gmx-energy - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

gmx-energy - エネルギーを xvg ファイルに書き込み、平均を表示します

SYNOPSIS

GMX エネルギー [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[-ヴィオール [<.xvg>]] [-ペア [<.xvg>]] [-オーラ [<.xvg>]]
[-オルト [<.xvg>]] [-小田 [<.xvg>]] [-odr [<.xvg>]]
[-odt [<.xvg>]] [-おてん [<.xvg>]] [-corr [<.xvg>]]
[-vis [<.xvg>]] [-ravg [<.xvg>]] [-ああ [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[今] [-xvg ] [-[無料]
[-フェテンプ ] [-ゼロ ] [-[いいえ]合計] [-[いいえ]dp]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-[いいえ]ムトット] [-スキップ ]
[- [いいえ] バー] [-nmol ] [-[no]fluct_props]
[-[いいえ]ドリフトコア] [-[いいえ]フラク] [-[いいえ]オリンスト] [-[いいえ]オベック]
[-アクレン ] [-[no]正規化] [-P ]
[-fitfn ] [-開始 ] [-エンドフィット ]

DESCRIPTION

GMX エネルギー エネルギーファイルからエネルギー成分または距離制約データを抽出します。 の
ユーザーは、希望するエネルギー項を対話的に選択するよう求められます。

平均、RMSD、およびドリフトはシミュレーションから完全な精度で計算されます (「
印刷されたマニュアル)。 ドリフトは、データの最小二乗近似を実行することによって計算されます。
直線。 報告される合計ドリフトは、最初と最後のフィットの差です。
点。 平均の誤差推定値は、5 ブロックにわたるブロック平均に基づいて与えられます。
完全精度の平均を使用します。 誤差推定は複数のブロックにわたって実行できます。
オプションを使用した長さ -nbmin & -nbmax. Note ほとんどの場合、エネルギーファイルは
すべての MD ステップにわたる平均、またはフレーム数よりも多くのポイントにわたる平均が含まれます。
エネルギーファイル。 これにより、 GMX エネルギー 統計出力は、 .xvg
出力。 正確な平均がエネルギー ファイルに存在しない場合、記載されている統計は
上記は単に単一のフレームごとのエネルギー値を超えています。

変動という用語は、最小二乗近似の周りの RMSD を与えます。

正しいエネルギー項があれば、一部の変動依存特性を計算できます。
が選択されていること、およびコマンド ライン オプション -fluct_props が与えられる。 以下
プロパティが計算されます。

┌───────────────┬───── ────┐
│物件 │ エネルギー条件が必要 │
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ ────┤
│熱容量 C_p (NPT sims): │ エンタルピー、温度 │
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ ────┤
│熱容量 C_v (NVT sims): │ Etot、Temp │
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ ────┤
│熱膨張係数(NPT): │ エンタルピー、体積、温度 │
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ ────┤
│等温圧縮率: │ 体積、温度 │
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ ────┤
│断熱体積弾性率: │ 体積、温度 │
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ ────┘

常に分子の数を設定する必要があります -nmol。 C_p/C_v の計算は次のことを行います。
量子効果の修正が含まれます。 使用 GMX ドス 必要に応じてプログラムを実行してください (そして
あなたがやる）。

時 -ヴィオール オプションが設定されている場合、時間平均された違反がプロットされ、実行中の
違反の時間平均および瞬間合計が再計算されます。 追加で実行中
選択したペア間の時間平均距離と瞬間距離は、
-ペア オプションを選択します。

オプション -オーラ, -オルト, -小田, -odr & -odt 方向拘束データの解析に使用されます。
最初の XNUMX つのオプションは方向をプロットし、最後の XNUMX つは方向の偏差をプロットします。
実験値からの方向。 「a」で終わるオプションは、
拘束の関数としての時間の経過に伴う平均。 「t」で終わるオプションは、
ユーザーは拘束ラベル番号を取得し、データを時間の関数としてプロットします。 オプション -odr
は、RMS 偏差を拘束の関数としてプロットします。 ランにタイムまたはアンサンブルを使用した場合
平均方向拘束、オプション -orinst 瞬時の分析に使用できます。
時間とアンサンブルの代わりに、アンサンブルで平均化された方位と偏差ではない
平均。

オプション -おてん 各配向の分子オーダーテンソルの固有値をプロットします
拘束実験。 オプションあり -オベック 固有ベクトルもプロットされます。

オプション -ああ 自由エネルギー データ (ハミルト差分および/または
ハミルトニアン導関数 dhdl) から エネルギー.edr ファイルにソフトウェアを指定する必要があります。

-手数料 理想気体との自由エネルギーの差の推定値が計算されます。
状態：

デルタ A = A(N,V,T) - A_idealgas(N,V,T) = kT ln( )
デルタ G = G(N,p,T) - G_idealgas(N,p,T) = kT ln( )

ここで、k はボルツマン定数、T は次のように設定されます。 -フェテンプ そして平均はアンサンブルを上回っています
(または軌跡内の時間)。 これは原則として平均する場合にのみ正しいことに注意してください。
(ボルツマン) アンサンブル全体にわたって、位置エネルギーを使用します。 これにより、次のことも可能になります
以下を使用したエントロピー推定:

デルタ S(N,V,T) = S(N,V,T) - S_idealgas(N,V,T) = ( - デルタ A)/T
デルタ S(N,p,T) = S(N,p,T) - S_idealgas(N,p,T) = ( + pV - デルタ G)/T

XNUMX 番目のエネルギー ファイルが指定された場合 (-f2)、自由エネルギーの差は次のように計算されます。

dF = -kT ln( _A)、

ここで、E_A と E_B は XNUMX 番目と XNUMX 番目のエネルギー ファイルからのエネルギーであり、平均
自由エネルギーの差の移動平均は、アンサンブル A に出力されます。
によって指定されたファイル -ravg. Note エネルギーは両方とも同じものから計算されなければならないということ
軌道。

OPTIONS

入力ファイルを指定するオプション：

-f [<.edr>] （ener.edr）
エネルギーファイル

-f2 [<.edr>] （ener.edr） （オプション）
エネルギーファイル

-s [<.tpr>] （topol.tpr） （オプション）
ポータブルxdr実行入力ファイル

出力ファイルを指定するオプション：

-o [<.xvg>] (エネルギー.xvg)
xvgr / xmgrファイル

-ヴィオール [<.xvg>] (violaver.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-ペア [<.xvg>] (ペア.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-オーラ [<.xvg>] (オリエンタ.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-オルト [<.xvg>] (orientt.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-小田 [<.xvg>] (オリデバ.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-odr [<.xvg>] (ordevr.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-odt [<.xvg>] (ordevt.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-おてん [<.xvg>] (oriten.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-corr [<.xvg>] (enecorr.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-vis [<.xvg>] (visco.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-ravg [<.xvg>] (runavgdf.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-ああ [<.xvg>] （dhdl.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル

その他のオプション：

-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）

-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）

-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps & .pdb ファイル

-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし

-[無料 （いいえ）
フリーエネルギーの見積もりを行う

-フェテンプ (300)
自由エネルギー計算の基準温度

-ゼロ (0)
ゼロ点エネルギーを減算する

-[いいえ]合計 （いいえ）
選択したエネルギー項をすべて表示するのではなく合計します

-[いいえ]dp （いいえ）
高精度の印刷エネルギー

-nbmin (5)
誤差推定のための最小ブロック数

-nbmax (5)
誤差推定のための最大ブロック数

-[いいえ]ムトット （いいえ）
成分から総双極子モーメントを計算します。

-スキップ (0)
データポイント間のスキップフレーム数

- [いいえ] バー （いいえ）
エネルギーフレームに保存されている正確な平均値とrmsdも出力します（1項の場合のみ）
要求されます）

-nmol (1)
サンプル内の分子の数: エネルギーをこの数で割ります。

-[no]fluct_props （いいえ）
熱容量などのエネルギー変動に基づいてプロパティを計算します

-[いいえ]ドリフトコア （いいえ）
変動特性の計算にのみ役立ちます。 の漂流
観測量は変動特性を計算する前に差し引かれます。

-[いいえ]フラク （いいえ）
エネルギーそのものではなく、エネルギー変動の自己相関を計算します

-[いいえ]オリンスト （いいえ）
瞬間的な姿勢データを分析する

-[いいえ]オベック （いいえ）
また、固有ベクトルを次のようにプロットします。 -おてん

-アクレン （-1）
ACFの長さ、デフォルトはフレーム数の半分です

-[no]正規化 （はい）
ACFを正規化する

-P (0)
ACFのルジャンドル多項式の次数（0はなしを示します）：0、1、2、3

-fitfn （なし）
フィット関数：なし、exp、aexp、exp_exp、exp5、exp7、exp9

-開始 (0)
相関関数の指数フィットを開始する時間

-エンドフィット （-1）
相関関数の指数フィットを終了する時間-1は、
end

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