これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド epestfinde です。
プログラム：
NAME
epestfind - 潜在的なタンパク質分解切断部位として PEST モチーフを検索します
SYNOPSIS
エペストを見つける -シーケンス シーケンス [-mwdata データファイル] -窓 整数 -注文 選択
[-しきい値 フロート] -単核症 ブール値 -潜在的 ブール値 -貧しい ブール値
-無効 ブール値 -地図 ブール値 -outfile アウトファイル -グラフ キシグラフ
エペストを見つける -助けて
DESCRIPTION
エペストを見つける EMBOSS（「EuropeanMolecular BiologyOpen」のコマンドラインプログラムです。
ソフトウェアスイート」）。 これは、「Protein：Motifs」コマンドグループの一部です。
OPTIONS
入力
-シーケンス シーケンス
解析対象のタンパク質配列 USA。
-mwdata データファイル
デフォルト値: Emolwt.dat
必須
-窓 整数
正に荷電したアミノ酸間の最小距離。 デフォルト値: 10
-注文 選択
分析結果を保持する出力ファイルの名前。 結果は並べ替えられる場合があります
長さ、位置、スコアによって異なります。 デフォルト値: スコア
NEW
-しきい値 フロート
潜在的な PEST モチーフから弱いものを区別するための閾値。 有効な PEST モチーフは次のとおりです。
この閾値スコアに応じて、「悪い」モチーフと「潜在的な」モチーフに区別されます。 に
デフォルトでは、デフォルト値は実験データに基づいて +5.0 に設定されます。 変更は、
重要性は数学ではなく生物学の問題であるため、推奨されません。 デフォルト
値: +5.0
高機能
-単核症 ブール値
デフォルト値：N
-潜在的 ブール値
潜在的な PEST モチーフを印刷するかどうかを決定します。 デフォルト値: Y
-貧しい ブール値
不適切な PEST モチーフを印刷するかどうかを決定します。 デフォルト値: Y
-無効 ブール値
無効な PEST モチーフを印刷するかどうかを決定します。 デフォルト値: N
-地図 ブール値
PEST モチーフをシーケンスにマッピングするかどうかを決定します。 デフォルト値: Y
出力
-outfile アウトファイル
結果が書き込まれるファイルの名前。
-グラフ キシグラフ
onworks.net サービスを使用してオンラインで epestfinde を使用する
