gmx-angle - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

gmx-angle - 角度と二面角の分布と相関を計算する

SYNOPSIS

gmx 角度 [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-od [<.xvg>]]
[-ov [<.xvg>]] [-の [<.xvg>]] [-ot [<.xvg>]] [-おお [<.xvg>]]
[-oc [<.xvg>]] [または [<.trr>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[今] [-xvg ] [型 ]
[-[いいえ]すべて] [-binwidth ] [-[いいえ]定期的]
[-[いいえ]チャンドラー] [-[いいえ] avercorr] [-アクレン ]
[-[no]正規化] [-P ] [-fitfn ]
[-開始 ] [-エンドフィット ]

DESCRIPTION

GMX 角度 角度または二面角の数の角度分布を計算します。

オプションを使用すると -ovの関数として、角度のグループの平均角度をプロットできます。
時間。 とともに -すべて オプション、最初のグラフは平均で、残りは個人です
角度。

-の オプション、 GMX 角度 トランス二面体の分数も計算します (
二面体) を時間の関数として表しますが、これはおそらく一部の人にとってのみ楽しいものです。

オプションを使用すると -oc、二面体相関関数が計算されます。

インデックス ファイルには、角度または原子の原子トリプレットが含まれている必要があることに注意してください。
二面体の四重項。 そうでない場合、プログラムはクラッシュします。

オプションを使用すると または、選択した二面体のcosとsinを含む軌跡ファイルがダンプされます
角度。その後、次を使用して主成分分析の入力として使用できます
GMX コバール.

オプション -ot 多重度 3 の二面体回転異性体と
-おお 入力を仮定して、そのような遷移間の時間のヒストグラムを記録します
軌道フレームは時間的に等間隔です。

OPTIONS

入力ファイルを指定するオプション：

-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (角度.ndx)
インデックスファイル

出力ファイルを指定するオプション：

-od [<.xvg>] (angdist.xvg)
xvgr / xmgrファイル

-ov [<.xvg>] (angaver.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-の [<.xvg>] (dihfrac.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-ot [<.xvg>] (dihtrans.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-おお [<.xvg>] (trhisto.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-oc [<.xvg>] (dihcorr.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

または [<.trr>] （traj.trr） （オプション）
ポータブル xdr 形式の軌跡

その他のオプション：

-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）

-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）

-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します

-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps 　 .pdb ファイル

-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし

型 （角度）
分析する角度のタイプ: 角度、二面角、不適切、ryckaert-bellemans

-[いいえ]すべて （いいえ）
平均ファイルにすべての角度を個別にプロットします。
インデックスファイル。

-binwidth (1)
分布を計算するためのビン幅 (度)

-[いいえ]定期的 （はい）
360 度を法とする上反角を印刷します

-[いいえ]チャンドラー （いいえ）
コサインではなく、チャンドラー相関関数 (N[trans] = 1、N[gauche] = 0) を使用します。
相関関数。 トランスは phi < -60 または phi > 60 として定義されます。

-[いいえ] avercorr （いいえ）
個々の角度/二面角の相関関数を平均化します

-アクレン （-1）
ACFの長さ、デフォルトはフレーム数の半分です

-[no]正規化 （はい）
ACFを正規化する

-P (0)
ACFのルジャンドル多項式の次数（0はなしを示します）：0、1、2、3

-fitfn （なし）
フィット関数：なし、exp、aexp、exp_exp、exp5、exp7、exp9

-開始 (0)
相関関数の指数フィットを開始する時間

-エンドフィット （-1）
相関関数の指数フィットを終了する時間-1は、
end

KNOWN 問題

· 遷移のカウントは、多重度 3 の二面体に対してのみ機能します

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