gmx-anaeig - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

gmx-anaeig - 固有ベクトル/ノーマル モードを分析する

SYNOPSIS

gmx アナエイグ [-v [<.trr / .cpt / ...>]] [-v2 [<.trr / .cpt / ...>]]
[-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]]
[-n [<.ndx>]] [-eig [<.xvg>]] [-eig2 [<.xvg>]]
[-コンプ [<.xvg>]] [-rmsf [<.xvg>]] [-プロジェクト [<.xvg>]]
[-2d [<.xvg>]] [-3d [<.gro / .g96 / ...>]]
[-フィルター [<.xtc / .trr / ...>]] [-エクストラ [<.xtc / .trr / ...>]]
[-以上 [<.xvg>]] [-inpr [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-あなた ] [-[今] [-xvg ]
[-最初 ] [-過去 ] [-スキップ ] [-最大 ]
[-nframes ] [-[いいえ]分割] [-[いいえ]エントロピー]
[-臨時雇用者 ] [-nevskip ]

DESCRIPTION

GMX アナエイグ 固有ベクトルを分析します。 固有ベクトルは、共分散行列 (GMX
コバール) またはノーマル モード解析 (GMX ンメイグ).

軌跡が固有ベクトルに射影されると、すべての構造が構造に適合します
存在する場合は固有ベクトル ファイルに、存在しない場合は構造体ファイルの構造体に。
実行入力ファイルが指定されていない場合、周期性は考慮されません。 多くの
解析は固有ベクトルに対して実行されます -最初 〜へ -過去、 でもいつ -最初 -1 に設定されています
選択を求められます。

-コンプ: 固有ベクトルの原子ごとのベクトル コンポーネントをプロットします。 -最初 〜へ -過去.

-rmsf: 固有ベクトルの原子ごとの RMS ゆらぎをプロットします。 -最初 〜へ -過去 （必要とする -eig).

-プロジェクト: 固有ベクトル上の軌跡の射影を計算します -最初 〜へ -過去を選択します。
共分散行列の固有ベクトル上の軌跡の射影は、
主成分 (pc)。 PC のコサインの内容を確認すると便利なことがよくあります。
ランダム拡散の pc は周期数が半分のコサインであるため、
pc インデックス。 PC のコサイン コンテンツは、プログラムで計算できます。 GMX
分析します.

-2d: 固有ベクトル上の軌道の 2 次元射影を計算します -最初 & -過去.

-3d: 最初の 3 つの選択された固有ベクトルで軌道の XNUMXD 投影を計算します。

-フィルター: 軌跡をフィルタリングして、固有ベクトルに沿った動きのみを表示します -最初 〜へ -過去.

-エクストラ: 平均構造上の軌跡に沿って XNUMX つの極端な投影を計算します。
補間する -nframes それらの間のフレーム、またはあなた自身の極値を -最大を選択します。
固有ベクトル -最初 でなければ書かれる -最初 & -過去 で明示的に設定されている
この場合、すべての固有ベクトルは別のファイルに書き込まれます。 チェーン識別子は
を書くときに追加 .pdb XNUMX つまたは XNUMX つの構造を持つファイル (次を使用できます) ラスモール -nmrpdb 〜へ
そのようなものを見る .pdb ファイル）。

重複 計算 の間に 共分散 分析
注： 解析は同じフィッティング構造を使用する必要があります

-以上: ファイル内の固有ベクトルの部分空間オーバーラップを計算します -v2 固有ベクトルを使用
-最初 〜へ -過去 ファイル内 -v.

-inpr: ファイル内の固有ベクトル間の内積行列を計算します -v & -v2。 すべて
両方のファイルの固有ベクトルが使用されます。 -最初 & -過去 明示的に設定されています。

日時 -v, -eig, -v2 & -eig2 の間のオーバーラップの単一の数値が与えられます。
共分散行列が生成されます。 式は次のとおりです。

差 = sqrt(tr((sqrt(M1) - sqrt(M2))^2))
正規化されたオーバーラップ = 1 - 差/sqrt(tr(M1) + tr(M2))
形状の重なり = 1 - sqrt(tr((sqrt(M1/tr(M1)) - sqrt(M2/tr(M2)))^2))

ここで、M1 と M2 は XNUMX つの共分散行列で、tr は行列のトレースです。 の
数値は、変動の平方根の重なりに比例します。 の
正規化されたオーバーラップが最も有用な数値です。同一の行列の場合は 1 で、次の場合は 0 です。
サンプリングされた部分空間は直交しています。

時 -エントロピ フラグを指定すると、エントロピーの推定値が次の値に基づいて計算されます。
準調和的アプローチであり、シュリッターの公式に基づいています。

OPTIONS

入力ファイルを指定するオプション：

-v [<.trr / .cpt / ...>] （eigenvec.trr）
完全な精度の軌道： てら CPT tng

-v2 [<.trr / .cpt / ...>] (eigenvec2.trr) （オプション）
完全な精度の軌道： てら CPT tng

-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc） （オプション）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] （topol.tpr） （オプション）
構造+質量（db）： tpr gro g96 pdb 壊れた

-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル

-eig [<.xvg>] （eigenval.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-eig2 [<.xvg>] (eigenval2.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

出力ファイルを指定するオプション：

-コンプ [<.xvg>] (eigcomp.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-rmsf [<.xvg>] (eigmsf.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-プロジェクト [<.xvg>] (proj.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-2d [<.xvg>] (2dproj.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-3d [<.gro / .g96 / ...>] (3dproj.pdb) （オプション）
構造ファイル： gro g96 pdb 壊れた ent esp

-フィルター [<.xtc / .trr / ...>] (フィルター済み.xtc) （オプション）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng

-エクストラ [<.xtc / .trr / ...>] (エクストリーム.pdb) （オプション）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng

-以上 [<.xvg>] (オーバーラップ.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-inpr [<.xpm>] (inprod.xpm) （オプション）
XPixMap互換のマトリックスファイル

その他のオプション：

-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）

-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）

-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します

-あなた （ps）
時間値の単位：fs、ps、ns、us、ms、s

-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps & .pdb ファイル

-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし

-最初 (1)
解析用の最初の固有ベクトル (-1 を選択)

-過去 （-1）
解析用の最後の固有ベクトル (-1 は最後まで)

-スキップ (1)
nr 番目のフレームごとにのみ分析する

-最大 (0)
平均構造上の固有ベクトルの射影の最大値、max=0 は、
両極端

-nframes (2)
極値出力のフレーム数

-[いいえ]分割 （いいえ）
時間がゼロの固有ベクトル射影を分割する

-[いいえ]エントロピー （いいえ）
準調和公式またはシュリッター法に従ってエントロピーを計算します。

-臨時雇用者 (298.15)
エントロピー計算の温度

-nevskip (6)
準高調波によるエントロピーを計算するときにスキップする固有値の数
近似。 の前に回転および/または並進フィットを行うとき
共分散分析では、ゼロに非常に近い 3 つまたは 6 つの固有値が得られます。
エントロピーを計算するときに考慮すべきではありません。

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