これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの 2 つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド GlamXNUMX-purge です。
プログラム：
NAME
Glam2-purge - FASTA ファイルから冗長シーケンスを削除します
SYNOPSIS
グラム2パージ file スコア [オプション]
DESCRIPTION
グラム2パージ Andrew Neuwald の修正バージョンです。 冗長なものを削除するプログラム
FASTA ファイルからのシーケンス。 類似性の高いものを防ぐためにこれをお勧めします
モチーフの検索を歪める配列。 パージは DNA またはタンパク質のいずれかで機能します
シーケンスを作成し、XNUMX つのシーケンスに（ギャップのない）ローカル シーケンスが存在しないように出力ファイルを作成します。
ユーザーが指定したしきい値を超えるアライメント スコア。 出力ファイルの名前は
。 。 アライメント スコアは、タンパク質の BLOSUM62 マトリックスと、
DNA の +5/-1 スコアリング スキーム。 パージは、タンデムリピートをマスクするために使用することもできます。 それは、
この目的のための XNU プログラム。
OPTIONS
-n
シーケンスは DNA (デフォルト: タンパク質) です。
-b
ブラストヒューリスティック法を使用します (タンパク質のデフォルト)。
-e
徹底的な方法を使用します (DNA のデフォルト)。
-q
セット内の最初のシーケンスを保持します。
-x
xnu を使用してタンパク質のタンデムリピートをマスクします。
onworks.net サービスを使用してオンラインで Glam2-purge を使用する
