これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドfaidxです。
プログラム：
NAME
faidx-FASTAから配列を取得する
SYNOPSIS
フェイドックス [-h] [-b BED] [-o OUT] [-i {bed、chromsizes、nucleotide、transposed}] [-c] [-r] [-n |
-NS] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d デリミタ] [-g REGEX] [-m | -NS] [-バージョン] fasta
[地域[地域...]]
DESCRIPTION
FASTAから配列を取得します。 リージョンが指定されていない場合、入力ファイルのすべてのエントリは
戻ってきた。 入力FASTAファイルは一貫して行で折り返され、出力は行で折り返される必要があります
入力行の長さに基づいています。
OPTIONS
定位置 引数
fastaFASTAファイル
地域
フェッチするシーケンスのスペースで区切られた領域（例：chr1：1-1000）
オプション 引数
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示して終了します
-b ベッド、 - ベッド BED
地域のベッドファイル
-o でる、 - アウト OUT
出力ファイル名（デフォルト：stdout）
-i {ベッド、クロムサイズ、ヌクレオチド、転置}、 - 変身
{ベッド、クロムサイズ、ヌクレオチド、転置}
要求された領域を別の形式に変換します。 デフォルト：なし
-c, - 補体
シーケンスを補完します。 デフォルト：False
-r, - 逆行する
順序を逆にします。 デフォルト：False
-n, -名前なし
出力からシーケンス名を省略します。 デフォルト：False
-f, -フルネーム
説明を含むフルネームを出力します。 デフォルト：False
-x, -分割ファイル
各リージョンを個別のファイルに書き込みます（名前はリージョンに由来します）
-l, - 怠惰
埋める --デフォルトシーケンス 欠落している範囲の場合。 デフォルト：False
-s DEFAULT_SEQ、 --デフォルトシーケンス DEFAULT_SEQ
欠落している位置とマスキングのデフォルトの基数。 デフォルト：N
-d デリミタ、 - デリミタ デリミタ
名前を複数の値に分割するための区切り文字（重複する名前は
破棄）。 デフォルト：なし
-g 正規表現、 -正規表現 正規表現
一致しないシーケンス名をフィルタリングするための正規表現。 ディフォルト： 。*
-m, --マスクとデフォルトのシーケンス
を使用してFASTAファイルをマスクする --デフォルトシーケンス デフォルト：False
-M, -マスクバイケース
小文字に変更してFASTAファイルをマスクします。 デフォルト：False
- バージョン
pyfaidxのバージョン番号を印刷する
onworks.netサービスを使用してオンラインでfaidxを使用する
