これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド fuzznuce です。
プログラム：
NAME
fuzznuc - ヌクレオチド配列のパターンを検索します
SYNOPSIS
ファズナク -シーケンス セコール -パターン パターン -補体 ブール値 -outfile レポート
ファズナク -助けて
DESCRIPTION
ファズナク EMBOSS（「EuropeanMolecular BiologyOpen」のコマンドラインプログラムです。
ソフトウェアスイート」）。 これは、「Nucleic:Motifs」コマンド グループの一部です。
OPTIONS
入力
-シーケンス セコール
-パターン パターン
ヌクレオチドには標準の IUPAC XNUMX 文字コードが使用されます。 記号「n」は、
任意のヌクレオチドが受け入れられる位置に使用されます。 曖昧さは次のように示されます。
角括弧 '[ の間に、指定された位置で許容されるヌクレオチドをリストします。
]』。 例: [ACG] は A、C、または G を表します。曖昧さは次のようにも示されます。
一対の中括弧「{ }」の間に、受け入れられないヌクレオチドをリストします。
所定の位置で。 例: {AG} は、A と G を除く任意のヌクレオチドを表します。
パターン内の要素は、「-」によって隣の要素と区切られます。 (fuzznuc ではオプション)。
パターンの要素の繰り返しは、その要素を続けることで示すことができます
括弧内の数値または数値範囲。 例: N(3)
NNN に対応し、N(2,4) は NN または NNN または NNNN に対応します。 パターンがあるとき
配列の 5' または 3' 末端のいずれかに限定されている場合、そのパターンはいずれかで始まります。
「<」記号、またはそれぞれ「>」記号で終わります。 ピリオドでパターンが終了します。
(fuzznuc ではオプション)。 例: [CG](5)TG{A}N(1,5)C
高機能
-補体 ブール値
デフォルト値：N
出力
-outfile レポート
onworks.net サービスを使用してオンラインで fuzznuce を使用する
