gmx-nmeig-クラウドでのオンライン

プログラム：

NAME

gmx-nmeig-ノーマルモード解析のためにヘシアンを対角化する

SYNOPSIS

gmx nmeig [-f [<.mtx>]] [-s [<.tpr>]] [-の [<.xvg>]] [-ol [<.xvg>]]
[-骨 [<.xvg>]] [-qc [<.xvg>]] [-v [<.trr / .cpt / ...>]]
[-xvg ] [-[いいえ] m] [-最初 ] [-過去 ]
[-maxspec ] [-T ] [-[no] constr] [-幅 ]

DESCRIPTION

GMX ンメイグ （ヘッセ行列）の固有ベクトル/値を計算します。
で計算 GMX ムドラン。 固有ベクトルは軌道ファイルに書き込まれます（-v）。 ザ
構造は最初にt=0で書き込まれます。 固有ベクトルは、フレームとして書き込まれます。
タイムスタンプとしての固有ベクトル番号。 固有ベクトルは次のように分析できます GMX アナエイグ
構造のアンサンブルは、固有ベクトルから次のように生成できます。 GMX メンス。 質量の場合
重み付けが使用され、生成された固有ベクトルはプレーンデカルトに縮小されます
出力を生成する前の座標。 この場合、それらは正確ではなくなります
標準のデカルトノルムでは直交しますが、質量加重ノルムでは直交します。

このプログラムは、オプションで熱容量の量子補正を計算するために使用できます。
追加のファイル引数を提供することによるエンタルピー -qcorr。 GROMACSマニュアルの第1章を参照してください。
詳細については。 結果には、与えられたときの調和自由度の減算が含まれます
温度。 全体の補正は端末画面に印刷されます。 推奨される方法
修正を出す方法は次のとおりです。

GMX ンメイグ -s トポール.tpr -f nm.mtx -最初 7 -過去 10000 -T 300 -qc [-constr]

　 -constr シミュレーション中に結合拘束が使用された場合は、オプションを使用する必要があります
for を 　 共有 絆。 そうでない場合は、分析する必要があります
quant_corr.xvg 自分でファイルします。

物事をより柔軟にするために、プログラムは仮想サイトを考慮に入れることもできます
量子訂正の計算。 選択する場合 -constr & -qc -始める & -終了 オプション
同様に自動的に設定されます。 繰り返しになりますが、よく知っていると思われる場合は、確認してください
　 固有周波数.xvg 出力。

OPTIONS

入力ファイルを指定するオプション：

-f [<.mtx>] （hessian.mtx）
ヘッセ行列

-s [<.tpr>] （topol.tpr）
ポータブルxdr実行入力ファイル

出力ファイルを指定するオプション：

-の [<.xvg>] （eigenfreq.xvg）
xvgr / xmgrファイル

-ol [<.xvg>] （eigenval.xvg）
xvgr / xmgrファイル

-骨 [<.xvg>] （spectrum.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-qc [<.xvg>] （quant_corr.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-v [<.trr / .cpt / ...>] （eigenvec.trr）
完全な精度の軌道： てら CPT tng

その他のオプション：

-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし

-[いいえ] m （はい）
ヘシアンの要素をの積で割る 平方根（質量）以前の関与する原子の
対角化。 これは、「通常モード」の分析に使用する必要があります

-最初 (1)
書き留める最初の固有ベクトル

-過去 (50)
書き留める最後の固有ベクトル

-maxspec (4000)
スペクトルで考慮すべき最高周波数（1 / cm）

-T (298.15)
ノーマルモード使用時の量子熱容量とエンタルピーを計算するための温度
古典的なシミュレーションを修正するための計算

-[no] constr （いいえ）
シミュレーションで制約が使用されたが、ノーマルモード解析では使用されなかった場合
（これは推奨される方法です）コンピューティング用にこれを設定する必要があります
量子訂正。

-幅 (1)
スペクトル生成時のガウスピークの幅（シグマ）（1 / cm）

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