これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド delta-filter です。
プログラム：
NAME
delta-filter - nucmer または promer からデルタ アライメント ファイルを読み取り、フィルタリングします。
アラインメント
SYNOPSIS
デルタフィルター [オプション]
DESCRIPTION
-1 再配置を可能にする 1 対 1 の配置 ( -r & -q アライメント)
-g 1 対 1 のグローバル アライメントでは再配置は許可されません
-h ヘルプ情報を表示する
-i フロート
最小のアライメント ID を設定 [0, 100]、デフォルトは 0
-l int 最小整列長を設定します。デフォルトは 0
-m 再配置を可能にする多対多のアライメント ( -r & -q アライメント)
-q 各クエリの各位置を参照内のベストヒットにマップします。
参照の重複
-r 各参照の各位置をクエリ内の最良のヒットにマップします。
クエリの重複
-u float アライメントの一意性の最小値を設定します。つまり、
一意の参照 AND クエリ シーケンス [0, 100] に一致するアラインメント、デフォルトは 0
-o フロート
最大の位置合わせオーバーラップを設定します。 -r & -q オプションのパーセントとして
アライメントの長さ [0, 100]、デフォルトは 100
-v フィルターを通過したアライメントの代わりに、破棄されたアライメントを出力します。
-b マップの重複 (XOR の -r & -q アライメント、どちらか一方（両方ではない））
nucmer または promer からデルタ アライメント ファイルを読み取り、それに基づいてアライメントをフィルタリングします。
コマンド ライン スイッチで、出力される必要な位置合わせのみを残します。
入力と同じデルタ形式の stdout。 複数のスイッチの場合、操作の順序
次のとおりです。 -i -l -u -q -r -g -m -1 -b。 アライメントが先行するアライメントによって除外されている場合
この操作は、後続の操作では無視されます。
間の重要な違いは、 -g オプションと -1 & -m オプションはそれです -g
は、アライメントの順序が相互に一貫している必要がありますが、 -1 & -m
オプションは相互に一貫性がある必要がないため、転座を許容します。
反転など。一般的な場合、 -m オプションが最良の選択ですが、 -1 することができます
1 対 1 マッピングを必要とする SNP 検出などのアプリケーションに便利です。 最後に、
クエリコンティグまたはシーケンスリードを参照ゲノムにマッピングするには、使用します -qを選択します。
で印刷された複製 -b オプションは -r & -q に存在しないアライメント
1対1の調整。 これらの配置も、 -1 & -m
アラインメント
onworks.net サービスを使用してオンラインでデルタ フィルターを使用する
