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プログラム：

NAME

ゲノム音楽生存 - 臨床的および突然変異の生存プロットと P 値を作成します。
表現型。

VERSION

このドキュメントはゲノム ミュージック サバイバル バージョン 0.04 について説明します (2016-01-01 at 23:10:18)

SYNOPSIS

ゲノムミュージックサバイバル --bam-list=? --出力ディレクトリ=? [--maf-file=?] [--skip-silent]
[--genetic-data-type=?] [--numeric-clinical-data-file=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--glm-clinical-data-file=?]
[--phenotypes-to-include=?] [--legend-placement=?] [--skip-non-coding]

～ミュージックサバイバル\
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--数値臨床データファイル /path/myNumericData.tsv \
--categorical-clinical-data-file /path/myClassData.tsv \
--output-dir /パス/出力ディレクトリ

～ミュージックサバイバル\
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--glm-臨床データファイル /path/myGLMClinicalData.tsv \
--output-dir /パス/出力ディレクトリ

～ミュージックサバイバル\
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--genetic-data-type 'gene' \
--glm-臨床データファイル /path/myGlmClinicalData.tsv \
--「人種、性別、TP53」を含める表現型 \
--output-dir /パス/出力ディレクトリ

REQUIRED 議論

バムリスト テキスト
分析に含めるサンプル名のリスト。 （詳細参照）

出力ディレクトリ テキスト
出力ファイルが書き込まれるディレクトリ

オプション 議論

mafファイル テキスト
MAF形式の突然変異のリスト

スキップサイレント ブーリアン
提供された MAF ファイルからサイレントミューテーションをスキップします

指定されていない場合、デフォルト値「true」

ノースキップサイレント ブーリアン
スキップサイレントを「false」にする

遺伝的データの種類 テキスト
臨床データを「遺伝子」または「バリアント」レベルのデータに関連付けます

指定しない場合のデフォルト値「gene」

数値臨床データファイル テキスト
サンプル (y) と数値臨床データ カテゴリ (x) の表

カテゴリー臨床データファイル テキスト
サンプル (y) とカテゴリー別臨床データ カテゴリ (x) の表

glm-臨床データファイル テキスト
臨床形質、突然変異プロファイル、その他の混合臨床データ (説明を参照)。

含める表現型 テキスト
解析にはこれらの遺伝子および/または表現型のみを含めます。 （カンマ区切り）

凡例の配置 テキスト
「左下」、「左上」、「右上」、または「右下」のいずれかを選択します。

指定されていない場合のデフォルト値「bottomleft」

スキップ・ノンコーディング ブーリアン
提供された MAF ファイルから非コーディングの突然変異をスキップします

指定されていない場合、デフォルト値「true」

noskip-ノンコーディング ブーリアン
スキップ・ノンコーディングを「false」にする

DESCRIPTION

このコマンドは生存分析を実行し、次のように突然変異データの生存曲線をプロットします。
--phenotypes-to-include 入力で指定された対象の臨床形質も同様
パラメータ。 実行される分析には、カプラン マイヤー推定量とそれに続くコックス推定量が含まれます。
比例ハザードモデル。 分析された各遺伝子/臨床形質の出力には生存率が含まれます
曲線、ハザード比 (信頼区間付き)、および P 値と FDR を説明します。
生存者と非生存者の違いの重要性。

すべての臨床データ ファイルは、必須の (大文字と小文字を区別しない) 「vital_status」を検索します。
および「days_to_last_followup」列は、サンプル ID を介して表現型とペアになっています。
生存分析。 すべての臨床データ ファイルの最初の列にはサンプルが含まれている必要があります。
ID。他の MuSiC ツールと同じです。 デフォルトでは、存在するすべての遺伝子に対して分析が実行されます。
MAFで。 オプションで、特定の遺伝子をリストすることにより、分析を特定の遺伝子のみに限定することもできます。
(カンマ区切り) --phenotypes-to-include 入力パラメーターの後に指定します。 生存分析では、
列ヘッダーを追加することで、臨床データ ファイルの他の列でも実行できます。
--phenotypes-to-include 入力パラメータの後に指定されたエントリのリストに追加します。

臨床データ入力ファイルを作成するための一般的なガイドラインをいくつか示します。

· ヘッダーは必須です。

· 各臨床データ ファイルの最初の列には、サンプル ID と一致するサンプル ID が含まれている必要があります。
--bam-list と MAF バリアント リストの両方 (MAF では、これは
具体的には Tumor_Sample_Barcode 列)。

· 少なくとも XNUMX つの臨床データ ファイル入力で、ヘッダー「vital_status」を持つ列
および「days_to_last_followup」(大文字と小文字は区別されません) が存在する必要があります。 「vital_status」は次のようにする必要があります
1 と 0 で区切られます。0 は「生存」を示し、1 は「死亡」を示します。

すべての入力ファイルはタブで区切る必要があることに注意してください。

議論

--bam-list
サンプル名とそれぞれの正常/腫瘍 BAM の場所を含むファイルを提供します。 使用
XNUMX 行ごとにタブ区切りの形式 [sample_namenormal_bam腫瘍_bam]。 このツールのみ
にはsample_nameが必要なので、他のすべての列はスキップできます。 Sample_name は次のようにする必要があります。
MAF ファイルで使用される腫瘍サンプル名と同じ (16 列目、ヘッダー付き)
腫瘍_サンプル_バーコード)。

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