geom - クラウド上のオンライン

プログラム：

NAME

geom - デカルト座標で入力された分子幾何学を分析します。

DESCRIPTION

プログラム ジオム 一連のデカルト座標を読み取り、そこから結合を決定します。
距離 (ボーアおよびオングストローム)、結合角、ねじれ角、面外角
(オプション)、慣性モーメント、および回転定数。

ファイル REQUIRED

input.dat - 入力ファイル
および次のいずれか:
geom.dat - ジオメトリ ファイル
file11.dat - PSI 形式のジオメトリ/グラデーション ファイル

ファイル 生成された

geom.out - 分析を含むファイル

入力 OPTIONS

　 ジオム プログラムには次のオプションがあります。

-h ヘルプ情報を印刷します (これらのオプション)。

-エース [ファイル名]
ACES 出力形式で入力を読み取ります。各行はアトミックで構成されます。
記号、原子番号、およびデカルト座標 (ボーア単位)。 オプションの引数
ジオメトリ入力ファイルの名前です。デフォルトは ジオム.dat.

-qchem [ファイル名]
各行がアトムで構成される、QCHEM 出力形式で入力を読み取ります。
数値、原子記号、デカルト座標 (オングストローム単位)。 オプションの
引数はジオメトリ入力ファイルの名前です。デフォルトは次のとおりです。 ジオム.dat.

-xyz [ファイル名]
XYZ 出力形式で入力を読み取ります。 最初の行には次の数が含まれます。
アトムであり、XNUMX 行目はコメント行です。 後続の各行には、
原子記号とデカルト XY および Z 座標 (オングストローム単位)。 オプションの
引数はジオメトリ入力ファイルの名前です。デフォルトは次のとおりです。 ジオム.dat.

-おっと 面外角度を出力します。角度 abcd は形成される角度として定義されます。
ベクトル ad と原子 b、c、d によって定義される平面によって決まります。

DO_OOP = ブール値
上で説明したコマンドライン スイッチ -oop と同じです。

同位体 = マトリックス of 実数/文字列
重心の計算に使用される質量を指定するために使用されます。
回転定数。 計算されるアイソトポマーごとに XNUMX つのアレイが提供されます。
配列では、浮動小数点数と同位体を指定する文字列を混合できます。
この配列が指定されておらず、file11.dat が存在する場合、質量は次のようになります。
file11の原子番号を変換して得られます。 ミサが提供されない場合は、
ISOTOPES または file11 による場合、質量関連の量は計算されません。

-g [ファイル名]
file11.dat 以外のファイルからデカルト座標を読み取ります。 ファイル名がそうでない場合は、
したがって、デフォルトは geom.dat です。 代替ファイルは次の形式であると想定されます。
PSI の geom.dat に似ています。 このようなファイルには原子番号が含まれていないため、
このオプションを選択した場合、慣性モーメントと回転定数は計算されません。
使用されている。

READ_GEOM = ブール値
input.dat のこのオプションは、 ジオム PSI の geom.dat からジオメトリを読み取る
geom.dat 形式。

-a すべてのペア距離のパラメータを出力します。

PRINT_ALL_DIST = ブール値
上で説明した -a フラグと同じです。

-d 距離
以下の原子のペアを含むパラメータのみを出力します。 距離 ボーア
離れています (デフォルト値は 4.0 ボーアです)。

PRINT_DISTANCE = 値
上で説明した -d フラグと同じです。

-オングストローム
入力座標はボーア単位ではなくオングストローム単位です。

オングストローム = ブール値
If TRUE、入力座標はボーア単位ではなくオングストローム単位です。 デフォルトは
間違った情報.

次の例は、水の幾何学的情報を計算するためのものです。
いくつかの異なる同位体。 ジオメトリは、geom.dat からではなく、geom.dat から読み取られます。
ファイル11.dat。

ジオム: (
read_geom = true
同位体 = (
(ああ)
（奇数）
(O18 1.007825 1.007825)
））

5 6月、1998 ジオム(1)

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