これはコマンド genome-music-galaxyp で、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks の無料ホスティング プロバイダーで実行できます。
プログラム：
NAME
genome music galaxy - MuSiC ツールの完全なスイートを順番に実行します。
VERSION
このドキュメントはゲノム ミュージック ギャラクシー バージョン 0.04 について説明します (2016-01-01 at 23:10:18)
SYNOPSIS
ゲノム ミュージック ギャラクシー [--output-dir=?] --bam-list=? --output-bundle=? --roi-ファイル=?
--参照シーケンス=? --maf-ファイル=? --パスウェイファイル=? [--数値臨床データファイル=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--mutation-matrix-file=?] [--permutations=?]
[--normal-min- Depth=?] [--tumor-min- Depth=?] [--min-mapq=?] [--show-skipped]
[--genes-to-ignore=?] [--bmr=?] [--max-proximity=?] [--bmr-modifier-file=?]
[--numerical-data-test-method=?] [--skip-low-mr-genes] [--max-fdr=?]
[--genetic-data-type=?] [--wu-annotation-headers] [--bmr-groups=?]
[-- Separate-truncations] [--merge-concurrent-muts] [--skip-non-coding] [--skip-silent]
[--min-mut-genes-per-path=?] [--glm-model-file=?] [--processors=?] [--aa-range=?]
[--nuc-range=?] [--reference-build=?] [--show-known-hits] [--glm-clinical-data-file=?]
[--use-maf-in-glm] [--omimaa-dir=?] [--cosmic-dir=?] [--verbose]
[--臨床相関行列ファイル=?]
このツールは、個々のツールを実行するために必要なすべての情報をパラメータとして受け取ります。 アン
使用例は次のとおりです。
～音楽再生\
--bam-list 入力/bams_to_analyze.txt \
--numeric-clinical-data-file input/numeric_clinical_data.csv \
--maf ファイル入力/myMAF.tsv \
--output-dir play_output_dir \
--pathway-file input/pathway_db \
--reference-sequence input/refseq/all_sequences.fa \
--roi-file input/all_coding_regions.bed \
--genetic-data-type 遺伝子
REQUIRED 議論
バムリスト テキスト
BAM ファイルのタブ区切りリスト [sample_namenormal_bam tongue_bam]
出力バンドル テキスト
Galaxy が音楽出力のバンドルを保存する場所
roiファイル テキスト
ROI のタブ区切りリスト [chr start stopgene_name]
参照配列 テキスト
FASTA 形式の参照配列へのパス
mafファイル テキスト
TCGA MAF 仕様 v2.3 を使用したミューテーションのリスト
パスウェイファイル テキスト
パスウェイ情報のタブ区切りファイル
オプション 議論
出力ディレクトリ
出力ファイルとサブディレクトリが書き込まれるディレクトリ
指定しない場合のデフォルト値 ''
数値臨床データファイル テキスト
サンプル (y) と数値臨床データ カテゴリ (x) の表
カテゴリー臨床データファイル テキスト
サンプル (y) とカテゴリー別臨床データ カテゴリ (x) の表
突然変異行列ファイル テキスト
オプションで、計算中に使用されるサンプル対遺伝子の行列を保存します。
順列 数
P 値を決定するために使用される順列の数
通常の最小深さ 整数
通常の BAM ベースがカバーされているとみなすための最小読み取り深度
腫瘍の最小深さ 整数
腫瘍 BAM ベースがカバーされているとみなすための最小読み取り深度
最小マップq 整数
読み取り深さのカウントに関して考慮すべき読み取りの最小マッピング品質
ショースキップされた ブーリアン
スキップされた変異の数だけでなく、それぞれを報告します
指定しない場合のデフォルト値「false」(--noshow-skipped)
ノーショースキップ ブーリアン
ショースキップを「false」にする
無視すべき遺伝子 テキスト
バックグラウンド変異率を無視する遺伝子のカンマ区切りリスト
BMR 数
標的領域におけるバックグラウンド変異率
最大近接 テキスト
2 つの変異間の最大 AA 距離
bmr 修飾子ファイル テキスト
テスト前に BMR を変更する遺伝子ごとの値のタブ区切りリスト [gene_name]
bmr_modifier]
数値データ検定法 テキスト
ピアソン相関の「cor」またはウィルコクソン順位和検定の「wilcox」のいずれか
数値的な臨床データ。
指定されていない場合のデフォルト値「cor」
スキップ-低ミスター-遺伝子 ブーリアン
バックグラウンドMRよりも低いMRを持つ遺伝子のテストをスキップする
指定されていない場合、デフォルト値「true」
noskip-low-mr-genes ブーリアン
skip-low-mr-genesを「false」にする
最大 fdr 数
遺伝子の最大許容偽発見率をSMGと見なす
指定されていない場合のデフォルト値「0.2」
遺伝的データの種類 テキスト
マトリックス ファイル内のデータは、「遺伝子」または「バリアント」タイプのデータである必要があります
w-注釈ヘッダー ブーリアン
これを使用して wustl アノテーション形式ヘッダーをデフォルトにします
nowu-アノテーションヘッダー ブーリアン
wu-annotation-headers を「false」にする
bmr グループ 整数
同等の BMR を持つサンプルのクラスターの数
指定されていない場合のデフォルト値「1」
個別の切り捨て ブーリアン
切断型変異を別のカテゴリとしてグループ化する
指定しない場合のデフォルト値「false」(--no Separate-truncations)
個別の切り捨てなし ブーリアン
個別の切り捨てを「false」にする
マージ同時ミュート ブーリアン
同じサンプル内の遺伝子の複数の変異は 1 つとして扱われます。
指定しない場合のデフォルト値「false」(--nomerge-concurrent-muts)
nomerge-concurrent-muts ブーリアン
merge-concurrent-muts を「false」にする
スキップ・ノンコーディング ブーリアン
提供された MAF ファイルから非コーディングの突然変異をスキップします
指定されていない場合、デフォルト値「true」
noskip-ノンコーディング ブーリアン
スキップ・ノンコーディングを「false」にする
スキップサイレント ブーリアン
提供された MAF ファイルからサイレントミューテーションをスキップします
指定されていない場合、デフォルト値「true」
ノースキップサイレント ブーリアン
スキップサイレントを「false」にする
パスごとの最小 mut 遺伝子数 整数
これより少ない変異遺伝子を持つ経路は無視されます
指定されていない場合のデフォルト値「1」
glm-モデルファイル テキスト
GLM のモデル、応答変数、共変量などのタイプを概説するファイル
分析。 （詳細参照）。
プロセッサ 整数
SMG で使用するプロセッサの数 (「foreach」および「doMC」R パッケージが必要)
指定されていない場合のデフォルト値「1」
aa-範囲 整数
ヒットに近いアミノ酸を検索するときに「近い」一致がどの程度近いかを設定します
指定されていない場合のデフォルト値「2」
核範囲 整数
ヒットに近いヌクレオチド位置を検索する場合に、「近い」一致がどの程度近いかを設定します。
指定されていない場合のデフォルト値「5」
リファレンスビルド テキスト
「Build36」または「Build37」のいずれかを入力します
指定しない場合のデフォルト値「Build37」
既知のヒットを表示 ブーリアン
所見が新規である場合、その遺伝子における既知の AA を示す
指定されていない場合、デフォルト値「true」
noshow-既知のヒット ブーリアン
show-known-hits を「false」にする
glm-臨床データファイル テキスト
臨床形質、突然変異プロファイル、その他の混合臨床データ (説明を参照)。
glm での maf の使用 ブーリアン
MAF ファイルから作成されたバリアント行列をバリアント入力として使用するには、このフラグを設定します。
GLM分析。
指定しない場合のデフォルト値「false」(--nouse-maf-in-glm)
nouse-maf-in-glm ブーリアン
use-maf-in-glm を「false」にする
オミマー ディレクトリ パス
omimアミノ酸変異データベースフォルダ
宇宙ディレクトリ パス
宇宙アミノ酸変異データベースフォルダ
詳細 ブーリアン
オンにすると、より大きな作業出力が表示されます
指定されていない場合、デフォルト値「true」
ノーバーボース ブーリアン
冗長を「false」にする
臨床相関行列ファイル テキスト
オプションで、計算中に内部的に使用されるサンプル対遺伝子行列を保存します。
DESCRIPTION
このコマンドを使用すると、一連のデータに対してすべての MuSiC 分析ツールを実行できます。 お願いします
パラメータの詳細については、個々のツールを参照してください。
作者
トーマス・B・ムーニー、ミシシッピ州
CREDITS
クレジットをご覧ください ゲノムミュージックとします。
onworks.net サービスを使用して genome-music-galaxyp をオンラインで使用する
