これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドgmx-dyndomです。
プログラム：
NAME
gmx-dyndom-構造体の回転を内挿および外挿
SYNOPSIS
gmx ダインドム [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc / .trr / ...>]]
[-ファーストアングル ] [-ラストアングル ] [-nframe ]
[-マックスアングル ] [-トランス ] [-頭 ]
[-尾 ]
DESCRIPTION
GMX 王朝 を読む .pdb DynDomからのファイル出力（http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/）。 それ
座標、回転軸の座標、およびを含むインデックスファイルを読み取ります
ドメイン。 さらに、コマンドとして矢印ファイルの最初と最後のアトムを取ります
行引数（頭と尾）そして最後にそれは翻訳ベクトルを取ります（
DynDom情報ファイル）および回転角（コマンドライン引数としても）。 角度の場合
DynDomによって決定されたものが与えられると、に使用されるXNUMX番目の構造を回復できるはずです。
DynDom出力を生成します。 数値の精度が限られているため、これは
全原子RMSDを計算することによって検証されます（を使用して GMX 確認）ファイル比較ではなく
（diffを使用）。
このプログラムの目的は、によって検出された回転を内挿および外挿することです。
DynDom。 結果として、長いまたは短い結合、または重なり合う原子を持つ非物理的構造
生産される可能性があります。 目視検査、およびエネルギー最小化が検証に必要な場合があります
構造。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.pdb>] （dyndom.pdb）
タンパク質データバンクファイル
-n [<.ndx>] （domains.ndx）
インデックスファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-o [<.xtc / .trr / ...>] （rotated.xtc）
軌道： xtc てら gro g96 pdb tng
その他のオプション：
-ファーストアングル (0)
回転ベクトルを中心とした回転角
-ラストアングル (0)
回転ベクトルを中心とした回転角
-nframe (11)
経路のステップ数
-マックスアングル (0)
DymDomは回転ベクトルを中心に回転角を決定しました
-トランス (0)
回転ベクトルに沿った平行移動（オングストローム）（DynDom情報ファイルを参照）
-頭 (0 0 0)
矢印ベクトルの最初の原子
-尾 (0 0 0)
矢印ベクトルの最後の原子
onworks.netサービスを使用してオンラインでgmx-dyndomを使用する
