これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-filter です。
プログラム：
NAME
gmx-filter - スムーズなムービーの作成に役立つ周波数フィルターの軌跡
SYNOPSIS
gmx フィルター [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ol [<.xtc / .trr / ...>]] [-おお [<.xtc / .trr / ...>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-[今] [-nf ]
[-[いいえ]すべて] [-[no] nojump] [-[no]適合]
DESCRIPTION
GMX filter 軌道に対して周波数フィルタリングを実行します。 フィルタの形状は cos(pi t/A) です。
-A から +A までの + 1 (A はオプションで指定されます) -nf 入力のタイムステップの倍
軌跡。 このフィルタは、周期 A の変動を 85%、周期 2*A の変動を 50% 削減します。
ローパスフィルタリングの場合は、周期 3*A で 17% になります。 ローパスとハイパスの両方のフィルターが適用されます
軌跡を書くことができます。
オプション -ol ローパス フィルター処理された軌跡を書き込みます。 フレームは毎回書き込まれます -nf
フレーム。 フィルタ長と出力間隔のこの比率により、
高周波モーションのエイリアシング。スムーズなムービーの作成に役立ちます。 平均値も
すべての入力フレームのため、座標内で線形であるプロパティが保持されます。
出力では均等に重み付けされます。 すべてのフレームが必要な場合は、 -すべて オプションを選択します。
オプション -おお ハイパスフィルター処理された軌跡を書き込みます。 ハイパスフィルターをかけた座標は次のとおりです。
構造ファイルからの座標に追加されます。 ハイパスフィルターを使用する場合は、 -フィット
または、構造内の座標に適合した軌道を使用していることを確認してください。
ファイルにソフトウェアを指定する必要があります。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] （topol.tpr） （オプション）
構造+質量（db）： tpr gro g96 pdb 壊れた
-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-ol [<.xtc / .trr / ...>] (ローパス.xtc) （オプション）
軌道： xtc てら gro g96 pdb tng
-おお [<.xtc / .trr / ...>] (ハイパス.xtc) （オプション）
軌道： xtc てら gro g96 pdb tng
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps .pdb ファイル
-nf (10)
ローパスフィルターのフィルター長と出力間隔を設定します。
-[いいえ]すべて （いいえ）
ローパス フィルター処理されたすべてのフレームを書き込む
-[no] nojump （はい）
ボックス全体の原子のジャンプを削除します
-[no]適合 （いいえ）
すべてのフレームを参照構造に適合させる
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-filter を使用する
