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プログラム：

NAME

gmx-insert-molecules-既存の空孔に分子を挿入します

SYNOPSIS

gmx挿入分子[-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-これ [<.gro / .g96 / ...>]]
[-ip [<.dat>]] [-o [<.gro / .g96 / ...>]] [-ボックス ]
[-nmol ] [-試す ] [-シード ]
[-半径 ] [-規模 ] [-博士 ]
[-腐敗 ]

DESCRIPTION

GMX 挿入分子 インサート -nmol で指定されたシステムのコピー -これ 入力ファイル。
挿入は、で与えられた溶質コンフォメーションの空きスペースのいずれかに行われます。
-f、またはによって与えられた空のボックスに -ボックス。 両方を指定する -f & -ボックス のように振る舞う -f、 だけど
挿入する前に、溶質の周りに新しいボックスを配置します。 存在する速度はすべて
破棄されました。

デフォルトでは、挿入位置はランダムです（初期シードはによって指定されます） -シード）。 ザ
プログラムはまで繰り返されます -nmol ボックスに分子が挿入されています。 分子はそうではありません
既存の原子と挿入された原子の間の距離が挿入された場所
分子は、両方の原子のファンデルワールス半径に基づく合計よりも小さくなります。 データベース
(vdwradii.dat）のファンデルワールス半径がプログラムによって読み取られ、結果の半径が
によってスケーリング -規模。 データベースに半径が見つからない場合、それらの原子には
（事前スケーリングされた）距離 -半径.

の合計 -nmol * -試す 挿入はあきらめる前に行われます。 増加 -試す あなたの場合
埋める小さな穴がいくつかあります。 オプション -腐敗 挿入分子かどうかを指定します
挿入を試みる前にランダムに方向付けられます。

あるいは、分子は、positions.datで定義された位置にのみ挿入できます。
(-ip）。 そのファイルには3つの列（x、y、z）が必要であり、
入力分子の位置（-これ）。 したがって、そのファイルに絶対値が含まれている必要がある場合
位置、分子は使用する前に（0,0,0）の中心にある必要があります GMX 挿入分子
（例： GMX editconf -センター）。 そのファイル内の＃で始まるコメントは無視されます。
オプション -博士 挿入試行中に最大許容変位を定義します。 -試す &
-腐敗 デフォルトモードと同じように機能します（上記を参照）。

OPTIONS

入力ファイルを指定するオプション：

-f [<.gro / .g96 / ...>] （protein.gro） （オプション）
挿入する既存の構成： gro g96 pdb 壊れた ent esp tpr

-これ [<.gro / .g96 / ...>] （insert.gro）
挿入する構成： gro g96 pdb 壊れた ent esp tpr

-ip [<.dat>] （positions.dat） （オプション）
事前定義された挿入試行位置

出力ファイルを指定するオプション：

-o [<.gro / .g96 / ...>] （out.gro）
挿入後の出力構成： gro g96 pdb 壊れた ent esp

その他のオプション：

-ボックス (0 0 0)
ボックスサイズ（nm）

-nmol (0)
挿入する余分な分子の数

-試す (10)
挿入してみてください -nmol <font style="vertical-align: inherit;">回数</font> -試す <font style="vertical-align: inherit;">回数</font>

-シード (1997)
ランダムジェネレータシード

-半径 (0.105)
デフォルトのファンデルワールス距離

-規模 (0.57)
のデータベースからファンデルワールス半径を乗算するための倍率
share / gromacs / top /vdwradii.dat。 デフォルト値の0.57は、密度に近い値を生成します
水中のタンパク質は1000g / l。

-博士 (0 0 0)
の位置からのx / y / zでの許容変位 -ip file

-腐敗
挿入された分子をランダムに回転させる：xyz、z、none

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