featureCounts - クラウド上のオンライン

プログラム：

NAME

featureCounts-非常に効率的で正確な読み取り要約プログラム

USAGE

機能数 [オプション] -a -o input_file1 [input_file2]
...

必須の引数：

-a
注釈ファイルの名前。 デフォルトではGTF形式。 見る -F より多くのフォーマットのオプション。

-o
読み取りカウントを含む出力ファイルの名前。 要約を含む別のファイル
カウント結果の統計も出力に含まれます（ ` 。まとめ'）

入力ファイル
BAMまたはSAM形式の入力ファイルのリスト。 ユーザーはそれがBAMまたはであると指定する必要はありません
SAM。

オプションの引数：

-A
照合に使用される染色体エイリアス名を含むコンマ区切りファイルの名前
注釈で使用される染色体名とBAM / SAM入力で使用される染色体名（
違う。 ファイル形式については、ユーザーガイドを参照してください。

-F
提供された注釈ファイルの形式を指定します。 使用可能な形式には、「GTF」と
「SAF」。 デフォルトでは「GTF」。 SAF形式の説明については、ユーザーガイドを参照してください。

-t
GTFアノテーションでフィーチャタイプを指定します。 デフォルトでは「エクソン」。 読み取りに使用される機能
カウントは、指定された値を使用して注釈から抽出されます。

-g
GTFアノテーションで属性タイプを指定します。 デフォルトでは `gene_id '。 使用されるメタ機能
読み取りカウントの場合、指定された値を使用して注釈から抽出されます。

-f 機能レベルで読み取りカウントを実行します（例：ではなくエクソンの読み取りをカウントする）
遺伝子）。

-O 重複するすべてのメタ機能（または機能の場合は機能）に読み取りを割り当てます -f is
指定）。

-s
ストランド固有の読み取りカウントを実行します。 可能な値：0（ストランドなし）、1
（座礁）および2（逆に座礁）。 デフォルトでは0。

-M マルチマッピング読み取りもカウントされます。 マルチマッピング読み取りの場合、報告されたすべての
アラインメントがカウントされます。 BAM / SAM入力の「NH」タグは検出に使用されます
マルチマッピング読み取り。

-Q
読み取りがカウントされるために満たさなければならない最小マッピング品質スコア。 にとって
ペアエンド読み取りでは、少なくとも一方の端がこの基準を満たす必要があります。 デフォルトでは0。

-T
スレッドの数。 デフォルトでは1。

-v プログラムの出力バージョン。

-J 各エクソン-エクソンジャンクションをサポートする読み取りの数を数えます。 ジャンクションは
入力のエクソンにまたがる読み取りから識別されます（CIGARの「N」を含む）
ストリング）。 カウント結果は 'という名前のファイルに保存されます.jcounts '

-G
入力SAMの生成に使用されるリファレンスゲノムを含むFastaファイルまたは
BAMファイル。 この引数は、ジャンクションカウントを行う場合にのみ必要です。

-R 読み取りごとに詳細な割り当て結果を出力します。 テキストファイルが生成されます
読み取りの名前とメタ機能/機能の読み取りを含む各入力ファイルは
に割り当てられた。 詳細については、ユーザーガイドを参照してください。

--最大の重複
重複する数が最も多いメタ機能/機能に読み取りを割り当てます
拠点。

--minOverlap
読み取りと読み取りの間に必要な重複する塩基の最小数を指定します
読み取りが割り当てられているメタ機能/機能。 デフォルトでは1。

--read2pos <5:3>
読み取りを5 'の最も塩基または3'の最も塩基に減らします。 次に、読み取りカウントが実行されます
単一の塩基に基づいて、読み取りはに削減されます。

--readExtension5 読み取りは、によってアップストリームに拡張されます彼らからの基地
5フィート終了。

--readExtension3 読み取りは、によってアップストリームに拡張されます彼らからの基地
3フィート終了。

-分数
報告されたアライメントごとに、1カウントではなく、小数カウント1 / nを使用します
読み取りカウントでのマルチマッピング読み取りの例。 nは報告されたアライメントの総数です
マルチマッピング読み取り用。 このオプションは、「-M」オプションと一緒に使用する必要があります。

- 主要な
一次線形のみをカウントします。 一次アライメントは、ビット0x100を使用して識別されます。
SAM / BAMFLAGフィールド。

--ignoreDup
読み取りカウントで重複読み取りを無視します。 重複する読み取りはビットを使用して識別されます
BAM / SAMFLAGフィールドのOx400。 読み取りのXNUMXつが次の場合、読み取りペア全体が無視されます。
ペアのエンドデータの重複読み取り。

--countSplitAlignmentsOnly スプリットアラインメントのみをカウントします（つまり、
`N 'を含むCIGAR文字列）。 スプリットアラインメントの例は、エクソンにまたがる読み取りです。
RNA-seqデータで。

-p 個々の読み取りではなく、フラグメント（読み取りペア）をカウントします。 読み取りペアごとに、
XNUMXつの読み取りは、BAM / SAM入力で互いに隣接している必要があります。

-P 読み取りペアをカウントするときは、ペアエンド距離の有効性を確認してください。 使用する -d & -D 〜へ
しきい値を設定します。

-d
フラグメント/テンプレートの最小の長さ。デフォルトでは50です。

-D
フラグメント/テンプレートの最大長、デフォルトでは600。

-B 両端が正常に位置合わせされている読み取りペアのみをカウントします。

-S
同じペアからのXNUMXつの読み取りの方向を指定します。デフォルトでは「fr」です。
（順方向/逆方向）。

-C 両端が異なる染色体にマッピングされているリードペアはカウントしないでください
または同じ染色体にマッピングしますが、異なるストランドにマッピングします。

-しないでください
BAM / SAM入力の読み取りをソートしないでください。 同じペアからの読み取りが必要であることに注意してください
入力内で隣り合って配置されます。

--maxMOp
CIGAR文字列で許可される「M」操作の最大数。 デフォルトでは10。 両方
「X」と「=」は「M」として扱われ、隣接する「M」操作はCIGARにマージされます
文字列。

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