これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド diffseqe です。
プログラム：
NAME
diffseq - XNUMX つの類似したシーケンスの特徴を比較してレポートします
SYNOPSIS
差分 -シーケンス シーケンス -bシーケンス シーケンス -ワードサイズ 整数
[-グローバルな違い ブール値] -outfile レポート -アウトフィート 偉業 -試合 偉業
差分 -助けて
DESCRIPTION
差分 EMBOSS（「EuropeanMolecular BiologyOpen」のコマンドラインプログラムです。
ソフトウェアスイート」）。 これは、「Alignment:Differences」コマンド グループの一部です。
OPTIONS
入力
-シーケンス シーケンス
-bシーケンス シーケンス
必須
-ワードサイズ 整数
XNUMX つのシーケンス間の類似領域は、次のハッシュ テーブルを作成することで見つかります。
「ワードサイズ」のサブシーケンス。 10 が適切なデフォルトです。 この値を大きくする(20?)
プログラムをわずかに高速化する可能性がありますが、プログラム内の XNUMX つの違いが存在することを意味します。
互いの「wordsize」は、単一の差異領域としてグループ化されます。 この値
近くの違いの解像度を向上させるために小さくすることもできますが (4?)、
プログラムの動作は大幅に遅くなります。 デフォルト値: 10
NEW
-グローバルな違い ブール値
通常、このプログラムは、
指定されたワード サイズ以上で、次の間の差異の領域がレポートされます。
これらの一致する領域。 これはうまく機能し、ほとんどの人が望んでいることです。
長く重複する核酸配列を扱う。 普通は興味ないでしょ
これらのシーケンスの重複しない端にあります。 タンパク質配列がある場合、または短い場合
ただし、RNA 配列では、末端の違いに興味があるでしょう。 それ
このオプションを true に設定すると、両端の違いも報告されます。
デフォルト値：N
出力
-outfile レポート
-アウトフィート 偉業
最初のシーケンスの特徴を出力するファイル デフォルト値: $(asequence.name).diffgff
-試合 偉業
XNUMX 番目のシーケンスの特徴を出力するファイル デフォルト値: $(bsequence.name).diffgff
onworks.net サービスを使用してオンラインで diffseqe を使用する
