これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド fastaq-filter です。
プログラム：
NAME
fastaq_filter - シーケンスをフィルタリングしてそのサブセットを取得します
DESCRIPTION
使用法: fastaq_filter [オプション]
シーケンスの長さおよび/または正規表現と一致する名前によってシーケンス ファイルをフィルタリングします。
ポジショナル 引数：
infile フィルタリングする入力ファイルの名前
アウトファイル
出力ファイルの名前
任意 引数：
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示して終了します
--min_length INT
保持するシーケンスの最小長 [0]
--max_length INT
保持するシーケンスの最大長 [inf]
-正規表現 正規表現
指定した場合、正規表現に一致する名前を持つ読み取りのみが保持されます。
--ids_file ファイル名
指定した場合、その ID が指定されたファイルにある読み取りのみが使用されます。 XNUMX行にXNUMXつのID
ファイルにソフトウェアを指定する必要があります。
-v, - 反転
フィルターに一致しないシーケンスのみを保持します
マテ file for read 足 オプション：
--mate_in ファイル名
合致入力ファイルの名前。 使用する場合は、以下も提供する必要があります --mate_out
--mate_out ファイル名
合致出力ファイルの名前
--both_mates_pass
デフォルトでは、どちらかのメイトがフィルターを通過すると、両方が出力を読み取ります。 このフラグを使用して、
ペアの両方の読み取りがフィルターを通過する必要があります
onworks.net サービスを使用してオンラインで fastaq フィルターを使用する
