これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド circos です。
プログラム：
NAME
____ _
/ ___(_)_ __ ___ ___ ___
| | | | '__/ __/ _ \/ __|
| |__| | | | (_| (_) \__ \
\____|_|_| \___\___/|___/
丸いのは良いですね
circos - 円形に合成された情報グラフィックを生成します
SYNOPSIS
# 設定ファイルの場所を推測します
サーカス
# 特定の設定ファイルを使用する
circos -conf circos.conf [-silent]
# 必要なモジュールを診断する
circos -モジュール
# マニュアルページ
サーカスマン
# コードコンポーネントの詳細なデバッグ
＃ 見る http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
circos -debug_group GROUP1,[GROUP2,...]
# 完全なデバッグ
circos -debug_group _all
# ブロック (またはブロック ツリー) の構成ダンプ
# REGEXP に一致するパラメータ (オプション)
circos -cdump [BLOCK1/[BLOCK2/...]]{:REGEXP}
# 設定パラメータを上書きする
circos -param image/radius=2000p -param ideogram/show=no
# お楽しみ - 画像内のすべての色をランダム化します。
# カラー1とカラー2
circos -ランダムカラー COLOR1,[COLOR2,...]
DESCRIPTION
Circos は円形レイアウトでデータを視覚化するためのもので、関係性を探索するのに最適です
オブジェクト間または位置間。 円形レイアウトが適している理由は他にもあります。
有利であることはもちろん、それが魅力的であるという事実も重要です。
サーカスは解決策ではありません。 視覚化の問題を解決するツールです。 与えられた
ただし、それが適切であるという保証はありません。
各データ要素の表示方法を細かく制御できるため、一致させることができます。
関連性の顕著性。
CONFIGURATION
設定は、プレーンテキストの構成ファイルを使用して渡されるように設計されています。 このファイルは、
手動または別のスクリプトによって作成され、Circos を完全に自動化できます。
完全なドキュメントについては、次を参照してください。
L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>
構文
構成はプレーンテキストであり、階層ブロックで構成されます。 いくつかのブロック、例えば
」 は必須ですが、「」のようなものもありますはオプションです。
開始するには、クイック ガイド チュートリアルを参照してください。
L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>
一般的な構成ファイルは次のようになります。
# 画像のサイズと形式
...
# 表意文字の位置とサイズ
...
# データトラックの位置、タイプ、フォーマット
...
...
# 色、フォント、塗りつぶしパターン
< >
# システムパラメータ
< >
モジュール性
「< > ディレクティブは、ある構成ファイルを別の構成ファイルにインポートします。 これ
この機能は、構成ファイルをモジュール形式に保つのに役立ちます。
色やフォントの定義など、頻繁に変更されないパラメータ定義
通常は、次の場所にあるファイルからインポートされます。 等/ 配布中。
チュートリアルでは、「 そして " ブロックはにインポートされます
メインの設定ファイル。 これらのブロックは非常に大きくなる可能性があるため、メイン
構成ファイルは別のファイルに移した方が読みやすくなります。
オーバーライド *
ファイルから組み込まれたパラメータをオーバーライドするには、「*」接尾辞を使用します。 接尾語
場合を除き、パラメータの複数の定義は許可されないため、必須です。
パラメータには複数の値が含まれる場合があります。
# インクルードされたファイルは「半径」を定義します
< >
# これは半径の値をオーバーライドします
半径* = 2500p
「*」接尾辞を繰り返して、ブロック内でどの値が優先されるかを指定できます。
半径 = 1500p
半径* = 2500p
radius** = 3000p # この半径のインスタンスが使用されます
オーバーライド Command LINE
一意のブロック名の任意の構成パラメータをコマンド ラインで指定できます。
-param PATH/PARAM=値
たとえば、
表示 = いいえ
...
-param 表意文字/show=no
&
デフォルト = 0.01r
...
-param 表意文字/間隔/デフォルト=0.01r
日時 conf() パラメータの値 (任意の値) を取得するために構成ファイルで使用されます。
-param で設定されたパラメータだけでなく)、パラメータを変更するための柔軟なシステムが得られます。
コマンドラインでの設定。
種＝人間
karytotype = データ/karyotype/karyotype.conf(種).txt
-param 種=ラット
複数のパラメータを再定義でき、それぞれに独自の「-param」フラグを設定できます。
-param show_ticks=no -param image/radius=2000p
マージ ブロック
次のブロックの複数のインスタンスは自動的にマージされます: 、
」 、」 、」 、」 、」 、」 そして " 。
この目的は、正規の定義に追加できるようにすることです。
# このファイルはデフォルトを定義します、 そして
< >
# カラーブロックに追加
マイカラー = 150,25,25
OPTIONS
-configfile ファイル
設定ファイルの名前。 これは必須です。
Circos は、「circos.conf」を検索して、このファイルの場所を推測しようとします。
"。"、 ".."、 そして "../ ..".
出力 フォーマット
-png、-nopng
-svg、-nosvg
PNG ファイルと SVG ファイルの出力を切り替えます。
画像 要素
-show_ticks、-noshow_ticks
-show_tick_labels、-noshow_tick_labels
目盛りとそのラベルの表示をオーバーライドします。 これらはどちらも通常、
ブロック。
出力 パス
-outputdir DIR、-dir DIR
-outputfile ファイル、-file ファイル
出力ディレクトリとファイル名を変更します。 FILE にはパスを含めることができます。
デバッギング
-デバッグ
基本的なデバッグ出力をオンにします。 からの情報を報告します
画像、IO、レイヤー、概要、タイマー
デバッグ グループ (以下を参照)。
-debug_group {+-}GROUP1,[{+-}GROUP2,...]
特定のグループのデバッグ出力をオンにします。 グループのリストについては、を参照してください。
L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>
出力にグループを追加するには、先頭に + を付けます。 削除するには - を使用します。
# デフォルトのデバッググループを使用しますが、layer と io は除外します
-debug -debug_group -layer,-io
# デフォルトのデバッググループを使用し、スペースを追加します
-debug -debug_group +間隔
# グループを明示的に指定する
-debug_group png、io、タイマー
サポートされているグループをリストするには、引数なしでフラグを使用します。
-デバッグ_グループ
-時間
タイミング情報をレポートします。 -debug_group +timer と同じ
-サイレント
レポートを生成しません。
-パラノイド、-ノパラノイド
パラノイド モード (デフォルト) で実行するかどうか。 この設定のデフォルトは次のように定義されます。
etc/housekeeper.conf の「パラノイド」。
-警告、-警告
警告を表示するかどうか (デフォルト)。 この設定のデフォルトは次のように定義されます。
etc/housekeeper.conf の「警告」。
-fakeerror =アイテム -fakeerror CAT =アイテム -fakeerror ,ID =アイテム -fakeerror CAT,ID
カテゴリ CAT とエラー名 ID のエラー メッセージを表示して、エラーを偽装します。 もし
XNUMX つを指定するか、どちらも指定しない場合は、利用可能なエラーがリストされます。
エラー メッセージを見るのが本当に好きでない限り、そうする理由はほとんどありません。
これを使いたいです。
使用法
-バージョン
バージョンを表示します。
-助けて
簡単な使用方法の概要を表示します。
-おとこ
マニュアルページを表示します。
ふざける 約
-ランダムカラー [色1,色2,...]
オプションのリストを除き、画像内のすべての要素の色をランダム化します。
色。
たとえば、背景を白にし、その他の部分を黒のままにするには、
- ランダムカラー白、黒
onworks.net サービスを使用してオンラインで circos を使用する
