト入力ボックスをマウスの中ボタンでクリックします。

ラベリング ショートカット
すべての結合描画モードで、原子記号を追加するためにいくつかのキーボード ショートカットを使用できます。
描画モードを終了する必要はありません。 ラベルは現在の描画位置に配置されます
(最後に描かれた線の終点、または最後にクリックされたスポット)。

キー「c」、「h」、「n」、「o」、「s」、「p」および「r」は、対応する大文字「l」を挿入します。
(小文字の L) は「Cl」を挿入し、「1」、「2」、「3」はそれぞれ CH、CH_2、CH_3 を挿入します。 の
アスタリスク キー (*) は黒丸を挿入します。

スペースバーを XNUMX 回押すと、任意のラベルを入力できます。
Return キーを押すと現在位置が表示されます。

描画 電子 足
テンキーのキーを使用して、キーの横に短い「電子対」の線を描くことができます。
元素記号 - 元素記号が中央の「5」キーの上にあると想像すると、
各キーは、その位置に適切な電子ペアを描画します。 と併用すると、
Shift キーを押すと、線の代わりに XNUMX つの点が描画されます。必要に応じて、もう一度点の XNUMX つを削除するだけです。
奇数の電子が必要です。

ナンバリング 原子
分子内の原子に素早く番号を付けるには、いずれかのテキスト モードに切り替え、
Control キーを押しながら、マウスの左ボタンで各原子を連続して選択します。 番号付け
は 1 から始まり、マウスの右ボタンをクリックすることでいつでもシーケンスをリセットできます。
独自の番号付けスキームを使用する必要がある場合は、中央のボタンをクリックします (そのまま
Control キーを押したままにすると、テキスト入力フィールドにある数字がすべて取得されます。

センタリング
分子を配置するのに十分なスペースがない場合は、シートの中央に配置できます。
中央のボタンで。

エクスポート 〜へ 外国の フォーマット：
分子を X ビットマップ、PNG または EMF 画像、カプセル化された画像としてエクスポートできます。
postscript ファイル、Brian Smith の入力ファイル エックスフィグ(1) プログラム、MDL ver. 2000モルファイル
商用パッケージ、XHTML Web ページ用の SVG ファイル、または
LaTeX 文書に直接組み込むための PicTeX 形式。 PicTeX、PNG、EMF、
Postscript 出力関数は、 fig2dev81) からのプログラム トランスフィグ(1) パッケージ
およびこのプログラムが起動時に検出された場合にのみ使用できます。 もし fig2sxd(1)
プログラムがインストールされている場合は、OpenOffice SXD 形式の追加エクスポート オプションを使用できます。
同様に、(open)babel プログラムがインストールされている場合は、追加のエクスポート メニューが提供されます。
このツールでサポートされているすべてのファイルタイプにアクセスできるようになります。

現在のズームスケールに応じて、さまざまなサイズで出力を作成できます。
Postscript および PicTeX ファイルは、画面上で選択できる任意のスケールで作成することもできます。
ファイルのエクスポートメニュー。

設定メニューのオプションで通話を設定できます。 fig2dev 国際語で
モードでは、代替 (Times) フォントで書かれたテキストが自動的にレンダリングされます。
現在のロケールに適した Postscript フォント (現在はクロアチア語、キリル語、
チェコ語、ハンガリー語、日本語、韓国語、ポーランド語）。 を参照してください。 fig2dev を参照してください。

LaTeX 文書に PicTeX ファイルを含めるには、pictex マクロ パッケージが必要です。
使用するバージョンによっては、「color」パッケージを
LaTeX ファイルのプリアンブル。 「TeX 容量を超えました」というエラー メッセージが表示される場合は、
の extra_mem_bot パラメータを増やします texmf.cnf ファイル (通常は
/usr/share/texmf/web2c, /usr/local/texmf or /etc/texmf）。 ピクテックスは珍しいことで知られています
(tex 標準による) メモリ要件があり、標準設定ではこれが考慮されていません。
(ただし、「pictex を使用する場合はこれを変更してください」というコメントが、 texmf.cnf
ファイル）。 extra_mem_bot=400000 のようなものは、中程度の最新のものでは害を及ぼさないはずです
システム。

印刷 図面
バージョン 1.5 以降、図を Postscript 対応印刷デバイス (または
より一般的には、ghostscript を実行する印刷キュー) が可能です。 用紙サイズは、
倍率、プリンター名、使用する印刷コマンド (現在は次のいずれか) lp（1） lpr(1)
or kプリンター(1)) は設定ダイアログに保存できます。

選択 を or 部品 of a 描画 for 変換:
「マーク」ボタンを使用すると、現在の図面の一部を囲んで簡単に選択できます。
それらを「輪ゴム」の長方形で囲みます。

長方形領域の外側の原子を選択範囲に追加する必要がある場合は、単純に描画します。
Ctrl キーを押しながら、別の輪ゴムを周囲に巻き付けます。

選択したパーツは青色で強調表示され、すぐに使用できるようになります。

移動する を押したままマウスでフラグメントを目的の位置にドラッグするだけです。
マウスの左ボタンを押します。 (個々の原子を移動するだけの場合、または
結合をマークする必要がなく、「移動」モードで結合を選択してドラッグするだけです。
それらを最初に）。

回転 マウスの水平方向の動きは、マウスの周りのスムーズな回転に変換されます。
マウスボタンを押したときに選択されたピボットポイント

フリッピング (鏡映) 水平または垂直の鏡面を通る断片
その中心: これは、適切なメニュー ボタンをクリックすることで実行されます。

複写 「コピー」メニューボタンをクリックすると、選択したファイルの正確なコピーが作成されます。
フラグメントはオリジナルからわずかにオフセットされます。 マークは自動的に付きます
新しいコピーに転送されます。

再スケーリング マウスの水平方向の動きは、滑らかな増加または減少に変換されます。
マークされたフラグメントのサイズ

削除する マークされたフラグメントを削除するには、XNUMX 番目 (通常は右側) をクリックするだけです。
強調表示された後にマウス ボタンを押します。

フレーミング フレームとブラケットのスタイルのドロップダウン リストからアイコンの XNUMX つを選択します
対応するオブジェクト、たとえば丸括弧のペアを周囲に描画します。
強調表示されたフラグメント。

最適化 「バケツとほうき」の記号をクリックすると、削除する関数が呼び出されます。
図面から結合とラベルを重ねて(複製して)、まっすぐにします。
ほぼ水平または垂直の線。

追加 前に 保存されました 数字：
以前に保存した chemtool 図面から別の分子を追加するには、ファイル内でそれを選択します
「追加」ボタンを押すと表示される選択ウィンドウ。 いずれかをシングルクリックする
リスト内の filename には、選択に役立つ分子の小さなプレビューが表示されます。 の
新しく追加された分子は自動的にアクティブになるため、次のように再配置できます。
欲しい。

別の分子上の事前定義された位置に追加したい場合は、その位置にマークを付けることができます。
マーカー四角形をドラッグする代わりに、添付サイトを左クリックして、添付サイトを選択します。 小さな
緑色の点が新しいパーツの基準位置に表示されます。 保存すれば
このようなマーカーセットを持つ分子は、分子が結合するときにその結合部位を定義します。
別の図面に追加されます。

追加 XNUMXつ of 　 定義済み テンプレート：
「ツール」メニューから「テンプレート」を選択すると、小さなコレクションを含む XNUMX 番目のウィンドウが開きます。
事前定義された構造の。 目的の分子の画像をクリックするだけで、分子を追加できます。
あなたの絵。 テンプレート ウィンドウは、chemtool セッション中開いたままにすることができます。
別のウィンドウで隠れている場合は、「テンプレート」メニューを選択して前面に移動できます。
再びケムツールで。

テンプレート システムのデータが通常の chemtool 図面と異なるのは、次の点のみです。
これらはプログラム内に保存され、少し厄介な形式 (x 座標と y 座標) で保存されます。
ソース ファイル template.h) に個別にリストされています。 これらは、
すべてのユーザーが利用できる便利な基本セットですが、個別に拡張することはできません (
独自の構造の「追加」機能)。 具体的にご希望の場合はお知らせください
テンプレートに追加された分子 - 分子の名前、または理想的には通常の chemtool 描画ファイル
必要なのはそれだけです。 (メールを送信 [メール保護])

インポート 外国の file フォーマット：
Chemtool は、Protein で使用される両方の PDB 形式のファイルをインポートする機能を提供します。
データベース (およびほとんどの分子モデリング パッケージによる) および独自の MDL molfile 形式
ISISdraw によって使用され、他の構造図パッケージおよびデータベースによって理解されます。
フロントエンド。

どちらも 3D ファイル形式であるのに対し、chemtool は 2D 投影のみを処理するため、インポート
分子は最初に一時ストレージに読み込まれ、キャンバス上に青色で表示されます。
この 3D 表現は、マウスを使用して回転できます。 Return キーを押した後のみ
キーボードの キーを押すと、編集可能な最終的な 2D 投影に変換されます。 その間
このような 3D インポートが進行中の場合、通常の描画および編集機能はすべて無効になります。

MDL molfile import を使用すると、炭素原子ラベルは自動的に破棄されます。 PDB用
インポートする場合、ラベル付けの量はファイル選択ダイアログで選択できます。
すべてのラベル、非水素原子のラベルのみ、または非数値のみのいずれかの保持
ラベルの一部。

プログラム babel がインストールされている場合 - Pat Walters によって書かれたオリジナル バージョン、または
最近の OpenBabel の取り組み - chemtool は自動的にメニュー オプションを提供します。
これがサポートする任意のファイル形式からインポートします。

決定 合計 式 & 分子の 重量：
ディストリビューションにはヘルパー プログラムが含まれています。 CHT(1)、Radek Liboska (プラハ) による計算
chemtool 図面ファイルからの式と (正確な) 分子量の合計。 それも
chemtool 内から利用して、現在の構造または
マークされたその断片。 CHT 重複結合によって誤解される可能性があります (chemtool では削除されません)
結合の重なり合い（環系の融合から生じる可能性があるものなど）を自動的に）、
「芳香環」記号によって区別されるため、これらを避けて、その妥当性を確認する必要があります。
可能な場合には合計の式が生成されます。

描画 機能 利用できます 以内 ケムツール:
一般的な線描画機能など、chemtool で現在サポートされていない機能については、
Brian Smith の XFig 描画パッケージを入手する エックスフィグ 強くお勧めします。 唯一について
提供していないのは、「化学的」線種と描画角度のサポートです。
なぜ chemtool は一種のコンパニオン プログラムとして書かれたのか。 (おそらくもっとあるでしょう
最も必要な描画オプションは時間の経過とともに chemtool に追加されましたが、
より汎用的な機能 エックスフィグ むしろ無意味に思えます。）

onworks.net サービスを使用してオンラインで chemtool を使用する